АвторТема: YSEQ Clade Finder  (Прочитано 286 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12670
  • Страна: az
  • Рейтинг +2802/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
YSEQ Clade Finder
« : 23 Сентябрь 2020, 20:59:58 »
YSEQ Clade Finder - предиктор, аналогичный по функции Morley Y-SNP  Predictor
Есть возможность отобразить снип на древе Yfull

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12670
  • Страна: az
  • Рейтинг +2802/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: YSEQ Clade Finder
« Ответ #1 : 24 Сентябрь 2020, 07:01:19 »
Добавлю, что по сравнению с устаревшим Morley Predictor, здесь предикция идёт по актуальному древу, а не по данным 2014 года, где не было половины субкладов.

Это особенно удобно, если есть субъект, прошедший BigY, но не загрузившийся на Yfull, снип-цепочка которого состоит из полуфантомных BY... и FT... - Yseq отобразит ближайшую известную точку сходимости.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: YSEQ Clade Finder
« Ответ #2 : 24 Сентябрь 2020, 10:16:19 »
Добавлю, что по сравнению с устаревшим Morley Predictor, здесь предикция идёт по актуальному древу, а не по данным 2014 года, где не было половины субкладов.

Это особенно удобно, если есть субъект, прошедший BigY, но не загрузившийся на Yfull, снип-цепочка которого состоит из полуфантомных BY... и FT... - Yseq отобразит ближайшую известную точку сходимости.

Проверял - всё работает очень даже хорошо!

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2354/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: YSEQ Clade Finder
« Ответ #3 : 24 Сентябрь 2020, 20:14:28 »
Да, мне тоже понравилось! И проще, чем на Morley.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: YSEQ Clade Finder
« Ответ #4 : 26 Сентябрь 2020, 15:41:31 »
Кстати, а если попробовать VCF какого-нибудь древнего образца загрузить - осилит? :)
Из BAM получать VCF мы то умеем:) а вот с интерпретацией часто приходится возиться...
А тут база готовая и постоянно обновляемая

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12670
  • Страна: az
  • Рейтинг +2802/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: YSEQ Clade Finder
« Ответ #5 : 02 Ноябрь 2020, 13:59:08 »
Цитировать
если попробовать VCF какого-нибудь древнего образца загрузить - осилит?
VCF скармливал - осиливает. Правда, образец современный

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100