АвторТема: Генетический тест "Атлас"  (Прочитано 1346 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн kapustin

  • Сообщений: 192
  • Рейтинг +29/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1b2a1a4
  • мтДНК: V7b
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #15 : 29 Июль 2020, 12:06:44 »
Мне выдал файл, который возможно разместить на Gedmatch и других ресурсах.
Другой вопрос, что при размещении в  MyAncestry этот файл показал большее расстояние до популяций, чем другие тесты (Например MyHeritage)

Оффлайн Odnodvorec

  • Сообщений: 15
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #16 : 29 Июль 2020, 16:30:40 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Да, тоже интересуют исходные данные. На Yfull и FTDNA их можно загрузить?

Онлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6313
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1195/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #17 : 30 Июль 2020, 08:35:21 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Да, тоже интересуют исходные данные. На Yfull и FTDNA их можно загрузить?

Если это BAM, то ничто этому не препятствует, на мой взгляд. Это универсальный формат. Разумеется, если внутри полный сиквенс.
А то, о чем пишет уважаемый kapustin, вряд ли полный сиквенс. Раз он загружал это на Gedmatch и другие аналогичные ресурсы, то там аутосомная панель. Возможно по структуре слегка отличающаяся от FF FTDNA и RF 23&Me

Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #18 : 30 Июль 2020, 23:07:39 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Здравствуйте, выдаем VCF (38 билд) и FASTQ данные.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +59/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #19 : 31 Июль 2020, 15:21:07 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Здравствуйте, выдаем VCF (38 билд) и FASTQ данные.
Добрый день!
Мне году в 2017-м делали у Вас тест через GLMed. Тогда удалось выпросить только аутосомный файл.
Можно получить ешё VCF и FASTQ?

Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #20 : 31 Июль 2020, 20:35:15 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Здравствуйте, выдаем VCF (38 билд) и FASTQ данные.
Добрый день!
Мне году в 2017-м делали у Вас тест через GLMed. Тогда удалось выпросить только аутосомный файл.
Можно получить ешё VCF и FASTQ?

Здравствуйте. В 2017 году мы делали тесты только на чипах (microarray). Полный геном мы не делали.
Ответ про VCF и FASTQ относится к полногеномным тестам.
Свои данные теста (если использовался чип) можно скачать в личном кабинете. В файле будут rsID, координаты (по 38 билду) и генотип.

 

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +59/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #21 : 01 Август 2020, 00:39:09 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Здравствуйте, выдаем VCF (38 билд) и FASTQ данные.
Добрый день!
Мне году в 2017-м делали у Вас тест через GLMed. Тогда удалось выпросить только аутосомный файл.
Можно получить ешё VCF и FASTQ?

Здравствуйте. В 2017 году мы делали тесты только на чипах (microarray). Полный геном мы не делали.
Ответ про VCF и FASTQ относится к полногеномным тестам.
Свои данные теста (если использовался чип) можно скачать в личном кабинете. В файле будут rsID, координаты (по 38 билду) и генотип.
Ясно.
А можно мне как-то получить доступ в личный кабинет, если ничего не знаю, так как делал через стороннюю организацию?
В наличии только файл 3626-2647.txt. Ну и книжка по здоровью где-то есть.

Онлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6313
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1195/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #22 : 01 Август 2020, 16:53:36 »
@Nikita M.

Рады, что Атлас представил на рынке вполне достойный по цене/качеству продукт по полногеномному секвенированию. Но, с учетом цены, для российского рынка это продукт всё-таки элитарный. Хотя своего покупателя и он найдет.
Увы, я не Ваш клиент, так как задолго до этого сделал и полный игрек-сиквенс в Full Genomes и полный геном в Dante Lab. Поэтому рассматривайте мое мнение как мнение незаинтересованного, но благожелательно настроенного наблюдателя.

Хотя рынок мед генетики выглядит во всех смыслах перспективнее, генеалогия имеет свой круг интересантов, которые достаточно активны и могли бы быть интересной точкой входа для сервиса, который увидит их интересы и сумеет их учесть.
Многие генеалогические сервисы вполне успешно предлагают продукты по мед генетике своей аудитории, а 23@Me изначально совмещали эти два направления.
Вопросы:
1. планирует ли Атлас сделать удобную интеграцию с YFull? FASTQ, конечно здорово, но они не работают с этим форматом. На мой взгляд, было бы здорово, если клиент с полным сиквенсом, получил бы возможность в один клик отправить файл на анализ в YFull, а данные анализа (и все регулярные апдейты, касающиеся позиционирования на YTree отображались бы в кабинете клиента).
2. планирует ли Атлас сделать массовый продукт, ориентированный на генеалогическое сообщество, по типу "полный игрек-мито"? 



Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #23 : 03 Август 2020, 11:16:23 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Здравствуйте, выдаем VCF (38 билд) и FASTQ данные.
Добрый день!
Мне году в 2017-м делали у Вас тест через GLMed. Тогда удалось выпросить только аутосомный файл.
Можно получить ешё VCF и FASTQ?

Здравствуйте. В 2017 году мы делали тесты только на чипах (microarray). Полный геном мы не делали.
Ответ про VCF и FASTQ относится к полногеномным тестам.
Свои данные теста (если использовался чип) можно скачать в личном кабинете. В файле будут rsID, координаты (по 38 билду) и генотип.
Ясно.
А можно мне как-то получить доступ в личный кабинет, если ничего не знаю, так как делал через стороннюю организацию?
В наличии только файл 3626-2647.txt. Ну и книжка по здоровью где-то есть.

Здравствуйте. Насчет доступа в личный кабинет, напишите пожалуста в поддержку.
В вашем файле (3626-2647.txt) есть rsID, координаты (по 38 билду) и генотип.

Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #24 : 03 Август 2020, 11:29:32 »
@Nikita M.

Рады, что Атлас представил на рынке вполне достойный по цене/качеству продукт по полногеномному секвенированию. Но, с учетом цены, для российского рынка это продукт всё-таки элитарный. Хотя своего покупателя и он найдет.
Увы, я не Ваш клиент, так как задолго до этого сделал и полный игрек-сиквенс в Full Genomes и полный геном в Dante Lab. Поэтому рассматривайте мое мнение как мнение незаинтересованного, но благожелательно настроенного наблюдателя.

Хотя рынок мед генетики выглядит во всех смыслах перспективнее, генеалогия имеет свой круг интересантов, которые достаточно активны и могли бы быть интересной точкой входа для сервиса, который увидит их интересы и сумеет их учесть.
Многие генеалогические сервисы вполне успешно предлагают продукты по мед генетике своей аудитории, а 23@Me изначально совмещали эти два направления.
Вопросы:
1. планирует ли Атлас сделать удобную интеграцию с YFull? FASTQ, конечно здорово, но они не работают с этим форматом. На мой взгляд, было бы здорово, если клиент с полным сиквенсом, получил бы возможность в один клик отправить файл на анализ в YFull, а данные анализа (и все регулярные апдейты, касающиеся позиционирования на YTree отображались бы в кабинете клиента).
2. планирует ли Атлас сделать массовый продукт, ориентированный на генеалогическое сообщество, по типу "полный игрек-мито"?
Здравствуйте,
1. Планов плотной интеграции нет. Возможно будем давать BAM файл пользователям, которые сделали полный геном, но этот BAM файл будет по 38 билду. Пользователям чипа будем предоставлять VCF. Но сроков дать не можем.
2.Таких планов нет, насколько я знаю.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5451
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2822/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #25 : 03 Август 2020, 11:52:01 »
Приятно узнать, что в России есть лаборатория, предлагающая по вполне приемлемой цене полногеномное севенирование.
Для загрузки в YFull оптимальным было бы предоставление своим пользователям возможности скачать не только полный файл BAM, но и BAM содержащий только Y+mtDNA. Как делают YSEQ (Германия) и DanteLabs (Италия).
Но в принципе подойдет и полный BAM. Номер билда референса не важен.

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1190
  • Страна: ru
  • Рейтинг +318/-0
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP6504->BY30750)
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #26 : 03 Август 2020, 11:59:45 »
@Nikita M.

Рады, что Атлас представил на рынке вполне достойный по цене/качеству продукт по полногеномному секвенированию. Но, с учетом цены, для российского рынка это продукт всё-таки элитарный. Хотя своего покупателя и он найдет.
Увы, я не Ваш клиент, так как задолго до этого сделал и полный игрек-сиквенс в Full Genomes и полный геном в Dante Lab. Поэтому рассматривайте мое мнение как мнение незаинтересованного, но благожелательно настроенного наблюдателя.

