YSEQ Clade Finder

[Farroukh]

YSEQ Clade Finder - предиктор, аналогичный по функции Morley Y-SNP  Predictor
Есть возможность отобразить снип на древе Yfull

[Farroukh]

Добавлю, что по сравнению с устаревшим Morley Predictor, здесь предикция идёт по актуальному древу, а не по данным 2014 года, где не было половины субкладов.

Это особенно удобно, если есть субъект, прошедший BigY, но не загрузившийся на Yfull, снип-цепочка которого состоит из полуфантомных BY... и FT... - Yseq отобразит ближайшую известную точку сходимости.

[Шад]

Добавлю, что по сравнению с устаревшим Morley Predictor, здесь предикция идёт по актуальному древу, а не по данным 2014 года, где не было половины субкладов.

Это особенно удобно, если есть субъект, прошедший BigY, но не загрузившийся на Yfull, снип-цепочка которого состоит из полуфантомных BY... и FT... - Yseq отобразит ближайшую известную точку сходимости.

Проверял - всё работает очень даже хорошо!

[Lesla]

Да, мне тоже понравилось! И проще, чем на Morley.

[Шад]

Кстати, а если попробовать VCF какого-нибудь древнего образца загрузить - осилит?
Из BAM получать VCF мы то умеем:) а вот с интерпретацией часто приходится возиться...
А тут база готовая и постоянно обновляемая

[Farroukh]

если попробовать VCF какого-нибудь древнего образца загрузить - осилит?

VCF скармливал - осиливает. Правда, образец современный

[i.vet]

В моем случае Morley немного точнее
Почему-то, попеременно два результата- N-23747 и N-L550. Первая, насколько я знаю, очень архаичная восточноазиатская ветвь. Странно, учитывая, что более молодая M178 при этом +
Хотя, внизу указывается и L550

[Stanislav Vasilyev]

У меня тоже выдает поочередно N-Y23747 и N-L550.

[Древ]

Господа, помогите, пожалуйста, понять результаты cladefinder.
Брал тест МХ. Понял только, что гаплогруппа I2. Есть ли там мито хоть какое-то? Насколько вероятно, что человек с такими ДНК имеет прямого патернального предка-финна?

Most specific position on the YFull YTree is I2 Link to I2 on YFull View maps, migrations and statistics on HRAS View theoretical migration on PhyloGeographer

