АвторТема: Есть ли в России компании по тестированию ДНК, такие как FTDNA и FGC?  (Прочитано 1748 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 15047
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3193/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893 > ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
https://habr.com/ru/company/atlasbiomed/blog/479602/

Полный геном

94 500 ₽ 84 500 ₽

По сегодняшнему сбербанковскому курсу продажи: 84 500,00 ₽ / US $74,34 = US $1136,67.

Вопрос, какое качество и дают ли BAM-файл?
« Последнее редактирование: 28 Июль 2020, 22:53:29 от Yaroslav »

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8767
  • Страна: gt
  • Рейтинг +742/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Атлас.
https://atlas.ru/
Y-гаплогруппу и митогаплогруппу указывают достаточно точно.Кроме того, дают анализ по аутосомному происхождению. А самое главное - медицинские риски.
Но сравнивать с другими образцами по аутосомам Вы сможете только закачав данные в Gedmatch.
Это не тесты NGS/WGS. Атлас это сплошная головная боль - не для генеалогии.
https://habr.com/ru/company/atlasbiomed/blog/479602/
Покрытые 30Х  - 84 500 рублей
YSEQ Whole Genome Sequence 90 Gbases [WGS30] - 30x $949.00
Но в YSEQ есть более экономный вариант
Whole Genome Sequence 45 GBases [WGS] - $599.00



Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 294
  • Рейтинг +203/-2
https://habr.com/ru/company/atlasbiomed/blog/479602/

Полный геном

94 500 ₽ 84 500 ₽

По сегодняшнему сбербанковскому курсу продажи: 84 500,00 ₽ / US $74,34 = US $1136,67.

Вопрос, какое качество и дают ли BAM-файл?

Спасибо, беру свои слова обратно. Очень интересно, что российский Атлас делает полный геном, а европейский нет. Цена, правда, кусается.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 15047
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3193/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893 > ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Спасибо, беру свои слова обратно. Очень интересно, что российский Атлас делает полный геном, а европейский нет. Цена, правда, кусается.

Да, это не мне спасибо, а уважаемому Val_Metov.

Это он дал наводку на существование полногеномного теста у Атласа. А мне только оставалось пройти по Вашей ссылке и посмотреть цену вопроса на их странице.

Так что, Вам спасибо за ссылку, что не пришлось яндексить, а сразу и напрямую попал на сайт компании :)

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 134
  • Рейтинг +56/-0
  • Y-ДНК: J-Y94477
https://habr.com/ru/company/atlasbiomed/blog/479602/

Полный геном

94 500 ₽ 84 500 ₽

По сегодняшнему сбербанковскому курсу продажи: 84 500,00 ₽ / US $74,34 = US $1136,67.

Вопрос, какое качество и дают ли BAM-файл?
Блог компании на Хабре уже не функционирует, но в комментариях к посту, его автор говорит, что они по запросу дают сырые данные. Также пишут, что секвенатор - BGI DNBSEQ-G400.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6300
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Покрытые 30Х  - 84 500 рублей
YSEQ Whole Genome Sequence 90 Gbases [WGS30] - 30x $949.00
Но в YSEQ есть более экономный вариант
Whole Genome Sequence 45 GBases [WGS] - $599.00

Не совсем сопоставимо - у Атласа в цену, судя по информации по ссылке, включены отчеты.
Здоровье - 394
Клиническая генетика - 136
Питание - 25
Спорт - 15
Генеалогия - 3
Другие признаки - 15

Не видел примеры их отчетов, но судя по тому, что слышал - весьма достойно.

Ближайший аналог - Dante Labs 30x + All Panels Package - 999 евро по скидке, 1099 евро без скидки.
Это 85 тысяч рублей + много мути с пересылкой туда и обратно

Итого: у Атласа вполне "в рынке" предложение. Правда, увы, узок круг этих людей, которые могут себе это позволить при таком соотношении цены и средних доходов населения.
С другой стороны, прогресс в снижении цены есть и существенный - я в свое время в FGC в полтора раза дороже платил только за полный сиквенс игрека. Но рост курса доллара съел для нас всю выгоду от падения цен.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 15047
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3193/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893 > ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Значит, Атлас - первая российская компания, делающая полный геном.

Возможно Генотек нанесёт ответный удар :)

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6300
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Вообще, можно помечтать за счет роста базы YFull за счет игреков-мито от Атласа (из полного сиквенса).
Но не понятно как это будет работать.

