АвторТема: Конвертирование между Atlas и FTDNA  (Прочитано 531 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн MCB

  • Сообщений: 44
  • Страна: 00
  • Рейтинг +27/-1
Re: Конвертирование между Atlas и FTDNA
« Ответ #15 : 12 Сентябрь 2019, 20:39:45 »
Цитировать
Чип Illumina™ серии HumanCoreExome, сканер illumina™ iScan, сборка генома 38
Это чип для других целей, для медицинских исследований, особенно для тканей раковых опухолей. СНИПы густо насажены в генах и особенно в экзонах генов, а в интронах их мало и в междугенном пространстве совсем мало. Варианты, не меняющие аминокислоты, также избегаются.  Поэтому перекрытие со стандартным набором СНИПов для пользовательской генеалогии незначительное, а на карте покрытия сполошные прогалы (MyHeritage пользуется импутацией, чтобы вычислисть генотипы своих маркеров по близлежащим маркерам с других чипов, но тут даже близлежащих сплошь да рядом не найдется). Кроме того, многие из СНИПов с медицинского чипа имеют клиническое значение, но встречаются так редко, что генеалогического значения не имеют (очень многие из этих вариантов найдены в раковых опухолях, а не в людях как таковых)

Этносостав, однако, по атласовским данным вычислить можно вполне надежно. А вот совпадения - с большим трудом.

Из данных производителя:
https://www.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet_human_core_exome_beadchip.pdf

В экзонах 268,631 маркера
В интронах 152,454
Стоп кодоны 15,040
Замены аминокислот 219,228
Инсерции и делеции 12,451
Соматические мутации из раковых опухолей 394,900
Всего в генах и регуляторных последовательностях 416,691

Оффлайн okolobaxaАвтор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: pl
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: J-Y111069
  • мтДНК: W1i+T16223C+T7080C
Re: Конвертирование между Atlas и FTDNA
« Ответ #16 : 12 Сентябрь 2019, 21:21:18 »
Спасибо! Теперь всё встало на свои места.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100