I2    CTS1600(?) CTS3049/PF3711(?) CTS3963(?) CTS7568/PF3762(?) CTS7965(?) FGC77994(?) FGC79428(?) L68/PF3781/S329+ M438/P215/S31/PF3853+ PF3619(?) PF3651(?) PF3652(?) PF3831(?) PF3850($) Y3124/FGC7052(?) Z2629/PF3607(?) Z2630/PF3621(?) Z2632/PF3626($) Z2633/CTS386/PF3628(?) Z2634/PF3644($) Z2635/PF3648(?) Z2636/PF3657(?) Z2637/PF3658/V1992($) Z2638/PF3664/V2273($) Z2639/PF3667(?) Z2640/PF3669(?) Z2642/PF3671(?) Z2643/PF3690(?) Z2646/CTS2159/PF3702($) Z2648/CTS3296/PF3714(?) Z2653/CTS5727/PF3745(?) Z2654/CTS6096/PF3749(?) Z2656/CTS7605/PF3764(?) Z2658/CTS8444($) Z2660/CTS10194/PF3791/V4013(?) Z2661/CTS10247/PF3792($) Z2665/PF3810(?) Z2666/PF3812($) Z2667/PF3820(?) Z2668/PF3830(?) Z2673/CTS12003/PF3846(?) Z2674/PF3849($)
┣━I-CTS2257 +2   CTS11673/PF3843(?) CTS1427/PF3637(?) CTS4047/PF3724(?) CTS9380/PF3784($) FGC12073(?) FGC3559(?) FGC77992(?) PF3583(?) PF3624(?) PF3674(?) Z2615/PF3650($) Z2628/PF3595(?) Z2631/PF3623(?) Z2645/CTS1799/PF3698($) Z2647/CTS2257/PF3704(?) Z2649/CTS3529/PF3720($) Z2650/CTS4039/PF3723(?) Z2655/CTS6479/PF3755(?) Z2657/CTS7669/PF3765(?) Z2659/CTS8959($) Z2662/PF3798(?) Z2663/PF3801(?) Z2664/PF3802(?) Z2672/CTS11806/PF3845(?)
┗━I-Y283553    A12439($) BY120364(?) BY128069(?) BY140799(?) BY141387(?) BY145032/Y149284(?) BY145351(?) BY2762(?) BY2763(?) BY2765(?) BY2766($) BY2768(?) BY2769($) BY2770($) BY2771(?) BY2772(?) BY2774(?) BY2775(?) BY32133(?) BY32134(?) BY32135(?) BY32136(?) BY32137(?) BY32139(?) BY32141/Y62146(?) BY32142(?) BY32143(?) BY32144($) BY32146(?) BY32147(?) BY32148(?) BY32149(?) BY32150(?) BY32151(?) BY32152(?) BY32153(?) BY32154(?) BY32155(?) BY32156(?) BY32157(?) BY32158(?) BY32159(?) BY32160(?) BY32161(?) BY32162(?) BY32163(?) BY32164(?) BY32165(?) BY32166($) BY32167(?) BY32168(?) BY32170(?) BY32171(?) BY32175(?) BY32176(?) BY32177(?) BY32178(?) BY32179(?) BY32180(?) BY32181(?) BY32182($) BY32183(?) BY32184(?) BY32186(?) BY32187(?) BY32188(?) BY32189($) BY32190(?) BY32191(?) BY32192(?) BY32193(?) BY32194($) BY32195(?) BY32196(?) BY32197($) BY32198(?) BY32199(?) BY32200(?) BY32201(?) BY32202(?) BY32203(?) BY32204($) BY32205(?) BY32206(?) BY32207(?) BY32208(?) BY32209(?) BY32210(?) BY32211(?) BY32212(?) BY32213($) BY32214(?) BY32215(?) BY32216($) BY32217(?) BY32218($) BY32221(?) BY32222(?) BY32223(?) BY32224(?) BY32225($) BY32226(?) BY32227(?) BY32236(?) BY32239(?) BY32240(?) BY32241(?) BY32243(?) BY32244(?) BY32245(?) BY32246(?) BY32247(?) BY32248(?) BY32249(?) BY32250(?) BY32251(?) BY32252(?) BY32253(?) BY32254(?) BY3336(?) BY3337(?) BY43784(?) BY46789(?) BY49880(?) BY49905(?) BY49911(?) BY49916(?) BY50115(?) BY65900(?) DF90/BY841($) FGC14100($) FGC16098(?) FGC61243($) FGC65971(?) FGC95049(?) FT1070(?) FT1087(?) FT1106(?) FT1119(?) FT1172(?) FT120330(?) FT1208(?) FT1378(?) FT1402(?) FT1442(?) FT1470(?) FT1506(?) FT1561(?) FT1563(?) FT1597($) FT1616(?) FT1632(?) FT1720(?) FT1781($) FT178818(?) FT179850(?) FT181389($) FT1814(?) FT1834(?) FT1840(?) FT1857(?) FT187341(?) FT1907(?) FT2052($) FT2059(?) FT2062(?) FT2064(?) FT2072(?) FT2105(?) FT2158(?) FT22704(?) FT232786(?) FT232896(?) FT272479(?) FT272492(?) FT326660(?) FT339169(?) FT353(?) FT359374(?) FT359482(?) FT359621(?) FT359768(?) FT360132(?) FT360698(?) FT361225(?) FT361367(?) FT361624(?) FT361631(?) FT361632(?) FT361635(?) FT362123(?) FT364(?) FT367741(?) FT538(?) FT581(?) FT602(?) FT630(?) FT816(?) FT817(?) FT877(?) FT908(?) FT949(?) FT974(?) FT984(?) FTC19419(?) FTC33209(?) FTC34312(?) L416($) L417/S332($) MF1414(?) MF70496(?) PH3584(?) TY102627(?) Y106295(?) Y106584(?) Y263920(?) Y263921(?) Y263922(?) Y263923(?) Y263924(?) Y263925(?) Y263926(?) Y263927(?) Y263928(?) Y263929(?) Y263930(?) Y263931(?) Y263932(?) Y283520(?) Y283553(?) Y283602(?) Y283656(?) Y283658(?) Y283847(?) Y283911(?) Y284095(?) Y284108(?) Y284115(?) Y284182(?) Y284209(?) Y284250(?) Y284263(?) Y284280(?) Y284312(?) Y284435(?) Y284448(?) Y284491(?) Y284503(?) Y284552(?) Y284566(?) Y284649(?) Y284745(?) Y284751(?) Y284775(?) Y284810(?) Y284857(?) Y284925(?) Y284945(?) Y284954(?) Y284956(?) Y285001(?) Y285005(?) Y285085(?) Y285133(?) Y285152(?) Y285212(?) Y285320(?) Y285338(?) Y285341(?) Y337727(?) Y337728(?) Y337729(?) Y337730/A33632(?) Y337731(?) Y337732(?) Y337733(?) Y337734(?) Y337735(?) Y337736(?) Y337737(?) Y337738(?) Y337739(?) Y337740(?) Y337741(?) Y337742(?) Y337743(?) Y37508(?) Y37514(?) Y80747/BY32255($) Y97483($) L415/S435/S435.2-

[Древ]

Похоже, я что-то не так сделал. Загрузил повторно, теперь выдаёт вот так.
Я правильно понимаю, что наиболее вероятно I2a-M423 ?

[AleksG]

Не наиболее вероятно, а 100%. Два снипа на этом уровне - положительны.

[Древ]

А мито, стало быть, никакого нету?

[Farroukh]

Мито там может и есть, просто софт не обнюхивает эту часть файла, только сегмент с игреком.

[Древ]

Мито там может и есть, просто софт не обнюхивает эту часть файла, только сегмент с игреком.

Текст файла очень большой - не получается сюда скопировать.
Скажите, пожалуйста, по каким критериям в нём можно найти искомое?