АвторТема: Расчет возраста общего предка …. Д. Адамов  (Прочитано 12637 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн АнТюрАвтор темы

  • Сообщений: 535
  • Рейтинг +50/-131
Как мне думается, было бы странно, если бы интенсивность мутаций была бы одинаковой у всех. Та же солнечная радиация - один из факторов мутации - может быть одной из причин разности.

В мире ничего строго постоянного нет. Ни скорости мутаций, ни скорости ядерного распада, ни скорость света. Поэтому константация этой теоритической истины бессмыслена. А научные факты таковы. Выполнены тысячи оценок скорости мутаций по парам отец-сын (среди белых, черных, желтых, старых и молодых отцов, в разных регинах). Статистически значимых различий не выявлено. А раз так, то можно принять: скорость мутаций ПРАКТИЧЕСКИ постоянна. Это научный факт. Он не абсолютный, но условный. Этот факт является фактом, пока не ДОКАЗАНО, что имеются статистически значимые различия скоростей мутаций.

Оффлайн shekhol

  • Сообщений: 744
  • Страна: fr
  • Рейтинг +145/-12
АнТюр, это все понятно, нично не вечно в этом мире :)

Но объясните, как можно утверждать о том, что нет статистической разницы вообще (за всю историю человечества), делая выводы лишь на исследованиях пар отец-сын в настоящем времени, да еще за такой ничтожно малый для истории человечества промежуток времени (с точки зрения течения мутации промежуток времени = почти 0), для события, которое происходит раз в сотни лет? 

Насколько я помню, там отличия скоростей на некоторых маркерах в какой-то группе доходили до нескольких раз, или я ошибаюсь? 

И насколько там чистый был эксперимент? Все они точно знали, что их предки жили в одном и том же месте длительное время (или все они мигрировали одинаково), что и другие испытуемые из той же группы? 

Вот если бы взяли миллион генеологических деревьев с глубиной хотя бы в 500 лет и получили статистику для групп из двух разных регионов, я бы поверил (если бы так получилось) в практически неизменную скорость мутации и то, только для последних 500 лет человечества.

 

Оффлайн АнТюрАвтор темы

  • Сообщений: 535
  • Рейтинг +50/-131
АнТюр, это все понятно, нично не вечно в этом мире :)

Но объясните, как можно утверждать о том, что нет статистической разницы вообще (за всю историю человечества), делая выводы лишь на исследованиях пар отец-сын в настоящем времени, да еще за такой ничтожно малый для истории человечества промежуток времени (с точки зрения течения мутации промежуток времени = почти 0), для события, которое происходит раз в сотни лет? 

Насколько я помню, там отличия скоростей на некоторых маркерах в какой-то группе доходили до нескольких раз, или я ошибаюсь? 

И насколько там чистый был эксперимент? Все они точно знали, что их предки жили в одном и том же месте длительное время (или все они мигрировали одинаково), что и другие испытуемые из той же группы? 

Вот если бы взяли миллион генеологических деревьев с глубиной хотя бы в 500 лет и получили статистику для групп из двух разных регионов, я бы поверил (если бы так получилось) в практически неизменную скорость мутации и то, только для последних 500 лет человечества.

А не нужно ни в чего верить. По результатам изучения современных популяций статистически значимых отличий в скорости мутаций не выявлено. По крайней мере, мне о них ничего неизвестно. Это факты. Дальше следуют два предположения.

1. Предполагается, что результаты исследований вполне адекватно характеризуют современное состояние дел.

2. Предполагается, что такое же состояние дел было и в обозримом прошлом.

На основе одного факта и двух предположений принимается, что скорость мутаций маркеров Y-хромосомы постоянна у всех популяциях во всех регионах и в обозримом прошлом.

Это нормальный научный подход, реализованный в новой научной дисциплине генохронология. Его можно критиковать. В том числе и с позиций занудства. Но последняя критика неконструктивна, поскольку основана на непонимании (или якобы, непонимании) ясной и понятной системы фактов и допущений. Кроме того, занудство обычно основано не на фактах, а на общих рассуждениях. Это тоже девальвирует позиции любителей этого рода критики.





Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Предлагаю следующий пример. Есть некий биологический вид, у которого родительская пара (Т=0) размножается только один раз в своей жизни, но дает потомство в 2000 особей, по 1000 особей каждого пола. Коэффициент размножения каждого пола 1000. В дальнейшем будем рассматривать только мужские особи. В Y хромосоме этого вида могут быть нейтральные мутации с вероятностью 0.002. Потомство исходной особи составляет 1000 особей (Т=1), число внуков (Т=2) уже 1000000.
Вопрос: Какова оценка среднего возраста популяции внуков по мутациям, если мы будем считать:
1) только фактические биологические мутации;
2) все накопленные мутации?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Не буду томить. Считаем число мутаций в мейозах:
1 поколение: 1000*0.002 = 2 мутации.
2 поколение: 1000000*0.002 = 2000 мутаций.
Всего за 2 поколения произошло 2002 мутации.
Считаем число накопленных мутаций:
1 поколение: 1000*0.002 = 2 мутации.
2 поколение: 1000000*0.002 = 2000 мутаций плюс от 2 мутировавших особей первого поколения по 1000 особей, несущих родительскую мутацию. Во втором поколении наблюдаем 4000 мутаций.
Теперь оценим возраст наблюдаемой популяции из 1 млн. особей:
1 метод: по биологическим мутациям.
Т = 2002/ 1000000/ 0.002 = 1.001, округленно 1 поколение.
2-й метод: по наблюдаемым мутациям.
Т = 4000/ 1000000/ 0.002 = 2.
Второй метод дает правильный результат.

Оффлайн АнТюрАвтор темы

  • Сообщений: 535
  • Рейтинг +50/-131
Не буду томить. Считаем число мутаций в мейозах:

Зря не выдержали паузу. Никто бы здесь не рискнул дать свою версию отвта не этот вопрос. Кроме меня, конечно.

Эта задача сводится к моему любимому острову. На острове, где много женщин, много лет назад поселили одного мужчину. Требуется максимально точно оценить время этого события по гаплотипам его потомков. Берем анализ ДНК у всех особей мужского пола и нераздумывая датируем.

Но в реальных ситуациях мы не знаем, сколько мужчин поселили на этом острове. Если их гаплотипы отличаются на 1-2 шага, то эту ситуацию мы можем идентифицировать (вероятностно) имея ВСЕ гаплотипы их потомков или представительную их выборку.

По выборке якутов видно, что у них было ТРИ прародителя. Исходя из этого, мы и должны пинимать какие-то генохронологические решения. Детские примеры не отменяют ТРЕХ прародителей в выборках якутов.

Вы заморочили голову чайникам, теперь пытаетесь заморочить голову продвинутым любителям этого форума.

Оффлайн АнТюрАвтор темы

  • Сообщений: 535
  • Рейтинг +50/-131
Не буду томить. Считаем число мутаций в мейозах:
1 поколение: 1000*0.002 = 2 мутации.
2 поколение: 1000000*0.002 = 2000 мутаций.
Всего за 2 поколения произошло 2002 мутации.
Считаем число накопленных мутаций:
1 поколение: 1000*0.002 = 2 мутации.
2 поколение: 1000000*0.002 = 2000 мутаций плюс от 2 мутировавших особей первого поколения по 1000 особей, несущих родительскую мутацию. Во втором поколении наблюдаем 4000 мутаций.
Теперь оценим возраст наблюдаемой популяции из 1 млн. особей:
1 метод: по биологическим мутациям.
Т = 2002/ 1000000/ 0.002 = 1.001, округленно 1 поколение.
2-й метод: по наблюдаемым мутациям.
Т = 4000/ 1000000/ 0.002 = 2.
Второй метод дает правильный результат.

Вы ошиблись. Во втором случае мы имеем 4000 одношаговых мутаций и 4 двухшаговые.
Всего по отношению к модальному гаплотипу будет 4008 одношаговых мутаций.

Это даст 2,004 поколения. Это неправильный результат.
Мнея эта микроскопическая неправильность настораживает.

Странно, что никто из ассов этого форума не заметил простейшей ошибки в арифметике Nimissin'а. Или участники Этого форума считают, что математиков не следует проверять? (Это веселая и добродушная шутка)

Уважаемый Nimissin!
Приношу Вам извинения за допущенные резкости.





