АвторТема: Популяционная генетика мира викингов(препринт, 2019)  (Прочитано 28549 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Камарицкий

  • Сообщений: 396
  • Страна: 00
  • Рейтинг +41/-4
  • Y-ДНК: z-92
деление этих древних  образцов на "славян", "туарегов" и тп - это такое себе.
Где то  подобное уже было.


Оффлайн Nicola_Canadian

  • Сообщений: 217
  • Страна: ru
  • Рейтинг +51/-0
  • А больную кровь да в лесу людском чуять русичу ...
  • Y-ДНК: I1-L22-P109 (I-S14887a*)
  • мтДНК: HV9b1

VK156 - ~21% - швед ~26% - финн ~51% - поляк

Это уже по аутосомным они определили, или по полному геному?

Это указывалось ещё в препринте.
Я так понимаю, что это по аутосомам они определили отношение к современным популяциям, что как бы намекает на то, что современные скандинавы и викинги 1000 лет назад несколько изменились. Шведские викинги видимо передали свои гены финнам (и сколько-то славянам), а сами получили что-то более южное... Также и датчане с норвежцами передали свои гены англичанам. Поэтому видимо среди среди викингов в Англии все время появляется современная UK примесь.
« Последнее редактирование: 24 Сентябрь 2020, 19:51:15 от Nicola_Canadian »

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1355
  • Страна: ru
  • Рейтинг +361/-0
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP6504->BY30750)
Есть ли информация по качеству образца этого викинга?
Или где можно посмотреть его снипы?


Образец: VK480 / Estonia_Salme_II-E
местонахождение: Сальме, Сааремаа, Эстония
возраст: ранний Викинг 8-го века н.
э. Y-ДНК: R-YP617
мтДНК: U4a2a1
« Последнее редактирование: 25 Сентябрь 2020, 12:09:09 от Feroce »

Оффлайн krotx

  • Сообщений: 18
  • Страна: ca
  • Рейтинг +18/-0
  • Y-ДНК: R-Y33
  • мтДНК: J1c2
Есть ли информация по качеству образца этого викинга?
Или где можно посмотреть его снипы?


Образец: VK480 / Estonia_Salme_II-E
местонахождение: Сальме, Сааремаа, Эстония
возраст: ранний Викинг 8-го века н.
э. Y-ДНК: R-YP617
мтДНК: U4a2a1
попытался с помощи Yleaf как-то разобраться, получил такой результат

Sample_name   Hg   Hg_marker   Total_reads   Valid_markers   QC-score   QC-1   QC-2   QC-3

Yleaf\VK480   R1a1a1b1a2a~   R-CTS9412*(xYP570,Y29965,YP5524,S3377,Z685)   4879910   24849   0.977   1.0   1.0   0.977

Terminal SNP > Y79255

R1a1a1b1a2a1a1a1i2~

https://www.dropbox.com/s/5tzl37hwtrj93bd/VK480.final.out?dl=0  output программы

Можете поискать в этой таблице образец по номеру, там указана оценка загрязнения ДНК
https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41586-020-2688-8/MediaObjects/41586_2020_2688_MOESM3_ESM.xlsx



Оффлайн Bakalavrr

  • East. Europe 98% : West Slaves 42% , Balts 23% , East Slaves 21% , Magyar 12%.
  • Сообщений: 335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +79/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP569 - Y188616
  • мтДНК: H5d
YP575 похоже.

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1355
  • Страна: ru
  • Рейтинг +361/-0
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP6504->BY30750)
YP575 похоже.
Терминальный предсказан глубже
YP575>Y5570>YP682>A8998>Y79255 там сидят 3 фина.
Радует, что из наших Венедов.

Оффлайн krotx

  • Сообщений: 18
  • Страна: ca
  • Рейтинг +18/-0
  • Y-ДНК: R-Y33
  • мтДНК: J1c2
Ещё слепил из bam файла аутосомный кит для VK480, если кому интересно
https://www.dropbox.com/s/wcrchxmq2wn9si8/VK480.final__CombinedKit.rar?dl=1

Eurogenes K15
Oracle

15 components mode.

