АвторТема: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским  (Прочитано 28814 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн golod

  • Сообщений: 25
  • Рейтинг +2/-0
    • фамильный сайт Голодяевых
  • Y-ДНК: N1C
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #30 : 08 Январь 2011, 17:57:40 »
Не думаю, что избалованы. Кинуты.
Да, бесплатно. Мы все многое делаем бесплатно. Ну не можешь сделать - сообщи - люди поймут и переспрашивать не будут. А просто не отвечать - по меньшей мере неуважительно. О их лице уже говорить не стоит, а меня "соблазненные на тест" и кинутые однофамильцы явно не ангелом считают. :-[
« Последнее редактирование: 10 Январь 2011, 13:58:03 от golod »

Оффлайн Valikhan

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 2371
  • Страна: kz
  • Рейтинг +101/-1
  • Ysearch 63CDM. Mitosearch EEVT3
    • Turkic World
  • Y-ДНК: N1c1d1 - L1034 (L1032, L1033)
  • мтДНК: B5a1a
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #31 : 20 Май 2011, 23:37:05 »
У меня такой вопрос. Что означают "первые главные компоненты", "вторые" в названиях карт?

Вот это, в частности. Распределение чего и по каким популяциям? Только русские?

http://genofond.ru/default3.aspx?s=0&p=32

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #32 : 21 Май 2011, 11:02:09 »
Читайте про метод главных компонент.

Метод главных компонент (англ. Principal component analysis, PCA) — один из основных способов уменьшить размерность данных, потеряв наименьшее количество информации. Изобретен К. Пирсоном (англ. Karl Pearson) в 1901 г. Применяется во многих областях, таких как распознавание образов, компьютерное зрение, сжатие данных и т. п. Вычисление главных компонент сводится к вычислению собственных векторов и собственных значений ковариационной матрицы исходных данных.

Метод главных компонент интенсивно используется в биоинформатике для сокращения размерности описания, выделения значимой информации, визуализации данных и др.

Оффлайн Valikhan

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 2371
  • Страна: kz
  • Рейтинг +101/-1
  • Ysearch 63CDM. Mitosearch EEVT3
    • Turkic World
  • Y-ДНК: N1c1d1 - L1034 (L1032, L1033)
  • мтДНК: B5a1a
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #33 : 21 Май 2011, 11:21:50 »
Вадим, спасибо. Я знаю о PCA.
Я имел в виду, что именно на приведённой карте?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #34 : 21 Май 2011, 11:29:58 »
Вадим, спасибо. Я знаю о PCA.
Я имел в виду, что именно на приведённой карте?


Они означают то, что написано.
"Первые главные компоненты", "вторые".
В принципе можно вставить слово генетические.
Тогда подписи под плотом можно прочитать как первые главные генетические компоненты распределния частот алелля ABO*A", "вторые" и так далее.

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3208
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #35 : 01 Октябрь 2012, 14:46:53 »
Сегодня Олег Балановский защитил докторскую диссертацию. От всей души поздравляем Доктора биологических наук! Поздравляем Елену Владимировну и коллектив лаборатории!

На мероприятии было много выдающихся ученых. Примечательно и просто было интересно услышать в кулуарах,  на лестничных площадках, как люди не выступавшие на защите (говорящие в курилке без протокола) очень лестно отзывались об Олеге Балановском, отмечая его талант и сверхактивность, а также объем проделанной им работы.

К сожалению, я не смог остаться на неофициальную часть и более тесно пообщаться со всеми.

(Пишу с телефона)


Немного слащаво написал. Поясняю. Защита шла по протоколу и как я понимаю должны были высказаться все - с одобрениями и замечаниями. Это все понятно. Но! Было интересно подслушать разговор нескольких особ, что разговаривали на лестнице - мол как интересно и как это все только Олег успевает и, кто-то высказал даже предположение, что подобного кругозора давно на защитах не видели. Это говорили люди, которые не выступали перед комиссией и мнения которых наверное не планировалось фиксировать, т.е. разговор ученых-слушателей.
« Последнее редактирование: 01 Октябрь 2012, 21:39:18 от Grigoriev »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1121/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #36 : 06 Октябрь 2012, 21:57:02 »
Присоединяюсь к поздравлениям уважаемому Олегу Павловичу!

