АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 26934 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн MCB

  • Сообщений: 32
  • Страна: 00
  • Рейтинг +19/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #480 : 14 Октябрь 2019, 19:41:47 »
Пришел емейл от Данте, обещающий, что они сделают BAM / FASTQ файлы доступными с облака, и больше внешние диски для пересылки этих файлoв заказывать будет не надо

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 191
  • Страна: ru
  • Рейтинг +49/-0
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Z92(YP682+)
  • мтДНК: H1b2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #481 : 14 Октябрь 2019, 20:48:09 »
Пришел емейл от Данте, обещающий, что они сделают BAM / FASTQ файлы доступными с облака, и больше внешние диски для пересылки этих файлoв заказывать будет не надо
и мне написали

Оффлайн sergm

  • Сообщений: 62
  • Страна: ua
  • Рейтинг +313/-0
  • Y-ДНК: R-Y17488
  • мтДНК: HV-T16311C!
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #482 : 14 Октябрь 2019, 23:01:10 »
А мне пришло письмо, в котором в очередной раз с мая месяца пообещали просто сделать мой тест :)

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5436
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2202/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #483 : 15 Октябрь 2019, 12:14:05 »
Здравствуйте! Кто-нибудь из России получал образец как физ.лицо в последнее время?
История вот какая...
В феврале мы участвовали в акции, купили по скидкой кит. С тех пор постоянно ожидания и бесполезная переписка, при чем пытать вопросами приходится постоянно, иначе тишина и молчание.
Обещали еще в мае выслать повторную пробирку, тк в первый раз якобы не прошла контроль. Затем месяц назад сообщили, что все-таки попытаются выделить днк. Но увы... еще 30 дней дурацкого ожидания. В кабинете при этом статус сменился "ваш новый кит в пути".

На запрос номера для отслеживания тут же получаем:

"Thanks for your purchase on our Website. International shipments to Russia, when directed to an individual, are extremely hard. Russian custom does not make any foreign parcel get into the country unless the final recipient is an enterprise.

It would be great if you could provide us with a VAT ID with the related business name."

К слову, VAT ID был отправлен еще 29.05. Вот мне интересно, реально физ.лица теперь не могут получить пробирки? Если на ип отправлять, растаможка? Стоит оно того??
Кто-нибудь в курсе, сейчас реально получить от них пробирку в Россию? Знакомый раздумывает над приобретением теста. В принципе, там и на юрлицо можно.

PS тоже пообещали письмом сделать доступными из облака файлы, которые в моем случае были доступны из личного кабинета изначально ::)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34637
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #484 : 15 Октябрь 2019, 16:23:34 »
А я всё равно себе заказал жёсткий диск с данными. По цене с доставкой - он немногим отличается от магазинной цены пустого накопителя.
Всё равно данные надо на что-то скачивать. Пару сотню ГБ (учитывая все файлы) - на компьютере так и так всё время не храню. У меня всего лишь 700 ГБ дискового пространства.
Да, и облако. Сегодня есть. Завтра нет. Причём в нынешних реалиях, доступ к данным могут закрыть одномоментно.

:)

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 142
  • Рейтинг +97/-1
  • Y-ДНК: ЖМ: N1c-Z1939
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #485 : 15 Октябрь 2019, 21:10:20 »
А я всё равно себе заказал жёсткий диск с данными. По цене с доставкой - он немногим отличается от магазинной цены пустого накопителя.
Всё равно данные надо на что-то скачивать. Пару сотню ГБ (учитывая все файлы) - на компьютере так и так всё время не храню. У меня всего лишь 700 ГБ дискового пространства.
Да, и облако. Сегодня есть. Завтра нет. Причём в нынешних реалиях, доступ к данным могут закрыть одномоментно.

:)

Если кто-то заботится о месте и сохранности данных, рекоммендую почитать про массивы RAID: https://ru.wikipedia.org/wiki/RAID Поломка жесткого диска случалась со мной 3 раза лет за 15-18. После первой поломки и потери 500 GB, решил перейти на RAID-массивы. (Поломка произошла при включении внешнего диска, четкий щелчок и появился совершенно метрвый диск).

Самый простой уровнь RAID 1 - зеркалировние данных на двух дисках. Если компьютер стационарный, то можно посмотреть инструкцию к материнской плате. Многие даже не профессиональные материнские платы имеют возможность создания RAID 1. Ноутбуки попродвинутей тоже могут иметь возможность установки второго жесткого диска и создания RAID 1.

Также есть NAS https://ru.wikipedia.org/wiki/NAS. Простой компьютер, который подключается к домашней сети, и обеспечивает доступ данных по сети, ну и по USB. Есть шасси с поддержкой RAID 1 и 2-мя местами для дисков. Можно использовать как бэкап для всей семьи. Простые шасси, типа Zyxel NA326, стоят около 100$ плюс стоимость дисков. Есть и полностью готовые решения, например WD My Cloud Home Duo Nas.

Вероятность выхода из строя двух дисков одновременно существенно ниже вероятности выхода из строя одного диска. Массив работает, есть доступ к данным, даже если один диск вышел из строя. Сломавшийся диск, меняется на новый и массив восстанавливается. За 12 лет было 2 поломки дисков в массивах, все восстановил и ничего не потерял. Рекоммендую сразу вложиться в диски - специализированные для NAS держаться лучше. WesternDigital Red NAS 3 TB продается за примерно 100$, нужно минимум два. Если надо больше, то есть диски 14-16 TB. Недостаток, конечно, что приходится платить вдвое за пространство обеспечиваемое одним диском.