--------------------------------
Mixed Mode:
1 53.52% West_Norwegian + 46.48% North_Swedish @ 3.280
2 50.39% North_Swedish + 49.61% West_Norwegian @ 3.298
3 84.77% West_Norwegian + 15.23% Estonian @ 3.368
4 88.67% West_Norwegian + 11.33% Latvian @ 3.380
5 83.98% West_Norwegian + 16.02% East_Finnish @ 3.409
6 79.30% West_Norwegian + 20.70% Finnish @ 3.447
7 65.23% North_Swedish + 34.77% West_Norwegian @ 3.453
8 88.67% West_Norwegian + 11.33% Erzya @ 3.461
9 87.89% West_Norwegian + 12.11% Kargopol_Russian @ 3.504
10 71.48% West_Norwegian + 28.52% Aland_Sweden @ 3.505

Least-squares method.

Using 1 populations approximation
1 100% Norwegian  @ 4.112
2 100% North_Swedish  @ 4.131
3 100% Norway  @ 4.365
4 100% Swedish  @ 4.517
5 100% West_Norwegian  @ 5.457
6 100% North_Swedish  @ 5.958
7 100% Danish  @ 6.293
8 100% North_Dutch  @ 8.933
9 100% Dutch  @ 9.753
10 100% Scotland  @ 10.203

Using 2 populations approximation
1 50% West_Norwegian + 50% North_Swedish  @ 3.294
2 50% North_Swedish + 50% West_Norwegian  @ 3.589
3 50% Norwegian + 50% North_Swedish  @ 3.687
4 50% Norwegian + 50% North_Swedish  @ 3.815
5 50% North_Swedish + 50% Norway  @ 3.931
6 50% Norway + 50% North_Swedish  @ 4.069
7 50% North_Swedish + 50% Swedish  @ 4.095
8 50% Norwegian + 50% Norwegian  @ 4.112
9 50% North_Swedish + 50% North_Swedish  @ 4.131
10 50% Norwegian + 50% Norway  @ 4.197

Using 3 populations approximation
1 33% North_Swedish + 33% North_Swedish + 33% West_Norwegian  @ 3.454
2 33% Norway + 33% West_Norwegian + 33% North_Swedish  @ 3.484
3 33% West_Norwegian + 33% West_Norwegian + 33% North_Swedish  @ 3.510
4 33% Swedish + 33% West_Norwegian + 33% North_Swedish  @ 3.556
5 33% Norwegian + 33% Norwegian + 33% North_Swedish  @ 3.571
6 33% West_Norwegian + 33% West_Norwegian + 33% Aland_Sweden  @ 3.573
7 33% Norwegian + 33% North_Swedish + 33% West_Norwegian  @ 3.733
8 33% Norwegian + 33% Norwegian + 33% North_Swedish  @ 3.734
9 33% Norwegian + 33% North_Swedish + 33% North_Swedish  @ 3.741
10 33% West_Norwegian + 33% North_Swedish + 33% North_Swedish  @ 3.772

Using 4 populations approximation
1 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% North_Swedish + 25% North_Swedish  @ 3.294
2 25% North_Swedish + 25% North_Swedish + 25% North_Swedish + 25% West_Norwegian  @ 3.512
3 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% Aland_Sweden  @ 3.544
4 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% Finnish  @ 3.555
5 25% Norwegian + 25% Norwegian + 25% Norwegian + 25% North_Swedish  @ 3.581
6 25% Norwegian + 25% Norwegian + 25% North_Swedish + 25% North_Swedish  @ 3.607
7 25% North_Swedish + 25% North_Swedish + 25% Norway + 25% West_Norwegian  @ 3.648
8 25% Norway + 25% Norway + 25% West_Norwegian + 25% North_Swedish  @ 3.650
9 25% Norwegian + 25% Norwegian + 25% North_Swedish + 25% North_Swedish  @ 3.687
10 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% North_Swedish + 25% Aland_Sweden  @ 3.719

Using 8 populations approximation
1 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% North_Swedish + 13% Estonian  @ 3.283
2 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% North_Swedish + 13% East_Finnish  @ 3.371
3 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% Latvian  @ 3.407
4 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% North_Swedish + 13% Finnish  @ 3.428
5 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% Estonian  @ 3.468
6 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% Kargopol_Russian  @ 3.503
7 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% Erzya  @ 3.505
8 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% RU_Pinega  @ 3.528
9 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% Ukraine_East  @ 3.529
10 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% East_Finnish  @ 3.542
« Последнее редактирование: 26 Сентябрь 2020, 15:26:08 от krotx »