Хотя рынок мед генетики выглядит во всех смыслах перспективнее, генеалогия имеет свой круг интересантов, которые достаточно активны и могли бы быть интересной точкой входа для сервиса, который увидит их интересы и сумеет их учесть.
Многие генеалогические сервисы вполне успешно предлагают продукты по мед генетике своей аудитории, а 23@Me изначально совмещали эти два направления.
Вопросы:
1. планирует ли Атлас сделать удобную интеграцию с YFull? FASTQ, конечно здорово, но они не работают с этим форматом. На мой взгляд, было бы здорово, если клиент с полным сиквенсом, получил бы возможность в один клик отправить файл на анализ в YFull, а данные анализа (и все регулярные апдейты, касающиеся позиционирования на YTree отображались бы в кабинете клиента).
2. планирует ли Атлас сделать массовый продукт, ориентированный на генеалогическое сообщество, по типу "полный игрек-мито"?
Здравствуйте,
1. Планов плотной интеграции нет. Возможно будем давать BAM файл пользователям, которые сделали полный геном, но этот BAM файл будет по 38 билду. Пользователям чипа будем предоставлять VCF. Но сроков дать не можем.
2.Таких планов нет, насколько я знаю.

А вы сотрудничаете с какими-нибудь банками по картам рассрочек? Халва, Совесть, Альфабанк? Если бы была такая возможность, то это бы подстегнуло владельцев приобретать у вас тесты.

Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #27 : 03 Август 2020, 16:18:55 »
@Nikita M.

Рады, что Атлас представил на рынке вполне достойный по цене/качеству продукт по полногеномному секвенированию. Но, с учетом цены, для российского рынка это продукт всё-таки элитарный. Хотя своего покупателя и он найдет.
Увы, я не Ваш клиент, так как задолго до этого сделал и полный игрек-сиквенс в Full Genomes и полный геном в Dante Lab. Поэтому рассматривайте мое мнение как мнение незаинтересованного, но благожелательно настроенного наблюдателя.

Хотя рынок мед генетики выглядит во всех смыслах перспективнее, генеалогия имеет свой круг интересантов, которые достаточно активны и могли бы быть интересной точкой входа для сервиса, который увидит их интересы и сумеет их учесть.
Многие генеалогические сервисы вполне успешно предлагают продукты по мед генетике своей аудитории, а 23@Me изначально совмещали эти два направления.
Вопросы:
1. планирует ли Атлас сделать удобную интеграцию с YFull? FASTQ, конечно здорово, но они не работают с этим форматом. На мой взгляд, было бы здорово, если клиент с полным сиквенсом, получил бы возможность в один клик отправить файл на анализ в YFull, а данные анализа (и все регулярные апдейты, касающиеся позиционирования на YTree отображались бы в кабинете клиента).
2. планирует ли Атлас сделать массовый продукт, ориентированный на генеалогическое сообщество, по типу "полный игрек-мито"?
Здравствуйте,
1. Планов плотной интеграции нет. Возможно будем давать BAM файл пользователям, которые сделали полный геном, но этот BAM файл будет по 38 билду. Пользователям чипа будем предоставлять VCF. Но сроков дать не можем.
2.Таких планов нет, насколько я знаю.

А вы сотрудничаете с какими-нибудь банками по картам рассрочек? Халва, Совесть, Альфабанк? Если бы была такая возможность, то это бы подстегнуло владельцев приобретать у вас тесты.

Здравствуйте, нет.
Если Вы клиент Сбербанка, можно купить в рассрочку: https://beru.ru/catalog/diagnosticheskie-testy/82935/list?cvredirect=3&text=atlas&hid=90540&glfilter=7893318%3A17537103

Оффлайн Odnodvorec

  • Сообщений: 15
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #28 : 05 Август 2020, 15:07:39 »
По безналу работаете с ЮЛ? Цена та же?
Можете дать ссылки на примеры секвенирования полного генома у вас и интерпретации данных? Есть ли ссылки на киты на  ftdna и yfull, куда были загружены ваши данные секвенирования полного генома?

Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Генетический тест "Атлас"
« Ответ #29 : 05 Август 2020, 19:30:10 »
По безналу работаете с ЮЛ? Цена та же?
Можете дать ссылки на примеры секвенирования полного генома у вас и интерпретации данных? Есть ли ссылки на киты на  ftdna и yfull, куда были загружены ваши данные секвенирования полного генома?
Здравствуйте, насчет работы с юридическими лицами можно связаться: телефон 8 (495) 212-06-88 и\или почта partners@atlas.ru. Попросите предоставить вам демо-кабинет.
Ссылок на  ftdna и yfull нет.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100