X-хромосомные филогении

[I2a1a]

Вот в теме Вогиса Саша Лифанов спрашивал про полиморфизмы генного локуса ZFX.
И картинка из статьи, на которую он ссылается, мало чем отличается от картинки со слайда Степанова:
(хотя между написанием статьи о ZFX и докладом Степанова прошло 10 лет)

Слайд Степанова




Картинка из статьи:

(насколько я понял, они с помощью этого локуса вычисляли возраст выделения ветви гоминидов, приведшей к виду Homo Sapiens, возраст примерно 1 миллион лет)

[I2a1a]

Всвязи с этим опять встает вопрос, который задал Аббат Владимиру Харькову еще в августе прошлого года: "Можно ли в Вашей лаборатории определить гаплогруппу ZFX?" Несколько переиначу вопрос - можно ли предсказать гаплогруппу ZFX по данным мульти-сниптестирования X хромосомы в 23andme?

Свидетельство недавнего африканского происхождения человека, не связанное с построением деревьев, базируется на сравнении изменчивости ДНК в популяциях разных рас. При прочих равных факторах, чем больше времени прошло с момента разделения двух популяций, тем больше должны быть генетические различия или расстояния между ними.
В качестве меры такой изменчивости использовалась внутрипопуляционная дивергенция последовательностей, а именно число мутаций, обусловивших различия между типами ДНК у индивидов из одной популяции. Чем больше разнообразие последовательностей, тем старше должна быть популяция. В пионерной работе по сравнительному анализу материнских линий, наиболее гетерогенной оказалась мтДНК африканцев. Отсюда вновь следует, что митохондриальная Ева была африканкой (Cann et al., 1987).  Почему Африка? Потому что центр разнообразия есть центр происхождения - это понятно и лесному ежу. Уровень разнообразия субсахарных негроидных популяций на порядок выше, чем у всего остального мира вместе взятого. По всем исследованным системам. Все последующие работы лишь подтверждали и уточняли это открытие.

И, наоборот, минимальное неравновесие по сцеплению по всему геному (проект HapMap и всяческие его приложения на расширенном наборе популяций, вроде ZFX в нашей лаборатории). Это следствие максимального времени жизни популяции на этой территории - рекомбинация тщательно перемешала геном за тысячи поколений, чего она просто не успела сделать в Европе.

Другой подход заключается в выявлении генетических взаимоотношений между популяциями на основе характера их генетической дифференциации по совокупности определенных генетических маркеров. Африканские популяции оказываются наиболее отдаленными от остальных, а популяции других регионов демонстрируют меньшие генетические расстояния друг с другом, чем по отношению к Африке. Такой характер генетической дифференциации населения мира выявлен при:
1)анализе краниометрии (Lynch et al., 1989; Relethford and Harpending, 1994),
2)классического белкового полимофизма  (Nei, 1978; Cavalli-Sforza, Menozzi, Piazza, 1994),
3)ПДРФ-маркеров (Bowcock et al., 1991; Mountain and Cavalli-Sforza, 1994; Jorde et al., 1995), 4)микросателлитного полиморфизма (Bowcock et al., 1994; Deka et al., 1995a; Jorde et al., 1995; Tishkoff et al., 1996)
5)Alu-повторов (Batzer et al., 1994; Stoneking et al., 1997), мтДНК (Vigilant et al., 1991; Jorde et al., 1995)
6)Y-хромосомы (Underhill et al., 1997).
Картина генетической дифференциации населения регионов мира хорошо совместима с африканским происхождением современного человека, поскольку эта гипотеза предсказывает разделение африканцы/неафриканцы в качестве первого ветвления генетического древа человечества. В этом случае популяции Азии и Европы должны быть ближе друг к другу, чем к африканцам, поскольку имеют менее древнего общего предка.

Короче, аут оф Якутия, Туркменистон, мулдашевский Тибет или Северной полярной прародины - это антинаучная галиматья, созревающая в умах людей далеких от науки, и публикующих свои великие открытия в АиФ.

[I2a1a]

Поскольку как минимум двое-трое участников этого форума интересовались проблематикой ZFX, то решил разместить здесь информацию из книги:

[I2a1a]

Продолжение

[I2a1a]

Продолжение

[I2a1a]

Есть вопросы или комментарии?

[Аббат Бузони]

Есть желание пройти тест.

[I2a1a]

Есть желание пройти тест.

Это вопрос к господину Владимиру Харькову.

[I2a1a]

Если кому-то интересна эта тема  , то ее продолжение на форуме dna-forums.org (дискуссия с автором проекта X chromosome project).

[I2a1a]

Я вот что подумал, если умножить полученные возраста на 3 (с тем, чтобы учесть период времени на "устаканивание" аллелей, как это было сделано в случае эволюционных скоростей мутаций Животовского и расчета возраста в филогениях по ZFX-ZFY), то возраст блоков приближается к времени появления человека современного вида.

[I2a1a]

Почему-то на форуме оставили без внимания свежую статью томских генетиков.
Хотелось бы услышать мнение ув. VovanX (который является одним из соавторов статьи).

http://www.medgenetics.ru/UserFile/File/Doc/Evolution%20Doc/Khitrinskaya-MolBiol-2010-44(5)-804-815-ZFX.pdf

[I2a1a]

Жалко, что в 23andme v.2 типировали только несколько снипов гена ZFX.
А то можно было сравнить гаплотипы с гаплотипами сибирских народностей.

Может быть в версии v3. чипа 23andme эти снипы уже есть.


rs2704849, rs2704838, rs2520329, rs2704845, rs2704843, rs2704818,rs2254721,rs2238928, rs2238926, rs2238925

[I2a1a]

Мда, посмотрел в файлах версии v.3 23andme.
Там к 2 снипам (из требуемых 10) версии 2 добавилось только 2 новых снипов(всего 4 из требуемых 10).
Не густо.

[Шад]

Как послать свои данные в The X-chromosome Project: X-STR Results?
А самое главное - имеет ли смысл это делать?

[I2a1a]

Как послать свои данные в The X-chromosome Project: X-STR Results?
А самое главное - имеет ли смысл это делать?

На дна-форумс есть ссылка.
А что Вы хотите узнать?