Оффлайн Odnodvorec

  • Сообщений: 23
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
Кто-нибудь заливал данные от Атласа на FTDNA и YFull? На YFull в компаниях тестирования нет Атласа.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 15047
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3193/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893 > ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Кто-нибудь заливал данные от Атласа на FTDNA и YFull?

В FTDNA Вы точно не зальёте.

Но, если дают BAM-файл, то интерпретацию по Y-хромосоме и митохондриальной ДНК Вы сможете получить в YFull, отправив им ссылку на BAM-файл.

Правда, не знаю, все ли STR-маркеры прочтутся. Они вроде как сейчас уже не первостепенные, но важность всё же не потеряли и могут пригодиться. У одного моего знакомого согаплогруппника после Dante Labs остались пробелы в STR-маркерах.

Каким образом и какими файлами заливать аутосомные и X-хромосомные исходники на Gedmatch, пока не знаю. FTDNA предоставляют Build37, а вот что и как у Атласа?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 134
  • Рейтинг +56/-0
  • Y-ДНК: J-Y94477
Спросил насчёт bam и yfull. Ответ:

​По результатам теста Полный геном мы предоставляем исходные данные в формате VCF или FASTQ. FASTQ лучший вариант, это фактически прочтения прямиком из секвенатора. BAM и VCF сильно зависят от настроек конкретного пайплайна, критериев качества и др. Например, может потребоваться BAM в 37 сборке, а мы выравниваем только на 38.

​Благодарим за ваш комментарий, мы рассмотрим предложение выдавать данные в формате BAM.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 294
  • Рейтинг +203/-2
Спросил насчёт bam и yfull. Ответ:

​По результатам теста Полный геном мы предоставляем исходные данные в формате VCF или FASTQ. FASTQ лучший вариант, это фактически прочтения прямиком из секвенатора. BAM и VCF сильно зависят от настроек конкретного пайплайна, критериев качества и др. Например, может потребоваться BAM в 37 сборке, а мы выравниваем только на 38.

​Благодарим за ваш комментарий, мы рассмотрим предложение выдавать данные в формате BAM.

FASTQ действительно предпочтительный вариант, так как потом можно будет самостоятельно выровнять под любой референсный геном. Их 38 референс отлично подойдет для YFull.

Аутосомы и X - можно поэсперемнтировать с WGSExtract, если у кого есть полногеномный тест из Атласа.
« Последнее редактирование: 29 Июль 2020, 21:12:02 от NathanS »

Оффлайн Odnodvorec

  • Сообщений: 23
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
https://habr.com/ru/company/atlasbiomed/blog/479602/

Полный геном

94 500 ₽ 84 500 ₽

По сегодняшнему сбербанковскому курсу продажи: 84 500,00 ₽ / US $74,34 = US $1136,67.

Вопрос, какое качество и дают ли BAM-файл?
Блог компании на Хабре уже не функционирует, но в комментариях к посту, его автор говорит, что они по запросу дают сырые данные. Также пишут, что секвенатор - BGI DNBSEQ-G400.

А у FTDNA и Dante Labs какие секвенаторы? Лучше/хуже? По идее, если секвенаторы однотипные, то и набор исходных данных должен быть одинаковый и не зависеть от компании тестирования. Так? Или это отдельные лицензии/опции для оборудования?

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8767
  • Страна: gt
  • Рейтинг +742/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Значит, Атлас - первая российская компания, делающая полный геном.

Возможно Генотек нанесёт ответный удар :)

А почему Вы думаете, что Атлас делает это в своей лаборатории?
Вполне могут отсылать куда-то за границу
Судя по ценам, это именно так

Оффлайн Punchic

  • Сообщений: 167
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP5917
  • мтДНК: V1a1a
Значит, Атлас - первая российская компания, делающая полный геном.

Возможно Генотек нанесёт ответный удар :)

А почему Вы думаете, что Атлас делает это в своей лаборатории?
Вполне могут отсылать куда-то за границу
Судя по ценам, это именно так

Они сами об этом пишут.
Цитировать
Компания «Атлас» — это нескольких юридических лиц. У нас четкое разделение между российским и европейским контуром. Есть британский «Атлас», есть российский — отдельное юридическое лицо. Российская компания оперирует на российском рынке, делает все анализы в России, все пользовательские данные тоже хранятся здесь. Британская компания оперирует на территории Европы, и все данные хранятся там, причем не в Великобритании, а в Германии.

Росздравнадзор зарегистрировал первую тест-систему для анализа на онкомаркеры на основе NGS

Кстати, на хабре в комментариях есть и другие компании, предлагающие WGS тесты
https://price.genomed.ru/?testid=856
https://genetico.ru/prices?id=57

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100