АвторТема: 23&Me и FTDNA  (Прочитано 6311 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
23&Me и FTDNA
« : 30 Январь 2010, 10:58:15 »
Как узнать какие мутации в 23&Me соответствуют номенклатуре FTDNA и наоборот?

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #1 : 30 Январь 2010, 11:08:20 »
Как узнать какие мутации в 23&Me соответствуют номенклатуре FTDNA и наоборот?

Нужно на 23ия зайти в "Анцестри Лабс", а там - "Мутэйшн Мэппер". Ввести любую гаплу - для неё высветятся все снипы 23иЯ как в формате RS, так и ISOGG. ФТДНА использует последние.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #2 : 30 Январь 2010, 11:51:35 »
Как узнать какие мутации в 23&Me соответствуют номенклатуре FTDNA и наоборот?

Нужно на 23ия зайти в "Анцестри Лабс", а там - "Мутэйшн Мэппер". Ввести любую гаплу - для неё высветятся все снипы 23иЯ как в формате RS, так и ISOGG. ФТДНА использует последние.

Вот мутации 23иЯ

H16 defining mutations
rCRS=10394    i4000829
 
H defining mutations
rCRS=2706    rs2854128
rCRS=7028    rs2015062
 
PreHVsub defining mutations
N/A    
 
PreHV defining mutations
rCRS=11719    rs2853495
rCRS=11719    i3001044
 
R defining mutations
rCRS=12705    rs2854122
 
N defining mutations
rCRS=10398    rs2853826
rCRS=10873    rs2857284
rCRS=15301    rs28573847
rCRS=15301    i3001523
rCRS=8701      i3000759
rCRS=9540     rs2248727
rCRS=9540     i3001497

А вот мутация на HVR1 от FTDNA

16519C

Нет соответствия.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #3 : 30 Январь 2010, 11:56:57 »
С мито всё сложнее. 23ия, по моему, здесь ипользует другую референтную базу. Это может быть источником несовпадений.
 
Но по игреку при наличии общих снипов там и там - соответствие полное.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7935
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #4 : 02 Июнь 2010, 15:13:07 »
Никто не сравнивал старые скачки с 23&Me с последними?

У меня с ноября по февраль было без изменения.

А в апреле новое появилось.

Старое - <
Новое - >
Цитировать
< i3002066    MT    195    T
< i3002158    MT    204    T
< i4001073    MT    318    G
< i4001074    MT    319    C
< i3001486    MT    515    G
< rs2853520    MT    827    C
> rs2853520    MT    827    T
< i3002088    MT    3553    A
> i3002088    MT    3553    T
< i4001206    MT    10276    T
< i3001429    MT    15885    T
> i3001429    MT    15885    G
< i3001578    MT    16094    A
> i3001578    MT    16094    T
< i3001605    MT    16130    C
< i4001307    MT    16183    A
< rs28671493    MT    16184    A
< i4001306    MT    16184    A
< i4001305    MT    16184    A
< rs34100702    MT    16186    C
< i4001304    MT    16187    C
< i4000588    MT    16190    C
< i4000586    MT    16190    C
< i4001097    MT    16194    C
< i4001099    MT    16194    C
< i4000525    MT    16195    C
< i4000529    MT    16197    T
< i3001733    MT    16242    T
> i3001733    MT    16242    A
< i3001747    MT    16251    A
> i3001747    MT    16251    T
< i3001773    MT    16267    T
< i3001809    MT    16296    G
> i3001809    MT    16296    C
< i3001821    MT    16306    T
Что-то исчезло, что-то появилось.
А:
rs2853520
 i3002088
i3001429
i3001578
i3001733
i3001747
i3001809

вообще изменились.
Мутирую, однако.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2

Оффлайн VictorV.

  • Сообщений: 4510
  • Страна: ru
  • Рейтинг +293/-16
    • Дворянский род Безручко-Высоцких и другие фамилии.
  • Y-ДНК: J-ZS3128
  • мтДНК: V16
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #6 : 19 Сентябрь 2010, 22:06:07 »
Новый определитель мито гаплогруппы по данным 23ими.
Воспользовался я этим определителем, любезно предоставленным ув. napobo3ом и  сразу возникают вопросы что со всем этим можно сделать, т.е. предположительно реальный результат в первой колонке и как правильно разместить это в mitosearch и других поисковиках и какой тест можно ещё заказать на FTDNA в качестве update к имеющемуся, что бы не тратить зря деньги:

Your rCRS differences found:


HVR2: 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4580A 4769G 7028T 15326G 15904T
HVR1: 16298C 16362C


А что значат вот эти сравнительные расчёты ниже? Язык конечно же понимаю, вот  что хотят этим сказать -не доходит. Может быть кто нибудь уже сталкивался? Подскажите пожалуйста.
Best mtDNA Haplogroup Matches:

1) V

Defining Mutations for haplogroup V:
HVR2: 72C 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4580A 4769G 7028T 8860G 15326G 15904T
HVR1: 16298C

