АвторТема: Компания Nebula Genomics  (Прочитано 63678 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #105 : 23 Ноябрь 2020, 14:19:14 »
пардон забыл одно слово

samtools depth my_sequence.bam -b something_outside_exome.bed |  awk '{sum+=$3; sumsq+=$3*$3} END \
     {if (NR > 0){ print "Average = ",sum/NR; print "Stdev = ",sqrt(sumsq/NR - (sum/NR)**2) } }'

так должно считать

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #106 : 27 Ноябрь 2020, 12:29:21 »
В общем, я как идиот ждал Чёрную пятницу, а скидок и нет. Заказал с пожизненной подпиской и купоном "SAVE50" (без кавычек) за 449 долларов, теперь осталось ждать, скрестив пальцы. А мог бы давно уже сделать за эту цену.  :)
Вы смотрели что это за отчеты? Я парой страниц назад выкладывал все, на тот момент доступные. Если честно, не стоят они этих 150$. Это половина полной стоимость WGS.

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 76
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #107 : 28 Ноябрь 2020, 03:23:24 »
не стоят они
Полигенный скор выдают, сравнивая со своей базой. В этом их уникальность. По свежим статям большинство отчётов, доплата за оперативность анализа литературы. А чем Вам не понравились отчёты? Сразу говорю, что у меня конфликт интересов, я подписан а отчёты.

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 76
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #108 : 28 Ноябрь 2020, 03:28:24 »
Генерировать VCF/GVCF лучше ручками. Больше контроля за гетерозиготными значениями. И даже с GATK есть много подводных камней.
Вручную это как? Без freebayes, с использованием samtools tview? Интересно про камни.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 464
  • Страна: kz
  • Рейтинг +287/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #109 : 28 Ноябрь 2020, 19:28:12 »
Michael в группе ФБ выложил сравнение в Yfull между своими BigY500, Big Y700, Dante fail and Nebula 30x and 100x.

Как видите, для Y хромосомы скачок в покрытии с WGS 30x до WGS100x небольшой. C тестом в 100x (у него по факту в районе 130x) достичь 100% покрытие не получилось.


« Последнее редактирование: 28 Ноябрь 2020, 20:18:09 от Saken »

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #110 : 02 Декабрь 2020, 15:14:03 »
Хочу попробовать Deepvariant для генерации VCF https://github.com/google/deepvariant
Пока мозгов не хватило.
Есть инструкция для google cloud, но ошибка с квотой не дает ею воспользоваться
https://cloud.google.com/life-sciences/docs/tutorials/deepvariant

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #111 : 07 Декабрь 2020, 15:08:00 »
Заказал еще один кит. 270$. +- 20 тыс. руб.
Надеюсь до конца января получим. И к концу марта итоговый результат. Это прогноз.

Оффлайн Oleg V.

  • YFull: YF088859
  • Сообщений: 99
  • Страна: ru
  • Рейтинг +246/-0
  • GEDmatch: XU7175897
  • Y-ДНК: R1a-YP682
  • мтДНК: U5b2a1b1a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #112 : 09 Декабрь 2020, 15:42:25 »
Сегодня мне пришло письмо с треком - набор наконец-то выслали. Всего-то полторы недели прошло с Чёрной пятницы.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #113 : 12 Декабрь 2020, 11:20:09 »
На FB пошли жалобы на проблемы с запаздыванием тестов. https://www.facebook.com/groups/373644229897409/permalink/751682192093609/?app=fbl

Пока они отвечают и объясняют, но Данте тоже в самом начале проблем были сговорчивее. Надеюсь у Небулы будет другой путь.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 464
  • Страна: kz
  • Рейтинг +287/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #114 : 13 Декабрь 2020, 05:44:11 »
На FB пошли жалобы на проблемы с запаздыванием тестов. https://www.facebook.com/groups/373644229897409/permalink/751682192093609/?app=fbl

Пока они отвечают и объясняют, но Данте тоже в самом начале проблем были сговорчивее. Надеюсь у Небулы будет другой путь.

Этой девушке еще повезло :) Связалась бы она с Dante Labs, то не видала бы она
своих результатов в 2020, а то и 2021г... Эконом варианты в этой сфере не славятся своей скоростью.Чем дешевле тест, и чем больше посредников участвуют в процессе, тем сроки выдержить будет сложнее. Другое дело заплатить дороже и ожидать идеальный сервис.

В комментариях нашел самую главную новость от Nebula. Если верить словам официального представителя от Nebula, Ken Vetrano, у них с осени новый партнер в США в лице AKESOgen из штата Georgia. Секвенирование все также делают в BGI на MGI.

Кто недавно делал заказ у Небулы? На почтовой посылке кто указан в качестве отправителя? В моем летнем заказе были FTDNA с адресом в Хьюстоне Техас.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 464
  • Страна: kz
  • Рейтинг +287/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #115 : 13 Декабрь 2020, 05:56:58 »
Еще одно интересное сравнение в YFull от Douglas с ФБ группы. Результат после завершение ручной обработки STR маркеров.


Оффлайн Saken

  • Сообщений: 464
  • Страна: kz
  • Рейтинг +287/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #116 : 13 Декабрь 2020, 06:14:31 »
Уважаемый Randy Harr с ФБ группы сделал хороший документ по загрузке сырых данных с личного кабинета в ресурсы такие как Sequencing и Galaxy, при этом не загружая гигабайтовые файлы на комп.

Зарегистрировался на usegalaxy.eu и проделал шаги по загрузке данных с кабинета Nebula. Все просто и удобно. Думаю, это отличный вариант для тех, у кого медленный и нестабильный интернет. Тем более на Galaxy сайте дальше делать анализы своих данных очень помогает, когда свой компьютер далек от серверных мощностей :)

https://docs.google.com/document/u/0/d/1ePo0jT0BLt6oBvovarniUlOv-fw_FO5qHx7hEF4vY6s/mobilebasic

« Последнее редактирование: 13 Декабрь 2020, 09:04:13 от Saken »

Оффлайн Arthwr

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ua
  • Рейтинг +787/-6
    • http://r1b-pf7562.blogspot.com/
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
  • мтДНК: K1c1e
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #117 : 13 Декабрь 2020, 09:14:20 »
Еще одно интересное сравнение в YFull от Douglas с ФБ группы. Результат после завершение ручной обработки STR маркеров.

Здесь, как видите, у одного и того же человека результат от Данте лучше, чем от Небула (длина покрытия и длина покрытия для возраста).

Так что не только мне повезло с Данте ))

Вам крупно повезло с Данте, таких результатов как ваши меньшинство чем большинство! ::) У некоторых Небуловцев 125-130Гигабайзев вышло в объеме, но они тоже больше исключение из правил.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 464
  • Страна: kz
  • Рейтинг +287/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #118 : 13 Декабрь 2020, 09:36:52 »
Еще одно интересное сравнение в YFull от Douglas с ФБ группы. Результат после завершение ручной обработки STR маркеров.

Здесь, как видите, у одного и того же человека результат от Данте лучше, чем от Небула (длина покрытия и длина покрытия для возраста).

Так что не только мне повезло с Данте ))

Вам крупно повезло с Данте, таких результатов как ваши меньшинство чем большинство! ::) У некоторых Небуловцев 125-130Гигабайзев вышло в объеме, но они тоже больше исключение из правил.

Я только рад за Вас! ;)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #119 : 31 Декабрь 2020, 07:58:37 »
если fastq тоже дают бесплатно, качайте, мало ли они что-то криво собрали, сами пересоберете бам, если будет потребность

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.