АвторТема: Компания Nebula Genomics  (Прочитано 2988 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 86
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #45 : 29 Июль 2020, 10:15:01 »
Кто уже отправлял? Подскажите пожалуйста через какую компанию отправляли и как подписывали. Просто переживаю как бы на границе не остановили мою посылку.
Числа 10 мая +- заказывал. Примерно 25 Июня получил. Сразу отправил. С 7 июля был статус Подготовлено к отправке из России.  24 июля Прошло регистрацию в Соединенных Штатах Америки. 27 вручение.

Кстати, с купоном MYTRUEANCESTRY10  Nebula выходит в 269$.

Вопрос с интеграцией с базой FTDNA похоже не в лучшую сторону будет решен. Придется доплачивать. И суммы которые писали в Facebook не очень радужные. Но нужна ли эта интеграция? Данные FTDNA (большую часть) можно сами собрать. STR маркеры получим у Yfull. Да там не все будут, но для сравнений можно использовать. Плюс снипы будут. На мой взгляд даже без базы FTDNA Nebula куда перспективнее BigY.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 86
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #46 : 24 Сентябрь 2020, 11:16:55 »
Наконец готов результат.
29 Июля получил сообщение, что кит получен. Обещали до 10 недель. Справились почти ровно за 2 месяца.
Утром сразу сняли 20$ за месяц абон плата. Сразу отключу, ничего интересного там нет.
Дают возможность скачать:
CRAM (+CRAI)  - 50 gb
FASTQ - 50gb x2
VCF(+TBI)  - 300 mb
Никакой интеграции с FTDNA у них пока нет.
Deep Ancestry (Coming Soon) есть надпись.

Есть:
genome browser
Gene Analysis
Nebula Library. Можно в PDF скачать их данные по предрасположенностям.
traits
Чуть позже со скриншотами сделаю обзор.

Оффлайн ETOBOG

  • Сообщений: 32
  • Страна: ru
  • Рейтинг +10/-0
  • Y-ДНК: R-M198, мтДНК: J1c2c2a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #47 : 25 Сентябрь 2020, 23:53:19 »
Есть:
genome browser
Gene Analysis
Nebula Library. Можно в PDF скачать их данные по предрасположенностям.
traits
Чуть позже со скриншотами сделаю обзор.

Очень жду обзор, спасибо за то, что делитесь.
Тоже намереваюсь заказать, но пока не понял для чего :)

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 86
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #48 : 26 Сентябрь 2020, 15:55:31 »
Есть:
genome browser
Gene Analysis
Nebula Library. Можно в PDF скачать их данные по предрасположенностям.
traits
Чуть позже со скриншотами сделаю обзор.

Очень жду обзор, спасибо за то, что делитесь.
Тоже намереваюсь заказать, но пока не понял для чего :)
За 300$ можно получить все что можно. Аналогичные продукты (не совсем тоже самое, продукт FTDNA основан на технологиях прошлого) обойдутся примерно в 770$.
Вы получаете cram фаил. Его можно загрузить напрямую в Yfull. Cram легко перевести в обычный Bam. Его уже можно скормить WGSExtract и выделить из Bam аутосомные файлы, получить группу Y и Mtdna. Аутосомные файлы создаются во всех форматах, можно загрузить в gedmatch, myheritage, ftdna. + файлы для медицинских исследований итд.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 86
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #49 : 26 Сентябрь 2020, 20:56:55 »
Есть:
genome browser
Gene Analysis
Nebula Library. Можно в PDF скачать их данные по предрасположенностям.
traits
Чуть позже со скриншотами сделаю обзор.

