АвторТема: YLeaf - определитель субклада по BAM файлу  (Прочитано 152 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Yleaf: Software for Human Y-Chromosomal Haplogroup Inference from Next-Generation Sequencing Data

Цитировать
Abstract
Next-generation sequencing (NGS) technologies offer immense possibilities given the large genomic data they simultaneously deliver. The human Y-chromosome serves as good example how NGS benefits various applications in evolution, anthropology, genealogy, and forensics. Prior to NGS, the Y-chromosome phylogenetic tree consisted of a few hundred branches, based on NGS data, it now contains many thousands. The complexity of both, Y tree and NGS data provide challenges for haplogroup assignment. For effective analysis and interpretation of Y-chromosome NGS data, we present Yleaf, a publically available, automated, user-friendly software for high-resolution Y-chromosome haplogroup inference independently of library and sequencing methods.

https://academic.oup.com/mbe/article/35/5/1291/4922696

На  GitHub https://github.com/genid/Yleaf


Увидел упоминание программы в дискуссиях на форуме.
Кто-то может поделиться опытом использования и впечатлениями?

База снипов там застыла на ситуации 6 месяцев назад или обновляется?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5281
  • Страна: 00
  • Рейтинг +461/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: YLeaf - определитель субклада по BAM файлу
« Ответ #1 : 26 Сентябрь 2020, 16:45:40 »
yleaf это примитивная поделка, очень сырой результат дает.
yhaplo  лучше но его база еще древнее - с 2016 )))

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: YLeaf - определитель субклада по BAM файлу
« Ответ #2 : 27 Сентябрь 2020, 13:19:10 »
Вся надежда на Томаса (YSEQ Clade Finder).
Мечта была высказана здесь:
Кстати, а если попробовать VCF какого-нибудь древнего образца загрузить - осилит? :)
Из BAM получать VCF мы то умеем:) а вот с интерпретацией часто приходится возиться...
А тут база готовая и постоянно обновляемая

 :)

Кстати, ничего нереально в этом нет. База есть, как читать VCF - ясно...

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100