АвторТема: FTDNA  (Прочитано 748463 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 310
  • Страна: ru
  • Рейтинг +157/-0
Re: FTDNA
« Ответ #10755 : 15 Апрель 2019, 00:05:05 »
Интересно, если будет функционал прокачки OmniExpress->GSA, то будут ли склеиваться результаты тестов?
Без объединения результатов такой апгрейд сложно представить. Иначе разумно будет сделать новый тест в отдельном аккаунте.

Ну мало ли - всегда есть место для маразма  ;D
Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Посмотрел в Экселе - там есть 571 снип для хромосомы, обозначенной как XY и 194 снипов MT
« Последнее редактирование: 15 Апрель 2019, 04:00:40 от Ankor »

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10756 : 15 Апрель 2019, 03:26:41 »
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1260
  • Страна: ru
  • Рейтинг +514/-16
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY82934
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: FTDNA
« Ответ #10757 : 15 Апрель 2019, 09:15:04 »
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

У GSA есть пространство в 50к настраиваемых маркеров: похоже, что ФТДНА настроило их на максимальную обратную совместимость со старыми чипами - потому перекрытие не 135к, а больше.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 376
  • Страна: ru
  • Рейтинг +143/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1 (BLR)
Re: FTDNA
« Ответ #10758 : 15 Апрель 2019, 09:35:04 »
Кто-нибудь пробовал уже вытащить данные по Y и mito из нового GSA файла?
« Последнее редактирование: 15 Апрель 2019, 09:59:36 от ochkas »

Оффлайн Панк

  • Сообщений: 1128
  • Страна: ua
  • Рейтинг +481/-1
  • Y-ДНК: R-M198 [RUS]
  • мтДНК: H [UKR]
Re: FTDNA
« Ответ #10759 : 15 Апрель 2019, 10:07:53 »

Посмотрел в Экселе - там есть 571 снип для хромосомы, обозначенной как XY и 194 снипов MT

А как вытащить данные по У ??

В Экселе нашел снипы гг  А, J  (судя по всему отрицательные)
Искал снипы R1a-M198 и одноуровневые - не нашел (( проверял в результатах ФФ у кого сделан У-12 (R1a-M198)

Оффлайн piccolodrago

  • Сообщений: 93
  • Страна: ru
  • Рейтинг +12/-0
  • мтДНК: H6a1a
Re: FTDNA
« Ответ #10760 : 15 Апрель 2019, 12:59:43 »
А как понять, на каком чипе делались последние тесты?

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10761 : 15 Апрель 2019, 18:15:05 »
А как понять, на каком чипе делались последние тесты?
Посмотреть файл с исходными данными. Выложенный выше файл от нового чипа начинается со снипов, начинающихся на ".RS" (ранее не было снипов, начинающихся с точки). Также в нем много других снипов с необычными именами.

Примеры:
C8ORF37_c.545A>G_F,8,96259924
CD59_c.266G>A_F,11,33731793
CDH1-chr16-68842443,16,68842439
CDKN2A-chr9-21974679,9,21974679
CERKL_c.238+1G>A_F,2,182521495

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36980
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3543/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FTDNA
« Ответ #10762 : 15 Апрель 2019, 19:02:28 »
Можно загрузиться в ГедМатч и сравнить пересечения с заведомо старым чипом от ФТДНА.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10763 : 16 Апрель 2019, 03:38:16 »
Сделал сводную таблицу по снипам для старого и нового чипа. Для старого чипа использован файл нового (январского) формата. Для нового чипа взят файл с предыдущей страницы.

« Последнее редактирование: 16 Апрель 2019, 04:09:52 от rmk »

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 237
  • Рейтинг +165/-1
  • Y-ДНК: ЖМ: N1c-Z1939
Re: FTDNA
« Ответ #10764 : 16 Апрель 2019, 19:00:48 »
Сделал сводную таблицу по снипам для старого и нового чипа. Для старого чипа использован файл нового (январского) формата. Для нового чипа взят файл с предыдущей страницы.

23andme и LivingDNA тоже используют чип GSA. В моих результатаг от 23andme имеется 3733 снипа в Y хромосоме. LivingDNA выдает положительные снипы отдельным файлом. Обе выдали мне группу R-Z92, что существенно лучше R-M198 с Y-111. Y видимо сознательно вырезаны из файла, чтобы не создавать конкуренции Y-STR тестам.

Также подозрительно мало снипов в мито - 23andme сообщает 4318 мито снипов. Определение моей митогруппы оказалось насколько же точным как и mtFULL в FTDNA.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1260
  • Страна: ru
  • Рейтинг +514/-16
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY82934
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: FTDNA
« Ответ #10765 : 16 Апрель 2019, 19:49:35 »
Написал FTNDA письмо. Извиняюсь за мой эльфийский:
Цитировать
Hello!

I heared, that FTDNA started using a new FF chip, "Infinium GSA-24" (665k SNPs), istead of old "Infinium OE-24" (713k SNPs). As I see in documentation, they are overlaping for 135k of SNPs, so my 5 years old FF test will overlap with newcomers tests for only 20-25%.

Is it possible for me to pay for a FF upgrade? I want to receive "BigFF" (713+(665-135)=1234k SNPs) to have a possibility of high-quality matching both with new and old FF's tested.

With respect,
Dmitrij

В прошлый раз на схожий околотехнический вопрос ответили на следующий день - надеюсь, что и в этот раз не подведут :)

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10766 : 16 Апрель 2019, 20:09:07 »
Y видимо сознательно вырезаны из файла, чтобы не создавать конкуренции Y-STR тестам.

Также подозрительно мало снипов в мито - 23andme сообщает 4318 мито снипов.
Да, не секрет, что FTDNA занимается вырезанием данных из результатов разных тестов (в том числе из Big Y вырезается мтДНК). На предыдущем чипе то же самое делали. Еще на предыдущем чипе удалялись результаты для множества медицинских снипов (ставились для них "no-call"). Теперь, похоже, с медицинскими снипами нормальная ситуация будет - проверил ряд интересных - большинство на месте и не "no-call".

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 376
  • Страна: ru
  • Рейтинг +143/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1 (BLR)
Re: FTDNA
« Ответ #10767 : 16 Апрель 2019, 20:18:53 »
Прогнал новый FF через предиктор митогаплогрупп http://vps1.jameslick.com/dna/mthap/.
Показывает что испытуемый (из Украины) вероятно H2a2a1.
Значит Мито вытащить всё таки можно.

Оффлайн Oxon

  • Сообщений: 1131
  • Страна: gb
  • Рейтинг +291/-0
Re: FTDNA
« Ответ #10768 : 16 Апрель 2019, 20:22:36 »
Это дефолтная H2a2a1 :(

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10769 : 16 Апрель 2019, 20:24:01 »
Значит Мито вытащить всё таки можно.
Всего 194 снипа, см. таблицу выше.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100