Цитировать
БАЛАНОВСКИЙ
Олег Павлович
ИЗМЕНЧИВОСТЬ ГЕНОФОНДА В ПРОСТРАНСТВЕ И ВРЕМЕНИ:
СИНТЕЗ ДАННЫХ О ГЕНОГЕОГРАФИИ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК И Y-ХРОМОСОМЫ

03.02.07 – генетика
03.01.03 – молекулярная биология
АВТОРЕФЕРАТ
диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук


ВЫВОДЫ
1. Созданы базы данных по изменчивости Y-хромосомы (112 400 образцов из 2 474 популяций мира) и митохондриальной ДНК (132 600 образцов из 2 100 популяций мира). Включение собственных данных (4 289 образцов Y-хромосомы и 3 234 образца мтДНК) заполнило пробелы изученности генофондов населения Европы и Азии.
2. Изменчивость Y-хромосомы в народонаселении Европы структурирована не только по географической близости, но и по этнической принадлежности: популяции одного народа образуют в генетическом пространстве компактные «этнические облака». Количественно это выражается в резком преобладании межэтнической изменчивости (GST=0.15) над внутриэтнической (GST=0.03). Исключение составляют восточные и западные славяне, обладающие сходным генофондом вопреки обширности их ареала.
3. Впервые обнаружена неоднородность митохондриального генофонда народов Европы, находящая параллели в лингвистическом древе индоевропейских языков. Структурированность европейского генофонда подтверждается графиком многомерного шкалирования (наличие славянского, германского, кельтского, романского и балтского кластеров), а также связью генетических расстояний не только с географическими (коэффициент корреляции r=0.37), но и с лингвистическими расстояниями (r=0.31).
4. Впервые показана клинальная изменчивость гаплотипического разнообразия митохондриальной ДНК с юга на север Европы. Это убывание внутрипопуляционного разнообразия (с 0.99 до 0.95) объясняется действием дрейфа генов, связанным со сниженной плотностью населения на северо-востоке Европы.
5. Максимум межпопуляционных различий митохондриальной ДНК при сравнении лингвистических групп Европы выявлен у финно-угорских популяций, населяющих северо-восточную Европу. Средние генетические расстояния между популяциями финно-угорской группы (d=0.42) значительно превышают различия между популяциями германской (d=0.01), кельтской (d=0.04), славянской (d=0.04), романской (d=0.05) и даже тюркской (d=0.24) групп. Обнаруженное сочетание максимальной межпопуляционной и минимальной внутрипопуляционной изменчивости у финно-угорских народов является двумя сторонами одной медали - эффектов дрейфа генов в этих популяциях.
6. Выявлена четкая широтная структура русского генофонда. Карты главных компонент изменчивости гаплогрупп Y-хромосомы, график многомерного шкалирования и сравнение с другими типами маркеров подтверждают эту закономерность. Южные и центральные русские популяции характеризуются невысокими частотами гаплогрупп N1c-M178 и N1b-P43 и преобладанием гаплогруппы R1a1-M198 (более 50%). Для северных русских популяций и по Y-хромосоме, и по мтДНК характерно сходство с широким кругом народов Северной и Центральной Европы, что может быть связано с сохранением в этом ареале генофонда палеоевропейского населения.
7. Созданный картографический атлас изменчивости Y-хромосомы в народонаселении Евразии включил карты 79 гаплогрупп и выявил генетические границы - объективные географические зоны максимальной изменчивости на картах межпопуляционной изменчивости всей совокупности гаплогрупп. Основная генетическая граница разделяет генофонды Западной и Восточной Евразии и проходит от Кавказа до Средней Сибири.
8. Созданный картографический атлас изменчивости митохондриальной ДНК в народонаселении Евразии включил карты 82 гаплогрупп и, благодаря предложенному методу объективного выделения географических типов гаплогрупп, выявил не только традиционные «западно-евразийский» и «восточно-евразийский» типы, но и третий новый тип, который можно назвать «южно-китайским».
9. Анализ взаимодействия европеоидного и монголоидного населения в обширной зоне степной полосы Евразии, проведенный с помощью картографического анализа, выявил лишь незначительное влияние центральноазиатского генофонда, ограниченное юго-восточными степными районами Европы. В русских популяциях заметный (выше 1-2%) «монгольский» компонент не детектируется ни по Y-хромосоме, ни по мтДНК.
10. Впервые показана параллельная эволюция генофонда и языков Северного Кавказа. Лингвистическое дерево практически совпадает с генетическими реконструкциями родства 11 кавказских народов, основанными как на частотах гаплогрупп, так и на STR гаплотипах 1500 образцов. Глоттохронология распада языков хорошо согласуется с генетическими датировками расхождения этносов. Наилучшее согласие датировок получено при использовании «генеалогической» скорости мутирования Y-STR маркеров.
11. Анализ древней ДНК проведен для пяти популяций, покрывающих временной диапазон в 7 тысяч лет. Впервые проведенный анализ древней ДНК мезолитических популяций северо-востока Европы подтвердил палеоантропологические данные о существенном монголоидном или «уралоидном» компоненте в их генофонде (Южный Оленеостровский могильник). Последующая миграция из Сибири угасла без значимого влияния на современный генофонд (эпоха раннего металла, Большой Олений остров). Анализ древней ДНК населения неолитической культуры линейно-ленточной керамики впервые доказал ближневосточное происхождение первых земледельцев Центральной Европы.