Оффлайн krotx

  • Сообщений: 18
  • Страна: ca
  • Рейтинг +18/-0
  • Y-ДНК: R-Y33
  • мтДНК: J1c2
Ещё слепил из bam файла аутосомный кит для VK480, если кому интересно
Сделал еще 12
https://www.dropbox.com/sh/8p3drmxdq7x37ep/AABGJKJxH2VXZOTbkjAG4Bjqa?dl=0

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1355
  • Страна: ru
  • Рейтинг +361/-0
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP6504->BY30750)
Ещё слепил из bam файла аутосомный кит для VK480, если кому интересно
https://www.dropbox.com/s/wcrchxmq2wn9si8/VK480.final__CombinedKit.rar?dl=1

Eurogenes K15
Oracle

15 components mode.

--------------------------------
Mixed Mode:
1 53.52% West_Norwegian + 46.48% North_Swedish @ 3.280
2 50.39% North_Swedish + 49.61% West_Norwegian @ 3.298
3 84.77% West_Norwegian + 15.23% Estonian @ 3.368
4 88.67% West_Norwegian + 11.33% Latvian @ 3.380
5 83.98% West_Norwegian + 16.02% East_Finnish @ 3.409
6 79.30% West_Norwegian + 20.70% Finnish @ 3.447
7 65.23% North_Swedish + 34.77% West_Norwegian @ 3.453
8 88.67% West_Norwegian + 11.33% Erzya @ 3.461
9 87.89% West_Norwegian + 12.11% Kargopol_Russian @ 3.504
10 71.48% West_Norwegian + 28.52% Aland_Sweden @ 3.505

Least-squares method.

Using 1 populations approximation
1 100% Norwegian  @ 4.112
2 100% North_Swedish  @ 4.131
3 100% Norway  @ 4.365
4 100% Swedish  @ 4.517
5 100% West_Norwegian  @ 5.457
6 100% North_Swedish  @ 5.958
7 100% Danish  @ 6.293
8 100% North_Dutch  @ 8.933
9 100% Dutch  @ 9.753
10 100% Scotland  @ 10.203

Using 2 populations approximation
1 50% West_Norwegian + 50% North_Swedish  @ 3.294
2 50% North_Swedish + 50% West_Norwegian  @ 3.589
3 50% Norwegian + 50% North_Swedish  @ 3.687
4 50% Norwegian + 50% North_Swedish  @ 3.815
5 50% North_Swedish + 50% Norway  @ 3.931
6 50% Norway + 50% North_Swedish  @ 4.069
7 50% North_Swedish + 50% Swedish  @ 4.095
8 50% Norwegian + 50% Norwegian  @ 4.112
9 50% North_Swedish + 50% North_Swedish  @ 4.131
10 50% Norwegian + 50% Norway  @ 4.197

Using 3 populations approximation
1 33% North_Swedish + 33% North_Swedish + 33% West_Norwegian  @ 3.454
2 33% Norway + 33% West_Norwegian + 33% North_Swedish  @ 3.484
3 33% West_Norwegian + 33% West_Norwegian + 33% North_Swedish  @ 3.510
4 33% Swedish + 33% West_Norwegian + 33% North_Swedish  @ 3.556
5 33% Norwegian + 33% Norwegian + 33% North_Swedish  @ 3.571
6 33% West_Norwegian + 33% West_Norwegian + 33% Aland_Sweden  @ 3.573
7 33% Norwegian + 33% North_Swedish + 33% West_Norwegian  @ 3.733
8 33% Norwegian + 33% Norwegian + 33% North_Swedish  @ 3.734
9 33% Norwegian + 33% North_Swedish + 33% North_Swedish  @ 3.741
10 33% West_Norwegian + 33% North_Swedish + 33% North_Swedish  @ 3.772

