АвторТема: Скелеты из шкафа: личный опыт извлечения Y-ДНК из зуба  (Прочитано 3261 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
В этой теме хотел бы поделиться в некоторой степени личным опытом генетической генеалогии на основе нетипичного теста.

Краткое введение. Около полутора лет назад ко мне обратился один из участников проекта с необычной и конфиденциальной просьбой. Ему удалось каким-то образом найти предположительные останки (скелет) своего деда по отцу, в сталинское время расстрелянного как врага народа, и которого он теперь хотел похоронить как подобает. (Детективную часть обнаружения безымянной могилы, эксгумацию и прочие подробности опускаю как не относящиеся к делу). Однако, как и следовало ожидать, у него не было полной уверенности в том, что это останки именно его деда, и поэтому он решил выяснить родство с помощью ДНК и попросил моего содействия.

На поиск соответствующей лаборатории, переписку, уточнения и т. п. ушёл практически целый год (!) Как показал личный опыт, в отличие от стандартных генеалогических тестов на основе слюны живых людей, для извлечения ДНК из древнего материала фиксированного прайс-листа ни у одной фирмы не существует. На своих сайтах они указывают лишь примерный уровень цены, окончательная стоимость напрямую зависит от степени сохранности материала. Примерную стоимость процедуры извлечения ДНК из зуба и последующий секвенс Y-STR с учётом всех обстоятельств в среднем оценивали в ~3000 USD, что было не особо по карману нашему герою.

Но, как выяснилось, наиболее приемлемый вариант был у нас буквально под носом - российская фирма "ДНК-наследие" (dnk-nasledie.ru) ответила, что подобное исследование проводится в два этапа:
1) извлечение самой ДНК из зуба и проверка половой принадлежности индивида (действительно ли это мужчина, иначе нет смысла дальше заморачиваться), 40 тыс. руб.
2) в случае положительного результата на первом этапе проводится извлечение 27 Y-STR маркёров. Для факта подтверждения патернального родства этого вполне достаточно. (Большее число маркёров может банально не извлечься в виду возможного повреждения материала да и просто дорого это). Стоимость второго этапа - 25 тыс. руб.

В итоге весь процесс с момента поступления зуба в лабораторию до получения ответа занял около 4 месяцев. В результате были получены 27 маркёров гаплотипа деда, совпал с внуком с разницей 1 шаг. (По моему скромному мнению, такой результат вполне может служить подтверждением близкого патернального родства и перед нами действительно внук и дед, о чём я и сообщил нашему герою). Так спустя десятки лет прах деда был обретён и перезахоронен как положено.

Вот такая вот история.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
И ещё. Изначальная идея о том чтобы извлечь ДНК из зуба, а потом отправить её в обычном ките во ФТДНА, увы, провалилась.
Как выяснилось, работа с материалом такого типа проходит совсем по другой методике, которую ФТДНА не использует. Они работают только с буккальным материалом и отправлять им даже извлечённую ДНК из нетипичного образца нет смысла. Только слюна (или кровь для полного генома).

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 1886
  • Страна: ru
  • Рейтинг +683/-3
2) в случае положительного результата на первом этапе проводится извлечение 27 Y-STR маркёров. Для факта подтверждения патернального родства этого вполне достаточно. (Большее число маркёров может банально не извлечься в виду возможного повреждения материала да и просто дорого это).

Спасибо за очень интересную информацию!!!
Вопросов два:
1.Они в принципе делают большее число маркеров?(извлекутся они или нет-другой вопрос)
2.Как быть с женщинами?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
1. Нет, там только 27 маркеров. Могут ещё и базовые снипы определять (уровня 3-4 тыс. лет), но мы их не стали заказывать по очевидной причине.
2. С женщинами всё даже проще, поскольку мито куда лучше сохраняется. Стоимость не узнавал, но могу спросить. Как ответят, отпишусь тогда

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 1886
  • Страна: ru
  • Рейтинг +683/-3
1. Нет, там только 27 маркеров. Могут ещё и базовые снипы определять (уровня 3-4 тыс. лет), но мы их не стали заказывать по очевидной причине.
2. С женщинами всё даже проще, поскольку мито куда лучше сохраняется. Стоимость не узнавал, но могу спросить. Как ответят, отпишусь тогда
А какой-нибудь аналог ФФ с останков они(или кто-то ещё) делают?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Как я понял, они делают такой тест, если есть подозрение на семейное захоронение. То есть речь об анализе и сравнении результатов умерших. Про сравнение с живыми - уточню.

