АвторТема: Вопросы Владимиру Харькову  (Прочитано 30428 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Вопросы Владимиру Харькову
« : 15 Май 2009, 00:47:28 »
Харьков Владимир



Научный сотрудник, кандидат биологических наук
 +7 (3822) 513146

Лаборатория эволюционной генетики ГУ НИИ медицинской генетики ТНЦ СО РАМН

ГУ НИИ медицинской генетики ТНЦ СО РАМН
Адрес: Россия, 634050, г. Томск, Ул. Набережная реки Ушайки, 10

Томский НИИ медицинской генетики – одно из ведущих медико-генетических учреждений России. Он был основан в 1982 году и является первым специализированным институтом в области медицинской генетики на территории Сибири и Дальнего Востока. Сегодня деятельность института включает осуществление специализированной медико-генетической помощи населению, научные исследования и профессиональное образование в области медицинской генетики.

Адрес сайта: http://www.medgenetics.ru/
Публикации: http://www.medgenetics.ru/science/leg/Pub/


« Последнее редактирование: 25 Май 2009, 12:08:13 от Centurion »

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #1 : 15 Май 2009, 00:49:57 »
Пригласил Владимира Харькова посетить наш форум. Если есть вопросы, то задавайте, Владимир обещал заходит к нам. Правда времени у него не так много, но все таки.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #2 : 15 Май 2009, 01:02:26 »
Кстати Владимир уже у нас зарегистрировался http://forum.molgen.org/index.php?action=profile;u=54

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #3 : 15 Май 2009, 01:13:40 »
Кстати Владимир уже у нас зарегистрировался http://forum.molgen.org/index.php?action=profile;u=54
Да, в курсе, думаю, все.

Самое главное, что он собрал и обрабатывает огромное количество образцов.

Подобно тому, как мерой измерения большинства вещей в мире являются дензнаки, так и вклад в ДНК-генеалогию на нынешнем этапе следует оценивать количеством протестированных.

А тут с Владимиром, или с Балановскими на российских просторах мало кто сравнится.

Оффлайн VovanX

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 76
  • Рейтинг +26/-0
  • пляшите с бубном правильно!
  • Y-ДНК: I2a2-M423
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #4 : 15 Май 2009, 06:33:38 »
Здравствуйте, уважаемый форумчане!

Я постараюсь по мере сил и времени отвечать на возникающие вопросы и принимать участие в дискуссии.

Хочу отметить, что я работаю, конечно не в одиночку, материал для исследований составляет банк ДНК НИИ, который начинал формироваться задолго до моего появления в стенах института. Он постоянно пополняется новыми выборками - ежегодно проводятся экспедиции по сбору образцов крови различных коренных этносов. Огромный банк ДНК собран токже по различным заболеваниям. Кроме этого, астично матерал получен их других институтов (ИОГЕН РАН Москва, ИЦИГ РАН Новосибирск, НИИ ГиПЗ Новокузнецк). В той или оной форме мы сотрудничаем с большинством Российских центров, занимающихся изучением генетического разнообразия населения. Есть, например, крупный совместный проект по созданию всероссийской бызы данных по аутосомным STR, применяемым для ДНК-идентификации и еще один - по генотипированию основных российских этносов на 300000 SNP.
Наша основная заслуга (по сравнению с некоторыми другими российскими авторами) в том, что весь комплекс работ, начиная от выезда в далекие поселки и сбора крови и заканчивая обработкой результатов генотипирования мы делаем у нас, в России, в Сибири.
Исследования по Y это лишь небольшая часть той работы, которую проводит НИИ. 

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #5 : 15 Май 2009, 07:12:51 »
Владимир, а какие народы изучены (по Y-STR и SNP), каковы выборки, кто на примете?

Оффлайн VovanX

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 76
  • Рейтинг +26/-0
  • пляшите с бубном правильно!
  • Y-ДНК: I2a2-M423
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #6 : 15 Май 2009, 08:01:14 »
Русские
Украинцы
Белорусы
Молдаване
Гагаузы
Марийцы
Коми
Ханты
Сибирскиетатары
Хакасы
Тувинцы
Буряты
Эвенки
Якуты
Алтайцы
Телеуты
Коряки
Эскимосы Канады
Чукчи
Немцы Алтая
Киргизы
Узбеки
Таджики
Дунгане
Кеты
Тазы
Удегейцы

Суммарные выборки по этносам - есть и по 420 мужчин. По Южной Сибири очень хорошие выборки по численности. Некоторых мало, всвязи с малочисленностью этноса вообще - кеты, тазы.

На примете нивхи и увеличение выборок по якутам и бурятам.