Оффлайн АнТюрАвтор темы

  • Сообщений: 535
  • Рейтинг +50/-131
Во втором случае мы имеем 4000 одношаговых мутаций и 4 двухшаговые.
Всего по отношению к модальному гаплотипу будет 4008 одношаговых мутаций.

Я тоже ошибся. Всего будет 3996 одношаговых и 4 двухшаговых. Итого 4004 одношаговых мутаций по отношению к модальному гаплотипу.

Но это тоже не дает ровно 2 поколения.

Оффлайн АнТюрАвтор темы

  • Сообщений: 535
  • Рейтинг +50/-131
Не буду томить. Считаем число мутаций в мейозах:
1 поколение: 1000*0.002 = 2 мутации.
2 поколение: 1000000*0.002 = 2000 мутаций.
Всего за 2 поколения произошло 2002 мутации.
Считаем число накопленных мутаций:
1 поколение: 1000*0.002 = 2 мутации.
2 поколение: 1000000*0.002 = 2000 мутаций плюс от 2 мутировавших особей первого поколения по 1000 особей, несущих родительскую мутацию. Во втором поколении наблюдаем 4000 мутаций.
Теперь оценим возраст наблюдаемой популяции из 1 млн. особей:
1 метод: по биологическим мутациям.
Т = 2002/ 1000000/ 0.002 = 1.001, округленно 1 поколение.
2-й метод: по наблюдаемым мутациям.
Т = 4000/ 1000000/ 0.002 = 2.
Второй метод дает правильный результат.

Итак, во втором примере мы имеем 4004 мутаций. Это дает 2,002 поколения. Систематическая погрешность типа "удревнение" составляет 0,002 поколения или 0,1%. Это при росте популяции по мужской линии с коэффициентом 1000 и 2 генерациях.

Я что-то не соображу, какова будет эта систематическая погрешность типа "удревнение" при параметрах, соответствующих геногенеалогическим исследованиям: коэффициент роста популяции по мужской линии 1,5-2,0 и 10 генераций.

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 592
  • Страна: il
  • Рейтинг +122/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
"С вероятностью 68% общий предок жил
440-780 лет назад."

Хотелось бы узнать, как получилась вероятность 68% (и почему 68%, а не 50%, 90% или 95%)?
 
И какая будет TMRCA с вероятностью 50%, 90% или 95%?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
"С вероятностью 68% общий предок жил
440-780 лет назад."

Хотелось бы узнать, как получилась вероятность 68% (и почему 68%, а не 50%, 90% или 95%)?
 
И какая будет TMRCA с вероятностью 50%, 90% или 95%?

В статье приводятся ссылки на другие работы Адамова, где объясняется математическом языком, как вычислять погрешность расчетов. И это не совсем вероятность  в чисто математическом смысле (в смысле байесовской вероятности), а именно расчет "инструментальной" погрешности вычисления.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
"С вероятностью 68% общий предок жил
440-780 лет назад."

Хотелось бы узнать, как получилась вероятность 68% (и почему 68%, а не 50%, 90% или 95%)?
 
И какая будет TMRCA с вероятностью 50%, 90% или 95%?
Не вдаваясь в подробности: одной сигме соответствует 68 % вероятности попадания оценки возраста внутрь доверительного интервала, двум сигмам - 95 %, трем сигмам - 99.7 %.

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 592
  • Страна: il
  • Рейтинг +122/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Спасибо за разъяснение. А можно ещё получить ответ на вопрос:
какая будет TMRCA в примере статьи с вероятностью 95%?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Спасибо за разъяснение. А можно ещё получить ответ на вопрос:
какая будет TMRCA в примере статьи с вероятностью 95%?

При 95%

610+-345.5
или 265-955 лет назад

При 99,7%
610+-518 лет


« Последнее редактирование: 09 Март 2010, 15:33:04 от Vadim Verenich »

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 592
  • Страна: il
  • Рейтинг +122/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Цитировать
По логарифмическому методу мы снача-
ла должны разделить общее число гаплоти-
пов на количество гаплоти-
пов с предковыми аллелями
Как поступать в случае 37- или 67-маркерных гаплотипов, которые практически все мутировали от предкового?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.