Ссылка:
Link.pdf

P.S. По ссылке можно скачать автореферат.
« Последнее редактирование: 07 Октябрь 2012, 19:24:13 от Шад »

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6407
  • Страна: ru
  • Рейтинг +828/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #37 : 07 Октябрь 2012, 19:15:31 »
Цитировать
Созданы базы данных по изменчивости Y-хромосомы (112 400 образцов из 2 474 популяций мира) и митохондриальной ДНК (132 600 образцов из 2 100 популяций мира). Включение собственных данных (4 289 образцов Y-хромосомы и 3 234 образца мтДНК) заполнило пробелы изученности генофондов населения Европы и Азии.
Присоединяюсь к поздравлением!
Доктор биологиеских наук это весьма почетный и ответсвенный уровень.
Очень надеюсь, что все эти базы не будут законсервированы для дальнейшего тестирования и по ним проведут уточняющие тесты для выявления различных субкладно-гаплогруппных линий присущих народам Евразии (если ни на увеличение YSTR маркеров то хотя бы на тестирование соответсующих SNP, как в проекте NG с введеием Geno 2.0).
А то размер базы впечатляет, но эти обобщающие заключения вроде "R1a - метка славян" давно используются только в среде фриков, а обнаруженные новые SNP как для упомянутой гаплогруппы так и для всех остальных позволяют нам выявить характерные линии для различных этносов с доисторических времен тысячелетия назад, а то и десятки тысячелетий.
Я понимаю, что тут дело и в финансировании, но это тот случай когда количество не должно быть в ущерб качеству.
В любом случае искренне благодарен Вам за Ваш вклад в популяционную генетику  :)
« Последнее редактирование: 07 Октябрь 2012, 20:19:33 от Eugene »

Оффлайн Олег Балановский

  • Сообщений: 82
  • Страна: ru
  • Рейтинг +30/-1
  • Y-ДНК: R1b
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #38 : 30 Ноябрь 2014, 00:46:51 »
планируются ли более подробные аутосомные исследования русских/восточноевропейских популяций? т.к. в научных исследованиях, к примеру, в качестве всех русских, обычно, выступают только северные, что, наверное, не совсем корректно.

Статья готова и будет направлена в журнал, скорее всего, до Рождества. Ну или сразу после Нового года. Там суммарно 37 образцов по 660к, разделенные на северных, южных и центральных, но более подробной разбивки по регионам с такими объемами выборок не сделать. (Плюс конечно 25 образцов из Li et al, 2008).

