Эх, VVR, VVR ... я то надеялся, что Вы слёту примете моё приглашение "поработать головой", чтобы разобраться с этой несложной задачке. Неужели в Ракетно-Артиллеристких Училищах так плохо преподавали математику?
Ещё раз поясню, почему для выявления времени предка двух сестринских кладов нельзя использовать никакие модалы и вообще - никаких промежуточных "фантомов", даже - модала самого искомого предка.
Привлекая модалы, Вы разбиваете вычисление возраста на этапы - от листиков одной группы до её модала, затем - между двумя модалами (если не делаете дополнительной ошибки, включая в расчёт еще и общий модал ветвей), и, наконец, от второго модала - до его листов. Затем суммируете, делите на два и получаете время общего предка.
Разумеется, на каждом этапе вы вычисляете не только "видимые" мутации, но и предсказываете количество возвратных (тем или иным способом), делая расчет возраста с их учётом. Вот тут то и кроется Ваша ошибка:
Вы наивно полагаете, что сумма этих поправок будет равна средней поправке, взятой между терминальными листиками (посколько суммы времен совпадают). Отнюдь. Функция, связывающая наблюдаемыемое и "предсказанное" число мутаций нелинейна, более того - экспоненциальна. Поправки (и вообще все вычисления) по сумме времён не будут равны сумме поправок. На малых сроках сумма учитываемых возвратных мутаций между модалами будет крохотной, а на деле, между терминальными листами (на сумме этих сроков) - весьма солидной. Отсюда и Ваша недооценка возраста. Теперь - понятно?
На всякий случай приведу "артиллеристкую" аналогию. Отводя орудие с расстояния прямой наводки на более длинную дистанцию, вы должны изменить не только угол наводки по прямой на цель , но и трубку, учитывая рассчётную траекторию снаряда заново. Причём изменения эти при двойном перемещении не будут равны двукратному изменению при одинарном откате. Потому, как и в нашем случае, эффект здесь - нелинеен.