Расчёт TMRCA сложного дерева

[wertner]

Не нашёл в литературе методики расчёта ВБОП дерева из нескольких человек, например, такого:
http://s44.radikal.ru/i106/1007/f2/c547d04f085e.jpg
ВБОП узлов 1, 3 и 6 можно расчитать по методике Адамова, а как быть с остальными узлами?
Допустим, ВБОП узла 1 - х тысяч лет, а ВБОП узлов 1 и 2 - y тысяч лет. Не надо ли к у прибавить х, ведь мы сравниваем предположительные предковые гаплотипы, т.е. людей, живших тысячи лет назад?
И чем ближе мы приближаемся к основанию дерева, тем сильнее мы удаляемся от нашего времени, которое уже вряд ли сможет служить точкой отсчёта. Например, ВБОП узла 8 наверняка надо прибавлять к ВБОПам составляющих его узлов 7 и 2?
Да, забыл написать: в частном случае все принадлежат к одному субкладу. Может, просто считать всех вместе по методике Адамова?

У кого какие мнения?

Обычным способом ВБОП узла рассчитывается по формулам, которые по сути сводят вероятностное распределение к точечной оценке с доверительным интервалом.
И Вы затем пытаетесь оперировать этими точечными оценками, чтобы рассчитать новый ВБОП.
Лучше оставайтесь в рамках вероятностных распределений и перемножайте их. И лишь в корневом узле переходите к точечной оценке.
И все это можно сделать в Excel.

[Farroukh]

Можно ли проиллюстрировать на примере?

Вот то самое древо. Гаплотипы в аттаче. Требуется вычислить возрасты узлов, отмеченных буквами A-E.

[dima75]

В воскресенье посчитаю и сравним результаты двух методов.

[Farroukh]

Заодно и выясним, какой из них более пригоден для филиповских деревьев, построенных без нулевых DYS464e,f,g и DYS425

[dima75]

Проверка дерева:
Если у Сп12 или у модального Е будет меньше мутаций от модального В (по сравнению с гаплотипами, составляющими ветвь В), то дерево неправильное и наоборот.

[Clavis]

Начну с отшельника Sp10, который, по мнению автора древа, состоит в одинаково далеком родстве с остальными товарисчами. Его среднее расстояние до каждого из остальных гаплотипов 16,9 мутаций, делим на 67 маркеров=0,252 мутаций на маркер. Его отделяет от прочих, по моему методу, 144 поколения, с поправкой VVR 187 поколений, или общий предок около 93 поколений от наших дней. Но мне этот результат решительно не нравится! Какой же он отшельник, его расстояние от каждого из остальных варьирует от 11 до 30 мутаций! Если уж выбирать кандидата в обладателя самой старой ветви, им будет Ber07, а почему?
У него среднее расстояние от прочих 29,46 мутаций, вариации от 23 до 36.
29,46 мутаций, это, с экстраполированной поправкой VVR 414 поколений или 207 поколений от наших дней.

[Farroukh]

Клавис, вы могли бы построить новое древо? Я строил по филипповскому методу, выкинув нулевые маркёры.

[Clavis]

Дорогой Фаррух, когда на вооружении не программа, а ручной перебор чисел, однозначно решаются лишь самые простые случаи.
Например, невооруженным взглядом видно, что тесную группу образуют Sp07,08,13 и Can01.
Я с удовольствием выкладываю то что имею - эту таблицу каждый волен загнать в умную программу, которой я не владею.

[wertner]

Можно ли проиллюстрировать на примере?

В воскресенье посчитаю и сравним результаты двух методов.

Сделаю, если выложите сюда скорости маркеров, которые будут использованы в другом методе. Я тогда тоже использую их. Тогда и можно будет сравнить.

[Farroukh]

Скорости - в соответствии с "Руководством..." АК. Средняя скорость 0,002 на маркёр, для 67-маркёрного гаплотипа 0,00216. То есть общее число мутаций на маркёр мы умножаем на 0,002 и потом делим на 0,00216.

[dima75]

Скорости - по статье Адамова 0.00216 на маркер.

[wertner]

Для подсчета TRMCA через вероятностные распределения пришлось реконструировать дерево Фаруха у себя в программе и подсчитать количество мутаций на каждой ветви.


Сразу бросилось в глаза малое число мутаций на древних ветвях.

Проверка дерева:
Если у Сп12 или у модального Е будет меньше мутаций от модального В (по сравнению с гаплотипами, составляющими ветвь В), то дерево неправильное и наоборот.

Думаю, такую проверку дерево не выдержит.
Расстояние от Sp12 до модального гаплотипа B не считал, но до предкового гаплотипа B расстояние всего 7 мутаций. Внутри ветви B количество мутаций от предкового гаплотипа больше 10.

Такие короткие древние ветви омолаживают возраст предков A, D, C.
У меня получилось:
А - 119 поколений
B - 127 поколений
C - 123 поколения
D - 123 поколения
E - 25 поколений

Кстати, насколько достоверна информация о принадлежности гаплотипов Can01, Can02, Can03 канарцам? Их участие в проекте гуанчей выглядит недостаточным основанием. Так один из них прямо указал в YSearch свое испанское происхождение, другой пуэториканец, а третий участвует еще в кубинском проекте и может быть уроженцем Кубы.
Предлагаю другую версию дерева с более явным разделением берберских и испанских ветвей. В этом дереве всего на одну мутацию больше при подсчете стандартным способом, а если учитывать RecLOH то даже на одну мутацию меньше.


Файл расчет TRMCA по вероятностным распределениям для дерева Фаруха (1,5Mb): ссылка
Картинка с номерами узлов его дерева (нужна для чтения файла): ссылка

[Farroukh]

Файл расчет TRMCA по вероятностным распределениям для дерева Фаруха (1,5Mb): ссылка

Можно ли вывесить этот же файл в колхозном формате xls? Мой офис xlsx не понимает...

[wertner]

Можно ли вывесить этот же файл в колхозном формате xls? Мой офис xlsx не понимает...

Отправил на почту.