В данных 23andMe Х-хромосомы у женщин имеют два аллеля у каждого маркера. Посмотрите в сырых данных, увидите что-то наподобие
intergenic rs28463388 191998 G or T G / T
intergenic rs28669107 195014 C or G C / G
intergenic rs6655397 201935 A or G G / G
Какая из них отцовская, какая материнская, они, естественно, разобрать не могут. Ваша Х-хромосома - это смесь из двух материнских, а у матери с ее сестрой одна из хромосом совпадает (от дедушки), другая совпадает лишь наполовину (от бабушки), так что нетрудно догадаться, что у вас с тетей совпадение Х-хромосом будет только частичное (подробнее этот довольно сложный вопрос о количестве совпадений на Х (X-matches) подробно разбирается в разных источниках, но для вашего конкретного вопроса достаточно просто знать, что нет, не должна Х совпасть у вас с тетей). Что должно совпасть по материнской линии, так это мтДНК, но это тоже отдельный вопрос.