Оффлайн sommer

  • Сообщений: 665
  • Страна: ru
  • Рейтинг +186/-2
  • Y-ДНК: R-YP4444
Чисто для себя - не в коей мере не хочу поставить под сомнение достоверность, а скорее наоборот подтвердить. Вот я или мои родственники, которыми я занимаюсь, допустим  имеют полное совпадение по 25 STR с десятком человек по базе FTDNA. Потом на 37 маркерах это уже переходит либо в 2-3 отличия, либо больше.
Могу ли я на этом основания подозревать прямую родственную связь по мужской линии? Мне кажется, что скорее всего нет. Тем более люди эти совершенно неизвестные и в моей родословной не присутствующие.
Другое дело, что в случае описанном ув. Farroukh ом, мы имеем дело, со связанными вероятностями. Когда  происходит совпадение условно говоря со случайной выборкой. В таком случае такое совпадение говорит как раз об очень возможном родстве, так как вероятность такого простого совпадения крайне мала.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
А аутосомы нельзя было извлечь? С последующим залитием результатов на FTDNA и т.д.?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Должен добавить, что эти 27 маркеров в панелях ФТДНА расположены на разных панелях, и чтобы их сравнить надо иметь 111-маркёрный гаплотип.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
А аутосомы нельзя было извлечь? С последующим залитием результатов на FTDNA и т.д.?
Этот вариант рассматривался, но такой тест не идентичен ФФ от ФТДНА, нам понадобилось бы делать тест и деду, и внуку, что удорожало исследование.

Я рекомендовал просто извлечь Y-STR деду.

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 1886
  • Страна: ru
  • Рейтинг +683/-3
А аутосомы нельзя было извлечь? С последующим залитием результатов на FTDNA и т.д.?
Этот вариант рассматривался, но такой тест не идентичен ФФ от ФТДНА, нам понадобилось бы делать тест и деду, и внуку, что удорожало исследование.
Но в принципе это возможно?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Да, это возможно. Уточню тоже.

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 1886
  • Страна: ru
  • Рейтинг +683/-3
Да, это возможно. Уточню тоже.
Спасибо большое!

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Отвечу на некоторые основные вопросы.
1) О маркёрах. Речь идёт о наборе из 27 маркёров Yfiler Plus (DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS385a/b, DYS437, DYS438, DYS439, DYS448, DYS456, DYS458, DYS635, Y-GATA H4, DYS449, DYS460, DYS481, DYS518, DYS533, DYS570, DYS576, DYS627 and DYF387S1a/b).

Если сравнить с панелями от FTDNA, то эти 27 маркёров Yfiler неравномерно распределены на всём диапазоне от 12 до 111 маркёров. При сравнении гаплотипов Yfiler и FTDNA не забудьте о нормализации!

2) О снипах. Речь идёт о сниповании на уровне стадартных снип-паков от ФТДНА. То есть до снипов возрастом ~3-5 тыс. лет. Стоит 25 тыс. руб. Мы этот тест не делали, как я уже писал.
3) О мито. Делается полный митосеквенс, тоже 25 тыс. руб., его мы тоже не брали.
Всё сразу (извлечение ДНК, Y-STR, Y-SNP и полная мито) стоит 120 тыс. руб.

Чтобы мне не превращаться в почтальона - лучше обращайтесь к ним напрямую. Консультант - Константин Перфильев (knpсобачкаdnk-nasledie.ru)

Успешного поиска!  :)
« Последнее редактирование: 24 Январь 2020, 07:00:00 от Farroukh »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Цитировать
имеют полное совпадение по 25 STR с десятком человек по базе FTDNA. Потом на 37 маркерах это уже переходит либо в 2-3 отличия, либо больше.
Могу ли я на этом основания подозревать прямую родственную связь по мужской линии?
Уважаемый Соммер, дело в том, что 27 маркёров Yfiler plus как бы размазаны по всем 10 панелям от ФТДНА. Чтобы полностью сравниться надо иметь 111 маркёрный гаплотип, который как раз вмещает все 27 маркёров игрекфайлер.
У нас был сделан Биг, поэтому можно было полноценно сравниться.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.