PS Про RAID 0 и JBOD знаю. Я использую 9 TB в массиве RAID 5. WGS тесты просто жрут пространство. 118 GB на FASTQ и 119 GB для BAM-файла на один тест, а если делать свое выравнивание, то еще 120 GB на свой BAM-файл, если удалить все промежутичные файлы. 360 GB ушли как с куста.

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 69
  • Страна: fi
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-ДНК: R-M198
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #486 : 16 Октябрь 2019, 10:38:06 »
Заказал intro 4x за 99 евро
Пришло, обратил внимание - на самой пробирке надпись: "Exp: 2020-01-17". То есть срок годности её истекает всего лишь через 3 месяца.
Еще и обратная отправка была "действительно до 2020-01-14". Вроде на их сайте нигде не написано, что всего 3 месяца отведено на анализ? Я чуть было больше не купил, чтобы родственникам отправить - а это бы с полгода точно заняло бы.

Теперь немного волнуюсь про первый кит, который у них заказывал - родственники ничего про срок годности не говорили, а сам пробирку не посмотрел. Там получается впритык к 3 месяцам.
(добавление: проверил серийные номера китов, так тот прошлый был даже чуть новее последнего ;D так что видимо и срок годности у того точно так же до начала 2020)
« Последнее редактирование: 16 Октябрь 2019, 13:48:09 от mdn »

Оффлайн AlexVN

  • Сообщений: 2
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #487 : 16 Октябрь 2019, 16:03:45 »
Всем привет, некоторое время назад я таки дождался от Данте первых данных по моему секвенированию. Заказывал еще в апреле когда было доступно длинными чтениями у них.
Пока к скачаванию готов только FASTQ файл, с трудом но выкачал из их облака на другом конце земли - та еще задача. При обрыве связи качай все заново ( Архив около 100Гб
Я совсем новичок в анализе генетических данных, так что не пинайте сильно )
Для начала хотел понять качество этих конкретных данных. Прогнал через fastp и FastQC - на мой взгляд результаты как-то не очень. fastp и fastqc
Может что не так с настройками, для LongRead может надо использовать какие-то другие утилиты?
В общем подскажите куда копать и чем анализировать.
Ну и в BAM формат потом хочется самостоятельно перевести. Данте вроде в последнем письме обещает сделать, но пока от них дождешься...

И еще, по самим данным можно понять на каком оборудовании произведен анализ?
Данные заголовка приблизительно такие: @1c4e142b-76e5-43ea-bfca-72ee76420fff runid=73c96f5de7cbea095a60354ddb9b8c5133913c33 read=6 ch=2104 start_time=2019-06-06T17:45:50Z flow_cell_id=PAD65127 protocol_group_id=DL_AQ_2
0190606_005 sample_id=608
Из заголовка что-то полезное можно извлечь?
« Последнее редактирование: 16 Октябрь 2019, 17:09:07 от AlexVN »

Оффлайн AlexVN

  • Сообщений: 2
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #488 : 16 Октябрь 2019, 16:53:13 »
Кто-нибудь в курсе, сейчас реально получить от них пробирку в Россию? Знакомый раздумывает над приобретением теста. В принципе, там и на юрлицо можно.

PS тоже пообещали письмом сделать доступными из облака файлы, которые в моем случае были доступны из личного кабинета изначально ::)
Первую пробирку еще в апреле я получил на физлицо без каких-то проблем. Со второй, заказывал в мае, уже возникли серьезные проблемы с отправкой. Несколько месяцев переписки с ними впустую, говорят пробовали разными службами доставки, мне даже приходили номера для отслеживания, но безрезультатно. В итоге попросил отправить на адрес посредника в Германии, туда пришло без проблем, посредник тоже в общем то без проблем доставил в Россию, хотя и пришлось за это заплатить 20 евро. Посредник бандеролька.
С отправкой обратно тоже цирк с конями. Первую пробирку удалось отправить от юрлица указав что там просто пластиковая коробка.
Со второй так не прокатило, DHL позвонил со словами что таможенный инспектор желает знать что внутри пробирки, я честно признался, в итоге мне все вернули обратно. Решил отправить почтой России, отправка прошла без проблем и за копейки, на текущий момент судя по трекингу таможня пройдена, но до Данте еще не доехала посылка.

Оффлайн MCB

  • Сообщений: 32
  • Страна: 00
  • Рейтинг +19/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #489 : 16 Октябрь 2019, 23:00:49 »
Прогнал через fastp и FastQC - на мой взгляд результаты как-то не очень. fastp и fastqc
Может что не так с настройками, для LongRead может надо использовать какие-то другие утилиты?
Адапторы от Оксфорда эти пакеты не распознают, ну так первые 9 нуклеотидов, вероятно, их адоптор и можно проигнорить. Потом среднее качество довольно долго держится на уровне phred 15, т.е. одной ошибки на 30 нуклеотидов (с большим разбросом, но 95% ридов не дотягивают до phred 20, то есть частота ошибок практически всегда выше 1%), а ближе к концу длинного рида качество начинает сползать и ошибки в среднем лепятся с 10% частотой (но даже в лучших ридах там 2% ошибок). Отдельный вопрос, конечно - хорошо ли отработана у них шкала phred, ведь эта оценка качества может оказаться и хуже или лучше, чем реально по выравниванию. Ближе к концу ридов также видны, видимо, систематические ошибки, когда пурины не идентифицируются, а зато пиримидинов лезет прорва?

Примерно такого качества и следует ожидать от нанапоровых машин Оксфорда. Их главное достоинство - не в том, что нуклеотиды читаются надежно, а в том, что надежно виден дальний порядок в ДНК и все те хромосомные перестройки, которые обычное секвенирование пропускает.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100