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3216
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #7 : 15 Май 2009, 09:07:44 »
>>Есть, например, крупный совместный проект по созданию всероссийской бызы данных по аутосомным STR, применяемым для ДНК-идентификации и еще один - по генотипированию основных российских этносов на 300000 SNP.>>

О! Это мёд для наших Mich_Glitch, паравоЗа и Романа.. Они уже "освоились"с аутосомами, за которыми (я так считаю) очень большие перспективы.

Владимир, у меня корыстный вопрос. Есть ли в вашей выборке по бурятам представители гаплогруппы О3а3с?

Оффлайн tau

  • Сообщений: 11
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: E-V13
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #8 : 17 Май 2009, 12:34:27 »
Владимир, скажите, пожалуйста, а проект по генотипированию основных российских этносов на 300000 SNP Вы собираетесь осуществлять без зарубежной помощи?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #9 : 17 Май 2009, 13:04:58 »
300K SNP? Очень интересная информация. Наконец-то и в России! А можно узнать чей чип и с какими уже имеющимися выборками (кроме hgdp/hapmap) будут сопоставимы результаты?

Оффлайн tau

  • Сообщений: 11
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: E-V13
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #10 : 17 Май 2009, 13:26:49 »
Владимир, а Ваши первичные данные по Y-STR опубликованы где-нибудь? Я, честно говоря, гаплотипов нигде не видел (только сети, по которым вычислить чего-либо сложно).

Оффлайн VovanX

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 76
  • Рейтинг +26/-0
  • пляшите с бубном правильно!
  • Y-ДНК: I2a2-M423
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #11 : 17 Май 2009, 15:21:40 »
Григорьеву.
385а и 385b это продукт дупликации этого участка Y, который произошел когда-то ОЧЕНЬ давно. Но последовательность ДНК, окружающая эти 2 STR мало чем отличается друг от друга. Пара праймеров подобрана таким образом, что они одновременно садятся на оба локуса и в результате в ПЦР накапливаются параллельно 2 продукта. Если имеется образец, у которого 1 из локусов (в данном предполагаемом случае - 385b) делетирован, то есть этот фрагмент ДНК попросту отсутствует (возможно не целиком, а только какй-то участок в районе одного из праймеров), то в ПЦР произойдет накопление только 1 продукта - с локуса 385а. При проведении анализа такой одиночный продукт даст только 1 пик вспышки флуоресцентного красителя на праймере, что будет в точности повторять картину, наблюдаемую при равной длине аллелей 385a и 385b. То есть 12+12 при детекции выглядит точно также как и 12+делеция.

Tau и Valery
Совершенно верно. Это совместная работа практически всех основных российских центров, в которых есть банки ДНК c этническими популяционными выборками. Планируется сделать примерно по 50 человек всех крупных этносов Росси + немного по Средней Азии и, возможно, что-то еще. Используются чипы Illumina. На 300000 сделано уже много выборок, сейчас идет работа по генотипированию их на бОльших чипах. Физически это все выполняется в Центре "Биоинженерия" РАН, в лаборатории Егора Борисовича Прохорчука. С какими выборками будут сопоставимы зависит от наличия доступной информации к моменту завершения работы.
Это доволно затратный по времени процесс.

Tau. К сожалению опубликовано пока немного, хотя материала просто горы... Наверное тут имеет место обратная зависимость  :D. Плюс Illumina и экспедиции.
В генетике была статья по алтайцам, в молекулярной биологии - по якутам - там STR были (минимальный гаплотип), но первичка не представлена по причине превышения лимита объема. Первичку к этим статьям высылаю по запросу.  Скоро в генетике выйдет статья по телеутам - там гаплотипы будут. потерпите еще немного, в этом году я планирую писать и писать. По отдельным этносам, по регионам и по гаплогруппам.

Оффлайн VovanX

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 76
  • Рейтинг +26/-0
  • пляшите с бубном правильно!
  • Y-ДНК: I2a2-M423
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #12 : 17 Май 2009, 15:30:39 »
Алтайцы
http://medgenetics.ru/UserFile/File/Doc/Evolution%20Doc/kharkov%20Alt2007.pdf

Якуты
http://www.medgenetics.ru/UserFile/File/Doc/Evolution%20Doc/Kharkov%202008%20MolBiol.pdf

Совсем забыл, совсем недавно вышла статья по гагаузам, там приведены 7 STR.

http://www.medgenetics.ru/UserFile/File/Varzar.pdf

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #13 : 17 Май 2009, 16:03:48 »
Владимир, огромное спасибо за ответ про чипы! Ведь по русским есть масса интересного у Heath и в недавней статье Nelis, а дальше - огромная дыра, сразу идет восточная Азия. Ни Поволжья ни Сибири.

Оффлайн Denis B.

  • Сообщений: 298
  • Страна: 00
  • Рейтинг +37/-4
Re: Вопросы Владимиру Харькову
« Ответ #14 : 17 Май 2009, 16:50:07 »
А когда примерно ждать эту работу с 300k SNP?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100