Using 4 populations approximation
1 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% North_Swedish + 25% North_Swedish  @ 3.294
2 25% North_Swedish + 25% North_Swedish + 25% North_Swedish + 25% West_Norwegian  @ 3.512
3 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% Aland_Sweden  @ 3.544
4 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% Finnish  @ 3.555
5 25% Norwegian + 25% Norwegian + 25% Norwegian + 25% North_Swedish  @ 3.581
6 25% Norwegian + 25% Norwegian + 25% North_Swedish + 25% North_Swedish  @ 3.607
7 25% North_Swedish + 25% North_Swedish + 25% Norway + 25% West_Norwegian  @ 3.648
8 25% Norway + 25% Norway + 25% West_Norwegian + 25% North_Swedish  @ 3.650
9 25% Norwegian + 25% Norwegian + 25% North_Swedish + 25% North_Swedish  @ 3.687
10 25% West_Norwegian + 25% West_Norwegian + 25% North_Swedish + 25% Aland_Sweden  @ 3.719

Using 8 populations approximation
1 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% North_Swedish + 13% Estonian  @ 3.283
2 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% North_Swedish + 13% East_Finnish  @ 3.371
3 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% Latvian  @ 3.407
4 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% North_Swedish + 13% Finnish  @ 3.428
5 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% Estonian  @ 3.468
6 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% Kargopol_Russian  @ 3.503
7 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% Erzya  @ 3.505
8 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% RU_Pinega  @ 3.528
9 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% Ukraine_East  @ 3.529
10 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% West_Norwegian + 13% East_Finnish  @ 3.542
Т.е. викинг скандинав, но с венедской Y.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8772
  • Страна: gt
  • Рейтинг +742/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец

Т.е. викинг скандинав, но с венедской Y.
У меня он вышел по аутосомам как чистый швед.

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1355
  • Страна: ru
  • Рейтинг +361/-0
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP6504->BY30750)

Т.е. викинг скандинав, но с венедской Y.
У меня он вышел по аутосомам как чистый швед.
Т.е. его предок давно попал на полуостров, что аж полностью ассимилировался, хотя по его снипу TMRCA 1350 пока. Жду когда новое обновление выйдет.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8772
  • Страна: gt
  • Рейтинг +742/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец

Т.е. викинг скандинав, но с венедской Y.
У меня он вышел по аутосомам как чистый швед.
Т.е. его предок давно попал на полуостров, что аж полностью ассимилировался, хотя по его снипу TMRCA 1350 пока. Жду когда новое обновление выйдет.
Если не швед только дедушка, то внук будет почти швед

Оффлайн Nicola_Canadian

  • Сообщений: 217
  • Страна: ru
  • Рейтинг +51/-0
  • А больную кровь да в лесу людском чуять русичу ...
  • Y-ДНК: I1-L22-P109 (I-S14887a*)
  • мтДНК: HV9b1
Интересно почему yfull решил некоторым VK поставить флажок (где найден образец), а некоторым нет?

Скажем шведский викинг VK509 показан под эстонским флагом видимо т.к. найден на Сааремаа.
А у викинга, найденного в Оксфорде VK165 нет никакого флажка...

Просто руки не дошли до формальности? Или это означает, что анализ ещё не окончен?

Оффлайн Камарицкий

  • Сообщений: 396
  • Страна: 00
  • Рейтинг +41/-4
  • Y-ДНК: z-92

Т.е. викинг скандинав, но с венедской Y.
У меня он вышел по аутосомам как чистый швед.
Т.е. его предок давно попал на полуостров, что аж полностью ассимилировался, хотя по его снипу TMRCA 1350 пока. Жду когда новое обновление выйдет.

скорее всего от нарративных определений - "венед", "славянин" и тп - придется все таки отказаться.
В этом смысле определение с параллельного форума как "северо-евразийская ветка" - на мой взгляд оказалась более удачной.
В z92 с высокой долей вероятности есть как минимум одна ветка которая изначально вообще не была ни балтской ни славянской, может и та в которой 2 образца из этой работы - тоже

Оффлайн Nicola_Canadian

  • Сообщений: 217
  • Страна: ru
  • Рейтинг +51/-0
  • А больную кровь да в лесу людском чуять русичу ...
  • Y-ДНК: I1-L22-P109 (I-S14887a*)
  • мтДНК: HV9b1

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100