АвторТема: Конвертирование между Atlas и FTDNA  (Прочитано 1364 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн MCB

  • Сообщений: 70
  • Страна: 00
  • Рейтинг +39/-1
Re: Конвертирование между Atlas и FTDNA
« Ответ #15 : 12 Сентябрь 2019, 20:39:45 »
Цитировать
Чип Illumina™ серии HumanCoreExome, сканер illumina™ iScan, сборка генома 38
Это чип для других целей, для медицинских исследований, особенно для тканей раковых опухолей. СНИПы густо насажены в генах и особенно в экзонах генов, а в интронах их мало и в междугенном пространстве совсем мало. Варианты, не меняющие аминокислоты, также избегаются.  Поэтому перекрытие со стандартным набором СНИПов для пользовательской генеалогии незначительное, а на карте покрытия сполошные прогалы (MyHeritage пользуется импутацией, чтобы вычислисть генотипы своих маркеров по близлежащим маркерам с других чипов, но тут даже близлежащих сплошь да рядом не найдется). Кроме того, многие из СНИПов с медицинского чипа имеют клиническое значение, но встречаются так редко, что генеалогического значения не имеют (очень многие из этих вариантов найдены в раковых опухолях, а не в людях как таковых)

Этносостав, однако, по атласовским данным вычислить можно вполне надежно. А вот совпадения - с большим трудом.

Из данных производителя:
https://www.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet_human_core_exome_beadchip.pdf

В экзонах 268,631 маркера
В интронах 152,454
Стоп кодоны 15,040
Замены аминокислот 219,228
Инсерции и делеции 12,451
Соматические мутации из раковых опухолей 394,900
Всего в генах и регуляторных последовательностях 416,691

Оффлайн okolobaxaАвтор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: pl
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: J-Y111069
  • мтДНК: W1i+T16223C+T7080C
Re: Конвертирование между Atlas и FTDNA
« Ответ #16 : 12 Сентябрь 2019, 21:21:18 »
Спасибо! Теперь всё встало на свои места.

Оффлайн genedee

  • Homo sapiens sapiens
  • Сообщений: 15
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-29
  • Человек человеку человек
Re: Конвертирование между Atlas и FTDNA
« Ответ #17 : 10 Февраль 2020, 11:54:35 »
Извините что поднимаю старую тему, но как все таки сконвертировать данные Atlas для загрузки в Gedmatch?
Есть пара новых тестов родственников - все помечены как невалидные (при загрузке выбирал вариант Atlas).
Мой тест 2015 года тоже сейчас при загрузке помечается как не валидный.

НО! Мой тест в гедматче есть уже загруженый. Я его каким то образом загружал, несколько лет назад и не помню как это сделал;D
У старого теста в Source написано Migration - F2 - Z

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 264
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Конвертирование между Atlas и FTDNA
« Ответ #18 : 10 Февраль 2020, 12:39:34 »
Извините что поднимаю старую тему, но как все таки сконвертировать данные Atlas для загрузки в Gedmatch?
Есть пара новых тестов родственников - все помечены как невалидные (при загрузке выбирал вариант Atlas).
Мой тест 2015 года тоже сейчас при загрузке помечается как не валидный.
В gedmatch постепенно вводится защита от третьесторонних файлов, сейчас могут быть любые проблемы при залитии не от основных лабораторий.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 173
  • Страна: ru
  • Рейтинг +61/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Конвертирование между Atlas и FTDNA
« Ответ #19 : 10 Февраль 2020, 16:53:19 »
Извините что поднимаю старую тему, но как все таки сконвертировать данные Atlas для загрузки в Gedmatch?
Есть пара новых тестов родственников - все помечены как невалидные (при загрузке выбирал вариант Atlas).
Мой тест 2015 года тоже сейчас при загрузке помечается как не валидный.
В gedmatch постепенно вводится защита от третьесторонних файлов, сейчас могут быть любые проблемы при залитии не от основных лабораторий.
Но Атлас у них в списке есть.

Оффлайн genedee

  • Homo sapiens sapiens
  • Сообщений: 15
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-29
  • Человек человеку человек
Re: Конвертирование между Atlas и FTDNA
« Ответ #20 : 13 Февраль 2020, 21:36:11 »
Буду пробовать выбирать все варианты подряд. Может какой и загрузится

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100