АвторТема: FTDNA  (Прочитано 1277370 раз)

0 Пользователей и 4 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: FTDNA
« Ответ #10620 : 14 Апрель 2019, 21:43:12 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.

Источники:
https://dna-explained.com/2019/04/09/dna-testing-and-transfers-whats-your-strategy/
https://isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_testing_comparison_chart

Эхехе...
Интересно, если будет функционал прокачки OmniExpress->GSA, то будут ли склеиваться результаты тестов?

Цитировать
Comparing the GSA chip (23andMe v5) to the current AncestryDNA v2 product (OmniExpress chip), they overlap at only 149,394 SNPs, or 23.3%.

« Последнее редактирование: 14 Апрель 2019, 22:07:12 от Daemon2017 »

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 1886
  • Страна: ru
  • Рейтинг +683/-3
Re: FTDNA
« Ответ #10621 : 14 Апрель 2019, 23:19:27 »
Это получается что общими являются 135000 СНИПов?

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: FTDNA
« Ответ #10622 : 14 Апрель 2019, 23:22:02 »
Интересно, если будет функционал прокачки OmniExpress->GSA, то будут ли склеиваться результаты тестов?
Без объединения результатов такой апгрейд сложно представить. Иначе разумно будет сделать новый тест в отдельном аккаунте.

Ну мало ли - всегда есть место для маразма  ;D
Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf


Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 399
  • Страна: ru
  • Рейтинг +199/-0
Re: FTDNA
« Ответ #10623 : 14 Апрель 2019, 23:28:12 »
Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf
Так у OmniExpress тоже есть снипы Y и мтДНК судя по спецификации https://www.illumina.com/products/by-type/microarray-kits/infinium-omni-express.html

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: FTDNA
« Ответ #10624 : 14 Апрель 2019, 23:44:10 »
Это получается что общими являются 135000 СНИПов?
Именно так. По моим старым записям если смотреть FTDNA, Ancestry, MyHeritage, LivingDNA, 23andme v5 и предыдушие версии , то у всех тестов около 115 000 общих SNPs. OmniExpress и GSA должны быть в районе 140 000 SNPs.
Качество совпадений с новым чипом будет хуже, но возможно FTDNA предложат апгрейд. Жаль. На мой вопрос более года назад о переходе на GSA FTDNA не ответила.
Всё-таки полногеномное тестирование является более комплексным решением независящим от чипа, но пока никто не соглашается или не умеет обрабатывать такие результаты.
Ну и камень в сторону FTDNA - почему пользователи узнают об изменении пользовательского соглашения  или чипа для тестов из прессы, а не напрямую от компании? Можно было бы и послать мэйл с новостями и информацией об апгейде старых тестов.

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +201/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y82720; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Re: FTDNA
« Ответ #10625 : 14 Апрель 2019, 23:53:01 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 1886
  • Страна: ru
  • Рейтинг +683/-3
Re: FTDNA
« Ответ #10626 : 14 Апрель 2019, 23:55:21 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?
Видимо как раз по общим 1350000 СНИПов?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: FTDNA
« Ответ #10627 : 15 Апрель 2019, 00:01:59 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?
Видимо как раз по общим 1350000 СНИПов?
Да, в GEDmatch только по общим СНИПам.
Так, на заметку - кто не сгрузил, сгрузите данные анализа с FTDNA - может пригодятся позже на GEDmatch или где еще. А то может начнется перетестирование по новому чипу и старые результаты будут недоступны...

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 399
  • Страна: ru
  • Рейтинг +199/-0
Re: FTDNA
« Ответ #10628 : 15 Апрель 2019, 00:05:05 »
Интересно, если будет функционал прокачки OmniExpress->GSA, то будут ли склеиваться результаты тестов?
Без объединения результатов такой апгрейд сложно представить. Иначе разумно будет сделать новый тест в отдельном аккаунте.

Ну мало ли - всегда есть место для маразма  ;D
Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Посмотрел в Экселе - там есть 571 снип для хромосомы, обозначенной как XY и 194 снипов MT
« Последнее редактирование: 15 Апрель 2019, 04:00:40 от Ankor »

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: FTDNA
« Ответ #10629 : 15 Апрель 2019, 09:15:04 »
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

У GSA есть пространство в 50к настраиваемых маркеров: похоже, что ФТДНА настроило их на максимальную обратную совместимость со старыми чипами - потому перекрытие не 135к, а больше.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 594
  • Страна: af
  • Рейтинг +297/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Re: FTDNA
« Ответ #10630 : 15 Апрель 2019, 09:35:04 »
Кто-нибудь пробовал уже вытащить данные по Y и mito из нового GSA файла?
« Последнее редактирование: 15 Апрель 2019, 09:59:36 от ochkas »

Оффлайн Панк

  • Сообщений: 1365
  • Страна: ua
  • Рейтинг +673/-1
Re: FTDNA
« Ответ #10631 : 15 Апрель 2019, 10:07:53 »

Посмотрел в Экселе - там есть 571 снип для хромосомы, обозначенной как XY и 194 снипов MT

А как вытащить данные по У ??

В Экселе нашел снипы гг  А, J  (судя по всему отрицательные)
Искал снипы R1a-M198 и одноуровневые - не нашел (( проверял в результатах ФФ у кого сделан У-12 (R1a-M198)

Оффлайн piccolodrago

  • Сообщений: 96
  • Страна: ru
  • Рейтинг +12/-0
  • мтДНК: H6a1a
Re: FTDNA
« Ответ #10632 : 15 Апрель 2019, 12:59:43 »
А как понять, на каком чипе делались последние тесты?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FTDNA
« Ответ #10633 : 15 Апрель 2019, 19:02:28 »
Можно загрузиться в ГедМатч и сравнить пересечения с заведомо старым чипом от ФТДНА.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: FTDNA
« Ответ #10634 : 16 Апрель 2019, 19:00:48 »
Сделал сводную таблицу по снипам для старого и нового чипа. Для старого чипа использован файл нового (январского) формата. Для нового чипа взят файл с предыдущей страницы.

23andme и LivingDNA тоже используют чип GSA. В моих результатаг от 23andme имеется 3733 снипа в Y хромосоме. LivingDNA выдает положительные снипы отдельным файлом. Обе выдали мне группу R-Z92, что существенно лучше R-M198 с Y-111. Y видимо сознательно вырезаны из файла, чтобы не создавать конкуренции Y-STR тестам.

Также подозрительно мало снипов в мито - 23andme сообщает 4318 мито снипов. Определение моей митогруппы оказалось насколько же точным как и mtFULL в FTDNA.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.