АвторТема: Можно ли определить случайное склеивание 2 сегментов по распределению размеров?  (Прочитано 439 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mask-13Автор темы

  • Сообщений: 38
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
Добрый день!

Можно ли отличить случайное склеивание 2 сегментов от цельного сегмента?
Если родственник близкий, должно ли наблюдаться какое-то подобие нормального распределения размера сегментов?
Т.е., допустим, какой-то человек мне 4-юродный родственник. Следует ожидать, что будет наибольший общий сегмент около 20 сМ. А следует ли ожидать, что, помимо этого, должны быть другие общие сегменты сколько-нибудь большого размера?
Иными словами, можно ли делать выводы на основе разницы размеров между наибольшим и вторым по размеру сегментами? Должна ли эта разница отличаться в случае склеивания 2 сегментов и настоящего большого общего сегмента?

Оффлайн Mask-13Автор темы

  • Сообщений: 38
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
Перефразирую вопрос.

Существует ли статистика размеров общих сегментов для определенных степеней родства?
Я имею в виду статистику не общей длины псовпадающих сегментов, и не статистикудлины наибольшего сегмента, а статистику длин всех совпадающих сегментов.

Оффлайн Punchic

  • Сообщений: 160
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP5917
  • мтДНК: V1a1a
Разница между количеством и длиной сегоментов. По моему различимо только внук-дядя

Отсюда

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 264
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Разница между количеством и длиной сегоментов. По моему различимо только внук-дядя
Полусиблингов бы сюда, видимо достаточное доказанное число в базе не смогли набрать, жаль.

Оффлайн Mask-13Автор темы

  • Сообщений: 38
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
Разница между количеством и длиной сегоментов. По моему различимо только внук-дядя

Отсюда

Спасибо за график, это то, что надо. Насколько я вижу, у 5-юродных и более дальних родственников число сегментов не поднимается выше 3-4. Зато с приближением степени родства к 4-юродности идет резкий рост числа сегментов.
Поэтом логично использовать число общих сегментов в анализе.
Осталось только понять, сегменты какого размера считали авторы графика, ведь число общих сегментов зависит в первую очередь от того, сегменты какого размера считать. Надеюсь осилить исходную статью.

Оффлайн Mask-13Автор темы

  • Сообщений: 38
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
Нашел ответ. При построении графика считали кол-во сегментов  размером больше 5 сМ (там это не написано прямо, но такой порог был при подсчете IBD-half, суммарной длины общих сегментов, логично предположить, что это одни и те же данные)

Вообще, авторы пришли к интересному выводу, что родство нужно оценивать не по IBDhalf, а по IBDhalf и числу общих сегментов, и иллюстрируют это графиком.
Причем, они берутся оценивать родство до 5-юродного (4th cousin), а дальше, говорят, метод не работает.

Therefore, in populations with moderate to high mean IBDhalf (Table 1), IBDhalf alone cannot be used to distinguish accurately between 5th or greater cousinships.
...
These figures reveal that there is a relatively clear relationship between IBDhalf plus number of IBD segments and degree of cousinship for 2nd–5th cousinships.

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0034267#s4

График:
https://journals.plos.org/plosone/article/figure/image?size=large&id=info:doi/10.1371/journal.pone.0034267.g004

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 264
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Нашел ответ. При построении графика считали кол-во сегментов  размером больше 5 сМ
Спасибо.
В известном мне случае единоутробных родственников таких сегментов получается 70.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100