АвторТема: FTDNA  (Прочитано 674550 раз)

Rf7809 и 3 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Илья М

  • Сообщений: 19
  • Страна: ru
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-ДНК: R-YP5611, J-L816, E-Y6923
  • мтДНК: HV-T16311C!, W5a, K1a1b1a
Re: FTDNA
« Ответ #10755 : 08 Апрель 2019, 22:15:32 »
Такое, к сожалению, у всех.
Батчи FF начиная с 941 (от 13 февраля) до сих пор не закрываются. Автоматика уже месяцы сдвигает на очередные 2 недели сроки как только они подходят.
Мне немного не повезло с почтой, два кита успели на 940 батч и были сделаны за 8 и 10 дней, а третий кит опоздал и попал на 944 (25 февраля), где и пребывает незавершенным уже седьмую неделю вместе с остальными.

Техподдержка с опозданием отвечала, что все лабораторные процедуры давно сделаны и тесты просто всем скопом ожидают загрузки. И с этой загрузкой некие проблемы, всё еще требующие решения IT специалистами.

https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/grumbles-gripes/18727-current-ff-batch/page105

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +109/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10756 : 14 Апрель 2019, 20:51:47 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.

Источники:
https://dna-explained.com/2019/04/09/dna-testing-and-transfers-whats-your-strategy/
https://isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_testing_comparison_chart

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1124
  • Страна: ru
  • Рейтинг +418/-16
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY82934
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: FTDNA
« Ответ #10757 : 14 Апрель 2019, 21:43:12 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.

Источники:
https://dna-explained.com/2019/04/09/dna-testing-and-transfers-whats-your-strategy/
https://isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_testing_comparison_chart

Эхехе...
Интересно, если будет функционал прокачки OmniExpress->GSA, то будут ли склеиваться результаты тестов?

Цитировать
Comparing the GSA chip (23andMe v5) to the current AncestryDNA v2 product (OmniExpress chip), they overlap at only 149,394 SNPs, or 23.3%.

« Последнее редактирование: 14 Апрель 2019, 22:07:12 от Daemon2017 »

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +109/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10758 : 14 Апрель 2019, 23:13:40 »
Интересно, если будет функционал прокачки OmniExpress->GSA, то будут ли склеиваться результаты тестов?
Без объединения результатов такой апгрейд сложно представить. Иначе разумно будет сделать новый тест в отдельном аккаунте.

Онлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 801
  • Страна: ru
  • Рейтинг +249/-1
Re: FTDNA
« Ответ #10759 : 14 Апрель 2019, 23:19:27 »
Это получается что общими являются 135000 СНИПов?

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1124
  • Страна: ru
  • Рейтинг +418/-16
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY82934
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: FTDNA
« Ответ #10760 : 14 Апрель 2019, 23:22:02 »
Интересно, если будет функционал прокачки OmniExpress->GSA, то будут ли склеиваться результаты тестов?
Без объединения результатов такой апгрейд сложно представить. Иначе разумно будет сделать новый тест в отдельном аккаунте.

Ну мало ли - всегда есть место для маразма  ;D
Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf


Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +152/-0
Re: FTDNA
« Ответ #10761 : 14 Апрель 2019, 23:28:12 »
Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf
Так у OmniExpress тоже есть снипы Y и мтДНК судя по спецификации https://www.illumina.com/products/by-type/microarray-kits/infinium-omni-express.html

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 179
  • Рейтинг +123/-1
  • Y-ДНК: ЖМ: N1c-Z1939
Re: FTDNA
« Ответ #10762 : 14 Апрель 2019, 23:44:10 »
Это получается что общими являются 135000 СНИПов?
Именно так. По моим старым записям если смотреть FTDNA, Ancestry, MyHeritage, LivingDNA, 23andme v5 и предыдушие версии , то у всех тестов около 115 000 общих SNPs. OmniExpress и GSA должны быть в районе 140 000 SNPs.
Качество совпадений с новым чипом будет хуже, но возможно FTDNA предложат апгрейд. Жаль. На мой вопрос более года назад о переходе на GSA FTDNA не ответила.
Всё-таки полногеномное тестирование является более комплексным решением независящим от чипа, но пока никто не соглашается или не умеет обрабатывать такие результаты.
Ну и камень в сторону FTDNA - почему пользователи узнают об изменении пользовательского соглашения  или чипа для тестов из прессы, а не напрямую от компании? Можно было бы и послать мэйл с новостями и информацией об апгейде старых тестов.

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 385
  • Страна: ru
  • Рейтинг +110/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP5814; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Re: FTDNA
« Ответ #10763 : 14 Апрель 2019, 23:53:01 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?

Онлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 801
  • Страна: ru
  • Рейтинг +249/-1
Re: FTDNA
« Ответ #10764 : 14 Апрель 2019, 23:55:21 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?
Видимо как раз по общим 1350000 СНИПов?

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +109/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10765 : 15 Апрель 2019, 00:00:45 »
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?
Если речь о данных 23andMe и AncestryDNA, полученных на новом чипе (ранее ими тоже использовался OmniExpress), то сравниваются только перекрывающиеся (общие) снипы (см. столбец "Overlap" в GEDmatch Genesis), отчего сильно страдает качество сравнения.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 179
  • Рейтинг +123/-1
  • Y-ДНК: ЖМ: N1c-Z1939
Re: FTDNA
« Ответ #10766 : 15 Апрель 2019, 00:01:59 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?
Видимо как раз по общим 1350000 СНИПов?
Да, в GEDmatch только по общим СНИПам.
Так, на заметку - кто не сгрузил, сгрузите данные анализа с FTDNA - может пригодятся позже на GEDmatch или где еще. А то может начнется перетестирование по новому чипу и старые результаты будут недоступны...

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +152/-0
Re: FTDNA
« Ответ #10767 : 15 Апрель 2019, 00:05:05 »
Интересно, если будет функционал прокачки OmniExpress->GSA, то будут ли склеиваться результаты тестов?
Без объединения результатов такой апгрейд сложно представить. Иначе разумно будет сделать новый тест в отдельном аккаунте.

Ну мало ли - всегда есть место для маразма  ;D
Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Посмотрел в Экселе - там есть 571 снип для хромосомы, обозначенной как XY и 194 снипов MT
« Последнее редактирование: 15 Апрель 2019, 04:00:40 от Ankor »

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +109/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10768 : 15 Апрель 2019, 03:26:41 »
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1124
  • Страна: ru
  • Рейтинг +418/-16
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY82934
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: FTDNA
« Ответ #10769 : 15 Апрель 2019, 09:15:04 »
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

У GSA есть пространство в 50к настраиваемых маркеров: похоже, что ФТДНА настроило их на максимальную обратную совместимость со старыми чипами - потому перекрытие не 135к, а больше.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100