Imperfect Match. Your results contained these differences with this haplogroup:
Extras(1): 16362C
Untested(2): 72C 8860G

2) V4

Defining Mutations for haplogroup V4:
HVR2: 72C 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4580A 4769G 7028T 8860G 15250T 15326G 15904T
HVR1: 16298C

Imperfect Match. Your results contained these differences with this haplogroup:
Extras(1): 16362C
Untested(3): 72C 8860G 15250T

2) V7

Defining Mutations for haplogroup V7:
HVR2: 72C 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4580A 4769G 7028T 7444A 8860G 15326G 15904T
HVR1: 16298C

Imperfect Match. Your results contained these differences with this haplogroup:
Extras(1): 16362C
Untested(3): 72C 7444A 8860G

3) V9

Defining Mutations for haplogroup V9:
HVR2: 72C 204C 207A 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4580A 4769G 7028T 8860G 15326G 15904T
HVR1: 16298C

Imperfect Match. Your results contained these differences with this haplogroup:
Extras(1): 16362C
Untested(4): 72C 204C 207A 8860G
« Последнее редактирование: 20 Сентябрь 2010, 12:05:23 от VictorV. »

Оффлайн vnik

  • Сообщений: 241
  • Страна: de
  • Рейтинг +18/-0
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #7 : 14 Апрель 2014, 11:33:08 »
Появился такой вопрос. Как можно сравнить результаты в 23andMe по определенной митогаплогруппе? Есть совпаденцы в Relative Finder и у нас одинаковая митогаплогруппа, в моем случае H16. То есть имеется предположение, что наш общий предок был по прямой женской линии. А как это проверить? В FTDNA это проще, поскольку имеются результаты FGS, но там уже нет просто митогаплогруппы H16, а есть ее субклады, например, мой определен как H16с. Есть механизм, который позволяет проверить идентичность результата 23andMe по одинаковой митогаплогруппе?   

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #8 : 14 Апрель 2014, 13:45:30 »
Есть механизм, который позволяет проверить идентичность результата 23andMe по одинаковой митогаплогруппе?

сравните сырые данные, вот и все. Результаты идентичны только тогда когда все успешные call'ы дают одинаковую базу

Оффлайн vnik

  • Сообщений: 241
  • Страна: de
  • Рейтинг +18/-0
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #9 : 14 Апрель 2014, 14:08:00 »
сравните сырые данные, вот и все.
Что именно и где надо сравнивать? Есть один файл от 23andMe genome_имя_Full_номер и есть другой подобный файл. Какие строки в файлах сравниваем, учитывая, что уровень подготовки любительский?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #10 : 14 Апрель 2014, 14:26:56 »
Я не знаком с форматами которые генерит фирма 23. Спросите у их клиентов как извлечь информацию из файла с хромосомой mt в xls или текст. далее надо транслировать записи rs... в позиции относительно RSRS или rCRS ну и тогда уже можно сравнивать. Если не ошибаюсь, софт для этого в свое время писала Энн Тернер.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 4807
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1660/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #11 : 14 Апрель 2014, 14:42:15 »
Я не знаком с форматами которые генерит фирма 23. Спросите у их клиентов как извлечь информацию из файла с хромосомой mt в xls или текст. далее надо транслировать записи rs... в позиции относительно RSRS или rCRS ну и тогда уже можно сравнивать. Если не ошибаюсь, софт для этого в свое время писала Энн Тернер.
Если память не подводит, там простой текст, формат строки
rs (или i)  хромосома/мито позиция значение
Сейчас нет под рукой файла для уточнения.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #12 : 14 Апрель 2014, 15:25:10 »
тем проще, остается только транслировать снипы в позиции

Оффлайн Evg33

  • Сообщений: 412
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-0
  • FTDNA: 312482
    • RusNavi
  • Y-ДНК: R-KMS132+ (Z93+,Z94-,KMS149+)
  • мтДНК: H11a1
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #13 : 14 Апрель 2014, 16:19:34 »
Есть механизм, который позволяет проверить идентичность результата 23andMe по одинаковой митогаплогруппе?   
Мне кажется, что можно оба файла обработать на  http://dna.jameslick.com/mthap/
и потом сравнить результаты в самом начале страничек
===
Markers found (shown as differences to rCRS):

HVR2: xxx
CR: xxx xxx
HVR1: xxx xxx


IMPORTANT NOTE: The above marker list is almost certainly incomplete due to limitations of genotyping technology and is not comparable to mtDNA sequencing results. It should not be used with services or tools that expect sequencing results, such as mitosearch.

Оффлайн vnik

  • Сообщений: 241
  • Страна: de
  • Рейтинг +18/-0
Re: 23&Me и FTDNA
« Ответ #14 : 14 Апрель 2014, 17:49:41 »
Мне кажется, что можно оба файла обработать
То есть в принципе такое сравнение возможно, осталось только запросить файлы с raw data от совпаденцев, кто готов ими поделиться и проделать такой анализ самому или обратиться к специалисту за расшифровкой.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100