Определение возраста субклада

[Farroukh]

Рассчитываю возраст субклада (E1b1b1c1), используя методику Клёсова (А. А. Клёсов. Руководство к расчёту времён до общего предка гаплотипов Y-хромосомы и таблица возвратных мутаций. Вестник Российской Академии ДНК-генеалогии. Том 1, № 5, 2008 г.)

Субклад E1b1b1c1 имеет 5 кластеров и целую группу разнообразных гаплотипов, не относящихся ни к одному из пяти кластеров.

Как лучше составить общую выборку для расчёта возраста субклада? На ум приходит два варианта:

1) Заменить кластеры эквивалентными им базовыми гаплотипами и добавить их в выборку
или
2) Собрать абсолютно все гаплотипы в одну кучу и далее считать всех скопом

Или есть ещё варианты?

[Овод]

Первых метод никуда не годится.
 
Второй применить можно, если примириться с тем, что результат будет заниженным.
 
Если кластеры хорошо расходятся по веткам дерева, я бы применил кросс-дисперсию. То есть посчитал бы дисперсию между всеми кластерами попарно. Максимальное её значение и будет соответствовать самому древнему ответвлению. Разделив его на удвоенную среднюю скорость мутации получите искомый возраст всей клады в поколениях.
 
 

[Farroukh]

я бы применил кросс-дисперсию. То есть посчитал бы дисперсию между всеми кластерами попарно. Максимальное её значение и будет соответствовать самому древнему ответвлению. Разделив его на удвоенную среднюю скорость мутации получите искомый возраст всей клады в поколениях.

Овод, Вы могли написать краткое чайникоориентированное руководство по данному методу расчёта? Или дать ссылку, где оно уже описано?

[Овод]

Так я уже его достаточно подробно описал выше. Неужели Вам, выпускнику и аспиранту Бауманки нужно разжевывать, как вычисляется кросс-дисперсия?
 
Ну что же - на примере двух кластеров, один из которых состоит из К гаплотипов из M маркеров, другой - из N гаплотипов той же размерности. У Вас К*N  пар для сравнения по M маркерам - вычисляете помаркерно все разности аллелелей, возводя их в квадрат и суммируете. Сумму делите на К*N*M - это и будет оценка кросс-дисперсии.
 
Затем ещё делите на 2*V, где V - средняя скорость мутации на маркер на поколение (обычно 0.0022 для 67-маркерных гаплотипов). Результат можете домножить на 25, чтобы получить возраст не в поколениях, а в годах. Всё.
 
Если хотите непременно считать "по Клёсову", замените возведение разности в квадрат её абсолютным значением. Но при этом результат нужно домножить на поправочный коэф. из его таблицы для учёта возвратных мутаций.
 
 
 
 
 

[Farroukh]

Овод, вопрос вот в чём. Кросс-дисперсионная модель в чём-то точнее (лучше, ближе к истине), чем во многом аналогичный метод Клёсова?

[Овод]

У обоих есть недостатки. Метод кросс-дисперсии аналитически доказуем в плане несмещённости оценки и её независимости от возвратных мутаций. Весь "цивилизованный" мир считает именно так. Это - его плюс.
 
Метод Клёсова линейный, в чистом виде его никто не пользует, но с поправкой Адамова на обратные мутации он работает достаточно хорошо, хоть и аналитически приблизителен (то есть - есть какое-то смещение). Причем - чем больше возраст больше и смещение, поскольку поправка получается в предположении не слишком старых возрастов. Однако его плюс - слабая чувствительность к многошаговым мутациям и палиндромным рекомбинациям, которые (если они есть) дисперсионный метод слишком сурово взвешивает, завышая иногда оценку.
 
Я пользую оба - для контроля. Но предпочитаю РО-статистику, которая рассчитывается по дереву. Она даёт вполне разумный результат, обычно как раз таки посередине между Клёсовским и кросс-дисперсионным, как правило - ближе к последнему.
 
 

[Farroukh]

Неужели Вам, выпускнику и аспиранту Бауманки нужно разжевывать, как вычисляется кросс-дисперсия?

Так для людей же стараемся!
В настоящее время готовится простенький экселевский макрос, считающий по методу Клёсова с учётом возвратных мутаций. Достаточно будет закинуть туда гаплотипы, и он выдаст возраст популяции.

[Centurion]

Неужели Вам, выпускнику и аспиранту Бауманки нужно разжевывать, как вычисляется кросс-дисперсия?

Так для людей же стараемся!
В настоящее время готовится простенький экселевский макрос, считающий по методу Клёсова с учётом возвратных мутаций. Достаточно будет закинуть туда гаплотипы, и он выдаст возраст популяции.

А вот это полезное дело!

когда можно будет тестировать? 

[Овод]

В настоящее время готовится простенький экселевский макрос, считающий по методу Клёсова с учётом возвратных мутаций. Достаточно будет закинуть туда гаплотипы, и он выдаст возраст популяции.

На личном сайте Кена Нортведта уже есть Ёкселевская таблица с макросами, для расчёта как возраста субкладов по кросс-дисперсии гаплотипов двух кладов, так и для расчета ВБОП одного клада. Достаточно просто вбить гаплотипы.
 
Можете использовать для сравнения кросс-дисперсионного и "Клёсовского" метода по Вашей таблице..

[Centurion]

В настоящее время готовится простенький экселевский макрос, считающий по методу Клёсова с учётом возвратных мутаций. Достаточно будет закинуть туда гаплотипы, и он выдаст возраст популяции.

На личном сайте Кена Нортведта уже есть Ёкселевская таблица с макросами, для расчёта как возраста субкладов по кросс-дисперсии гаплотипов двух кладов, так и для расчета ВБОП одного клада. Достаточно просто вбить гаплотипы.

Ссылку на скачивание не опубликуете?

[Овод]

http://knordtvedt.home.bresnan.net/Generations3c.xls
 
Для того, чтобы увидеть инструкции к заполнению таблицы, её нужно сдвинуть вправо.

[Farroukh]

В моей таблице есть возможность удалять короткие короткие гаплотипы, гаплотипы с нулями и пустотами, а также дубли.

То есть достаточно скопировать из какого-нибудь ДНК проекта, кинуть в таблицу, и она сама отсеет ненужные. Отпадает необходимость вручную вычищать. Также она считает число мутаций и базовый гаплотип выборки.

Тем не менее за таблицу Нордвета - рахмат.

[Овод]

Будь ласка.
 
Успеха.

[Farroukh]

Овод, реально ли определить возраст предковой гаплогруппы (E1b1b1c*), имеющей только один нисходящий субклад (E1b1b1c1)?

[Овод]

Овод, реально ли определить возраст предковой гаплогруппы (E1b1b1c*), имеющей только один нисходящий субклад (E1b1b1c1)?

Кросс- дисперсия между двумя упомянутыми Вами субкладами даст возраст E1b1b1c. При этон необходимо убедится, что все E1b1b1c* действительно типировлись на снип E1b1b1c1 но "пролетели".