Какой алгоритм? Она просто выдаёт статистику мутаций на дереве (включая выявленные возвратные). Решение вы принимаете сами - соответствует ли оно относительным калиброванным скоростям или абсолютным (в парах). Можете выбрать по этому параметру наиболее подходящее древо из равнооптимальных.
Можете - слегка "завесить" в плюс медленные маркеры, частота мутации котрорых на дереве выше более быстрых. Можете - предоставить это сделать программе (функция - встроенное взвешивание). Можете .... что угодно: гомоплазию посмотреть, синапоморфию в ветвях, вычислить ещё с полсотни опций. Но решение о том, какое дерево или их комбинацию считать наиболее подходящей - за вами. Никакого конечного алгоритма выбора не навязывается. Вы можете организовать его сами, написав скрипт, например...