Очень жду обзор, спасибо за то, что делитесь.
Тоже намереваюсь заказать, но пока не понял для чего :)
Небольшой обзор
https://docs.google.com/document/d/1NsMbeRUSO8eq2sGjv4DxwsGXV4XZCvQSqDlQ-90MsC4/edit#

Оффлайн ETOBOG

  • Сообщений: 32
  • Страна: ru
  • Рейтинг +10/-0
  • Y-ДНК: R-M198, мтДНК: J1c2c2a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #50 : 26 Сентябрь 2020, 22:14:05 »
За 300$ можно получить все что можно. Аналогичные продукты (не совсем тоже самое, продукт FTDNA основан на технологиях прошлого) обойдутся примерно в 770$.
Вы получаете cram фаил. Его можно загрузить напрямую в Yfull. Cram легко перевести в обычный Bam. Его уже можно скормить WGSExtract и выделить из Bam аутосомные файлы, получить группу Y и Mtdna. Аутосомные файлы создаются во всех форматах, можно загрузить в gedmatch, myheritage, ftdna. + файлы для медицинских исследований итд.

Эх, знал бы я это несколько месяцев назад, когда заказывал всё что можно у FtDna :) Теперь там уже всё готово, везде где можно загружено, проанализировано. Конечно, есть соблазн загрузить на YFull весь геном, а не только Y700, но в моих исследованиях это мало что даёт.

Сама идея, что я весь свой геном буду иметь в цифровом виде (каких-то позорных 100 гигабайт - и это весь я!) мне очень нравится. Изучая робототехнику 20 лет назад, я и подумать не мог, что до такого дойдёт :) Но вот что с этими данными делать... гадания про здоровье - так, развлечение. Хочется куда-то отправить эти данные свои с полногеномного результата, чтобы они использовались для научных целей, может программисты что-то там симулировали бы, как из этой последовательности добавляются аминокислоты и получаются люди - и всё это в виртуальной вселенной (сомневаюсь, что мощности хватит, но хотя бы начало положить). В общем, всё это очень интересно. Закажу в октябре.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 86
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #51 : 29 Сентябрь 2020, 14:45:59 »

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 121
  • Страна: kz
  • Рейтинг +52/-0
  • Y-ДНК: C3d [M407], R1a [R-ZQ651], C3x*
  • мтДНК: D4g1 & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #52 : 29 Сентябрь 2020, 16:09:36 »
Покрытие
http://www.yfull.com/share/yreport/01b1a62c5f2efc895035318cd40cfba3/
Покрытие весьма хорошое ;) Сколько гигабейзов вышло у Вас?

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 121
  • Страна: kz
  • Рейтинг +52/-0
  • Y-ДНК: C3d [M407], R1a [R-ZQ651], C3x*
  • мтДНК: D4g1 & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #53 : 14 Октябрь 2020, 11:25:20 »
На официальном сайте Nebula Genomics теперь можно заказать тест на 100x WGS за 999$ ;)




Оффлайн Schimon

  • Сообщений: 16
  • Страна: by
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: I-Y3118
  • мтДНК: H10e6
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #54 : 14 Октябрь 2020, 11:29:31 »
А зачем такое покрытие?
Вроде и 30 вполне достаточно?

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 121
  • Страна: kz
  • Рейтинг +52/-0
  • Y-ДНК: C3d [M407], R1a [R-ZQ651], C3x*
  • мтДНК: D4g1 & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #55 : 14 Октябрь 2020, 11:39:18 »
А зачем такое покрытие?
Вроде и 30 вполне достаточно?

Самому интересно стало зачем. Для аутосом 30-х кратное покрытие уже хватает за глаза, может для Y хромосомы 100x полезнее будет  ::)

Вот что нашел на просторах интернета:
"We’re often asked why whole genome sequencing (WGS) is only performed at 30X coverage while whole exome sequencing (WES) is typically performed at 100X coverage."

Наверное 100-кратное покрытие ради экзома взяли. Думаю таким образом они сразу 2 зайца приметили с WGS 100x, 1 для экзома + 1 для лучшего покрытия Y хромосомы.
« Последнее редактирование: 14 Октябрь 2020, 11:58:59 от Saken »

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6568
  • Страна: ru
  • Рейтинг +927/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #56 : 14 Октябрь 2020, 12:22:55 »
Я тоже думаю, что 100х это пустая трата денег за сверх качество, которое де факто информационно ничего не добавляет к 30х

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100