Следы субстрата не очень явные, но кое-что накопать можно. Хотя не совсем ясно это именно субстрат или контакты.
1. Закон открытых слогов. Специфика общеславянского - тенденция к исключению слогов заканчивающихся на согласные. Явление среди евроазиатских языков не слишком частое. Насколько я помню ближайшие языковые семьи с подобной структурой это банту и австронезийская (впрочем, могу и ошибиться).
Причем эта черта неизвестна у балтов и прочих ближайших славянских соседей. Также в течение наблюдаемого периода (с конца I тыс. н.э.) все славянские языки последовательно от этой структуры избавляются.
Можно предположить, что это какая-то сугубо славянская инновация. Но неясно отчего она вдруг на пустом месте возникает и затем быстро исчезает. В силу этого для нее предполагали субстратное происхождение. Однако по причине полной неясности, что могло послужить таким субстратом, дальше общих предположений дело не идет.
Уже лично от себя. Если мне не изменяет память подобную языковую структуру предполагали для этеокритского языка. По крайней мере слоговая структура критской письменности, использованной для греческого языка, выглядит сформированной для языка с открытыми слогами.
2. "Аргумент серебра". В славянских, германских и емнип балтских этот металл обозначается термином неиндоевропейского происхождения. Причем весьма сходным, но не идентичным. Что наводит на предположение о его заимствовании из какого-то стороннего языка, причем независимо славянами и германцами.
Это не совсем субстрат, но, думаю, стоит отметить.
3. "Инверсный индоевропейский". В славянском (и в меньшей степени балтских) есть некоторое количество слов которые выглядят производными от индоевропейских корней, но имеют нестандартное развитие согласных: путь, тесто, трутень, борозда, голубь, свобода.
При стандартном развитии соответствующих индоевропейских в этих словах на месте глухих ожидались бы звонкие и наоборот. К этой же группе примыкает греческое название Дона - Танаис, где вместо ожидаемого иранского корня дон- появляется тан-
Эта группа слов достаточно часто трактуется как набор случайных исключений. Однако наличие хорошо выраженной системности этих исключений позволило Георгу Хольцеру выдвинуть гипотезу существования отдельной индоевропейской ветви, которую он отождествил с киммерийцами. Вопрос отождествления остается открытым, но вариант существования подобной ветви ИЕ-языков вполне заслуживает внимания.