Надеюсь, на этом сайте нет необходимости пояснять, что если бы образцы для статьи   Li et al, 2008 передавали мы, то северные и южные русские были бы представлены в равной пропорции?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #39 : 30 Ноябрь 2014, 00:53:22 »
планируются ли более подробные аутосомные исследования русских/восточноевропейских популяций? т.к. в научных исследованиях, к примеру, в качестве всех русских, обычно, выступают только северные, что, наверное, не совсем корректно.

Статья готова и будет направлена в журнал, скорее всего, до Рождества. Ну или сразу после Нового года. Там суммарно 37 образцов по 660к, разделенные на северных, южных и центральных, но более подробной разбивки по регионам с такими объемами выборок не сделать. (Плюс конечно 25 образцов из Li et al, 2008).


Это русские из Твери, Смоленска, Костромы, Воронежа, Пскова, Рязани и Орла?

Оффлайн Олег Балановский

  • Сообщений: 82
  • Страна: ru
  • Рейтинг +30/-1
  • Y-ДНК: R1b
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #40 : 30 Ноябрь 2014, 01:37:38 »
Это русские из Твери, Смоленска, Костромы, Воронежа, Пскова, Рязани и Орла?

почти:
Russia (Arkhangelsk,Pinega)   5
Russia (Smolensk,Tver,Kostroma)   17
Russia (Orel,Kursk,Voronezh)   15

Оффлайн Михаил Ночевной

  • Сообщений: 2153
  • Страна: ru
  • Рейтинг +171/-12
  • Y-ДНК: G2a2 (L1264+)
  • мтДНК: U5a1
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #41 : 30 Ноябрь 2014, 09:09:10 »
Это русские из Твери, Смоленска, Костромы, Воронежа, Пскова, Рязани и Орла?

почти:
Russia (Arkhangelsk,Pinega)   5
Russia (Smolensk,Tver,Kostroma)   17
Russia (Orel,Kursk,Voronezh)   15
здравствуйте! а где можно взять гаплотипы восточных словян G2a которые вы тестировали?

Оффлайн Murzalar

  • Сообщений: 3538
  • Страна: ru
  • Рейтинг +219/-1
  • Y-ДНК: I1
  • мтДНК: U5
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #42 : 30 Ноябрь 2014, 11:59:08 »
Вопрос Олегу. Хотелось бы узнать, планируются ли исследования древних захоронений Южного  Урала-Приуралья и нетолько этих районов.? И вообще есть ли у нас в этом плане какие то движения.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6407
  • Страна: ru
  • Рейтинг +828/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #43 : 30 Ноябрь 2014, 14:35:12 »
планируются ли более подробные аутосомные исследования русских/восточноевропейских популяций? т.к. в научных исследованиях, к примеру, в качестве всех русских, обычно, выступают только северные, что, наверное, не совсем корректно.

Статья готова и будет направлена в журнал, скорее всего, до Рождества. Ну или сразу после Нового года. Там суммарно 37 образцов по 660к, разделенные на северных, южных и центральных, но более подробной разбивки по регионам с такими объемами выборок не сделать. (Плюс конечно 25 образцов из Li et al, 2008).

Надеюсь, на этом сайте нет необходимости пояснять, что если бы образцы для статьи   Li et al, 2008 передавали мы, то северные и южные русские были бы представлены в равной пропорции?
Олег Павлович,
А откуда именно образцы северных русских для данной статьи?
Нужно больше образцов с региона бывшей Новгородской земли. Обязательно с территории Старая Ладога, Поволховья - ведь именно тут пролегал исторический путь миграции с севера на юг.

П.С. С территории Поволховья и Приладожья были ли сбор образцов? Интересуют конкретно населенные пункты - у меня прадед оттуда был из Усадище-Спасовской волости.
« Последнее редактирование: 30 Ноябрь 2014, 14:53:38 от Eugene »

Оффлайн Timerjan

  • Сообщений: 60
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-1
  • Y-ДНК: R1a
Re: Вопросы Е.В. и О.П. Балановским
« Ответ #44 : 30 Ноябрь 2014, 16:49:31 »
Собираетесь ли Вы сделать открытой базу Ваших результатов исследований?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100