АвторТема: 23andme в Беларусь  (Прочитано 9466 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #45 : 25 Январь 2020, 18:28:01 »
Я понимаю, что дистанция - величина линейная. Одномерная.
А сами геномы - многомерны.

Любимая аналогия ещё времён ДекодМи - получение двухмерных дистанций для трёхмерных объектов.

Звучит она так.

1. Возьмём две точки на прозрачной сфере.

2. Дистанции будут меняться в зависимости от проекции.

3. При определённом угле зрения, точки сольются в одну. (Т.е. дистанция 0.)

4. Можно посмотреть и под таким углом, когда дистанция будет максимальна. Равна диаметру сферы.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #46 : 25 Январь 2020, 18:32:04 »
Но повторю ключевой термин.
Абстрагирование.

Мы, используя калькуляторы, каким-то образом получаем дистанции.

Этим, каким-то абстрактным (в данном случае) образом можно получить дистанцию между двух геномов.

Задача состоит в попарной проверке массива и выделении групп с наименьшими дистанциями.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #47 : 25 Январь 2020, 18:34:43 »
Если говорить о графическиом представлении идеи.

То на двумерном графике, где обычно разноцветными точками указаны представители разных популяций, - выделяем скопления.

Эти скопления и используем в качестве референтных групп.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #48 : 25 Январь 2020, 18:39:03 »
Сейчас во главе угла идентификация.

Берётся два восточно-европейца.

Или два русских.

Или два рязанца.

Не два , а несколько. Много.

Предполагаются две вещи:

а) статистически сможем выделить некие общие черты;

б) представители одной популяции обладают некими общими характеристиками генофонда.


Оба предположения не вполне себе верны.


Поэтому предлагаю ТЕМ, ИЛИ ИНЫМ ОБРАЗОМ, выделить группы людей, у которых геномы действительно сходны.
И только потом, попытаться увязать эти группы с какой-то популяцией.

Оффлайн Oxon

  • Сообщений: 1936
  • Страна: gb
  • Рейтинг +479/-4
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #49 : 25 Январь 2020, 19:11:43 »
Хочется быть оптимистом, однако пока 23andme увольняет сотрудников - в этот четверг уволили 100 человек или 14% всех сотрудников за плохие продажи:
https://www.cnbc.com/2020/01/23/23andme-lays-off-100-people-ceo-anne-wojcicki-explains-why.html
То-то обещанный во вторник результат до сих пор висит без признаков жизни.  Первый раз попыталась использовать 23. 

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #50 : 25 Январь 2020, 19:31:37 »
И пресса по поводу 23эндМи плохая. Последняя статья, что читал, на тему "должна ли 23эндМи платить нам деньги"?


:(

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #51 : 25 Январь 2020, 19:34:28 »
По поводу кластеризация.

Метод простого сравнения (то есть сравнивают в процентах весь геном) - достаточно тупиковый. Причина в том, что полагаем, что каждая позиция генома - одинаково значимая.


В генеалогическом плане, мне больше всего нравится подход МН. Когда кластеры создаются на основе матрицы общего сходства.
Последняя же создаётся по всем УПСам больше 3 сМ (кажется).

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #52 : 25 Январь 2020, 19:38:13 »
Напомню:


Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #53 : 25 Январь 2020, 19:40:00 »
Вот эти цветные кластеры и должны были бы быть референтными группами.

Увы, именно данный метод не годится. Так как тут идёт не общее попарное сравнение всех сэмплов. А попарное сравнение только со мной.

Оффлайн sommer

  • Сообщений: 665
  • Страна: ru
  • Рейтинг +186/-2
  • Y-ДНК: R-YP4444
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #54 : 25 Январь 2020, 19:42:56 »
А я сто раз об этом писал. Методологически неверно, когда берется некое множество и произвольно объединяется, скажем по месту жительству, происхождению и т. д. ему присваивается атрибут скажем "восточноевропейцы" , потом в этом множестве производится выборка по некоторым параметрам, при чем так что те, которые им удовлетворяет объявляется референсом, а что отличается просто выкидывается. Это методологически совершенно неправильно, но как-то это часто бывает в науке неправильная теория может давать сносные результаты. Это путь порочен по сути. Мало того, что происходит оперирование ничтожным количеством аутосом, при этом эти аутосомы вообще говоря относятся к чему угодно. Тут фенотип, не определяется генотипом, а наоборот разные фенотипы загоняются произвольным образом в это искусственно составленное множество.
Идеологическая составляющая это вообще самое худшее, но реальное. Само разделение восточноевропейцы-западноевропейцы больше отдает идеологией, а не наукой. А где североевропейцы, южноевропейцы. Удовлетворяет ли такой подход  принципу минимальных генетических расстояний?  Такое ощущение, что сперва были обозначены все эти ярлыки. а уже под них была произведена подгонка референсов. И повторяю, что не подходило, просто выкидывали. В результате этих кульбитов внешние фенотипические двойники скажем шведы озера Меларен - русские Новгорода страшно далеки друг от друга. Видимо испанцы им ближе.  :)  Какие референсные аутосомы брались и за что они ответственны, может за выработку инсулина, я того не ведаю. Но только в том, что что-то совсем не так в данной консерватории я уверен.
Думаю полногеномное сравнение поставит все на свои места. Жаль только, что не скоро.

