Это можно где-то прочесть в подробностях? Точнее, какова же формальная логика нотации черных окошек?
Где прочесть - пока не знаю.
Формальная логика: эти снипы находятся, так сказать, на границе "публичных" снипов и приватных снипов. Поэтому из-за непрочитанности таких вот на сегодняшний день "пограничных" снипов, их точная филогения на этой границе остаётся непонятной: разбивают ли они узлы или нет.
Вот у меня например есть непрочитанные или отрицательные (обратная мутация) снипы таких высоких уровней, как IJK или J. Но смысла нет выносить это на дерево, так как остальные снипы этих и нижних к ним уровней у меня положительны, поэтому ясно, что здесь максимум обратная мутация и никаких разбиваний узлов.
Что означает присутствие второго снипа в записи: "= E-Y18621*, E-FT41690*". Что он тоже не прочитан?
Абсолютно верно! И этот снип у данного образца тоже оказался непрочитанным.
То есть, помимо варианта, что данный образец может разбить сегодняшний узел, в котором находится снип Y18621, есть также и вариант, что снип Y18621 у него окажется положительным, а нижележащий FT41690 отрицательным, и тогда данный образец разобьёт узел со снипом FT41690.