АвторТема: Конвертор Myheritage в 23andMe подскажите пожалуйста в какой ветке форума искать  (Прочитано 144 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн vaavdeevАвтор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1A1
подскажите пожалуйста в какой ветке форума искать или в интернет.
Спасибо

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 120
  • Страна: fi
  • Рейтинг +47/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Как-то использовал DNA Kit Studio. Ветку не знаю.

А какая именно дальнейшая цель? Например, FTDNA спустя некоторое обнаружили мой отконвертированный вариант, удалили его и предупредили, что это запрещено их правилами.

Оффлайн vaavdeevАвтор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1A1
Конечная цель - попробовать написать свой фазировщик ДНК для синтеза файлов умерших предков.
Я сам программист.  С кодом проблем нет.
Но пока есть проблема в понимании как это работает у других и как устроена вся эта система.

В сети есть примеры кода с использованием файлов 23andMe
У меня в наличии есть только MyHeritage

Я конечно мог бы сам написать конвертор, но при просмотре файлов этих фирм сразу возник вопрос.

Например в Myheritage четко после SNP идут двухбуквенные цепочки:
rs72631887,"1","835092","TT"
rs4970383,"1","838555","AC"
rs4475691,"1","846808","CT"

А в 23andMe одна буква :
chr1   69869   rs548049170   T
chr1   74792   rs13328684   G
chr1   565508   rs9283150   G


Тогда как по идее должно быть 2 буквы
Поэтому хотелось бы понять еще и логику 23andMe

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 120
  • Страна: fi
  • Рейтинг +47/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Цитировать
А в 23andMe одна буква :
chr1   69869   rs548049170   T
Я скачал несколько их результатов - везде 2 буквы.

# This data file generated by 23andMe at: Thu Jun 06 11:29:34 2019
...
# rsid  chromosome      position        genotype
rs548049170     1       69869   TT
rs13328684      1       74792   --
rs9283150       1       565508  AA

и т.д.
МитоДНК в конце по 1 букве, но там формат совсем другой.

И вообще: https://customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/115004459928-Raw-Data-Technical-Details
"Because you have two sets of autosomal chromosomes -- one from your mother and one from your father -- you usually have two variants at every location, and your genotype will be reported as a pair of variants, e.g. "G/A."

In some cases your genotype will be reported as a single variant because not all DNA is inherited in chromosome pairs e.g., mitochondrial DNA and, for the most part, the X and Y chromosomes in men)."

Оффлайн vaavdeevАвтор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1A1
Да, спасибо. Разобрался
Файл был какой то левый.

Конвертор нашел. Работает криво, но потом можно в Excel доработать.
Так что тема снимается.

Осталось разобраться  как работают алгоритмы по фазированию ДНК.
Пока не очень понятно.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100