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 907
  • Страна: us
  • Рейтинг +505/-1
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #55 : 25 Январь 2020, 20:00:15 »
То-то обещанный во вторник результат до сих пор висит без признаков жизни.  Первый раз попыталась использовать 23.

По выходным они раньше регулярно выдавали результаты.

В генеалогическом плане, мне больше всего нравится подход МН. Когда кластеры создаются на основе матрицы общего сходства.
Последняя же создаётся по всем УПСам больше 3 сМ (кажется).

Надежда что у них что то получится в обещанном апдейте с "генетическими группами"?

P.S. Что думаете о Global25 Весоловского?
http://eurogenes.blogspot.com/2019/07/getting-most-out-of-global25_12.html






Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #56 : 25 Январь 2020, 20:13:02 »
P.S. Что думаете о Global25 Весоловского?
http://eurogenes.blogspot.com/2019/07/getting-most-out-of-global25_12.html

Увы, ничего не думаю. Первый раз сейчас зашёл по Вашей ссылке.    :(


Думки мои про то, что хорошо бы было создать из нынешних ни на что не годных этнокалькуляторов реальное подспорье для генеалогических поисков.



:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #57 : 25 Январь 2020, 20:17:19 »
Три кита, три составных части марксизма повышения качества этнокалькуляторов:

1. Увеличение сравнительной базы.

2. Повышение размерности чипа (увеличение количества используемых для сравнения снипов, вплоть до полного генома).

3. Изменение принципа формирования референтных групп (по генетическому сходству, а не по декларируемой принадлежности к этносам, или по современным местам проживания).

Первые две части идут сами собой, как бы.

А вот третью - можно было бы изменить уже сейчас.


::)

Оффлайн Oxon

  • Сообщений: 1936
  • Страна: gb
  • Рейтинг +479/-4
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #58 : 25 Январь 2020, 21:08:02 »
  В результате этих кульбитов внешние фенотипические двойники скажем шведы озера Меларен - русские Новгорода страшно далеки друг от друга. Видимо испанцы им ближе.  :)  Какие референсные аутосомы брались и за что они ответственны, может за выработку инсулина
Если выбирать аутосомы, ответственные за внешность, которую вы, по-видимому, подразумеваете под фенотипом, то Глазго ляжет рядом с Ижевском.


Оффлайн Oxon

  • Сообщений: 1936
  • Страна: gb
  • Рейтинг +479/-4
Re: 23andme в Беларусь
« Ответ #59 : 26 Январь 2020, 11:54:38 »
По выходным они раньше регулярно выдавали результаты.
Вы были абсолютно правы.  Опубликовали в воскресенье.
Мои впечатления о первом опыте 23andme:

1 Выдали митогруппу - очень здорово, просто молодцы.
2. Мало матчей по сравнению с FTDNA и MH у англосаксонского образца, хотя казалось бы.  Выше 1 процента только 2 человека, оба до двух процентов не доходят.  В MH человек 5 из неизвестных родственников (из одного из предковых регионов была повальная эмиграция в Канаду)
3. Очень слабый калькулятор.  Британские регионы на шкале с 50 процентной вероятностью он дал пальцем в небо, указав столицы.  Потом в списке идут неправильные регионы, есть один правильный в конце.  С 1900 по 1730 показывает вообще Францию и Германию, хотя их там нету в это время.  На вероятности в 70 процентов показывает 66 процентов Скотиш-Айриш, остальное широкоевропейское, англичан нету.  В реальности там 50/50 Скотиш/Инглиш до норманского завоевания.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.