АвторТема: Вопросы Ильгару Мамедову  (Прочитано 13668 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Вопросы Ильгару Мамедову
« : 21 Январь 2010, 21:01:43 »


Вопросы Ильгару Мамедову - кандидату биологических наук, научному сотруднику "Лаборатории сравнительной и функциональной геномики" - http://labcfg.ibch.ru/lcfg-r.html

Образование
1995-2000 биологический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова кафедра
молекулярной биологии (красный диплом)
2000-2003 очная аспирантура института биоорганической химии им.
академиков М. М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова (ИБХ РАН),
лаборатория структуры и функции генов человека (ЛСФГЧ)
2004, декабрь – кандидатская диссертация по специальности молекулярная
биология (03.00.03). Тема диссертационной работы: «Методы
идентификации инсерционной вариабельности ретроэлементов»

Опыт работы
11.2002-12.2005 – научный сотрудник, лаборатория структуры и функции генов
человека ИБХ РАН,
01.2006- по н/в – научный сотрудник, лаборатория сравнительной и
функциональной геномики ИБХ РАН,.
« Последнее редактирование: 22 Январь 2010, 16:29:55 от Centurion »

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #1 : 21 Январь 2010, 21:06:46 »
Меня очень интересует проект "Молекулярно-генетический анализ палео-ДНК раннего населения Юго-Восточной Европы".

Какова выборка? К каким арх. культурам принадлежат образцы, в основном? Сколько уже длится проект, и когда его окончание? Есть ли результаты, или хотя бы шансы на получение данных по ядерной ДНК, в особенности, Y-STR/Y-SNP?

Извините, что столько вопросов... это еще не все :) Очень любопытно просто.

Заранее спасибо за ответ.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #2 : 21 Январь 2010, 21:48:42 »
Добрый вечер, Ильгар Зияддинович!
 
Меня тоже более всего заинтересовали работы лаборатории по дДНК, особенно из курганных погребений юга России (я и сам родом оттуда). Жаль, что в списке публикаций лаборатории нет работ по этой тематике. Не знаю, удобно ли задавать вопросы по непубликовавшейся работе, но хотя бы в самых общих чертах:
 
1. Какие курганные захоронения исследовались, каков их возраст?
 
2. На каком этапе находятся иследования?
 
3. Хотя бы в самых кратких и общий чертах - какова процедура выделения и типирования SNP и STR маркеров Y-дДНК? Чем она отлична, в принципе от рутинного анализа ДНК современных образцов?
 
Надеюсь, что Вы вскоре уже появитесь на форуме и удовлетворите, хотя бы частично, наше любопытство.

Оффлайн Ilgar

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 10
  • Рейтинг +6/-0
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #3 : 22 Январь 2010, 15:05:17 »
Здравствуйте коллеги.
Сейчас у нас образцы с двух объектов. Первый это многослойное поселение (тель) Юнаците из Фракийской долины. Второе курганы Чограй.
1) Возраст костей разный от 5 до 3 тысяч лет.
2) Оказалось что выделение ДНК из костей весьма сложное и трудоёмкое дело. Долго бились над методикой, сейчас вроде начало выделяться, но боюсь сглазить. Вот сиквенсы получим - напишу. Есть кое-какие первые резулльтаты, но пока не хочу об этом писать. Рано :)
3) Мы на данном этапе решили сосредоточиться на анализе митохондриальной Д-петли. Это связано прежде всего с тем, что митохондриальная ДНК гораздо лучше сохраняется прежде всего потому что её больше. В клетке насколько я помню на одно ядро приходится от 100 до 1000 митохондрий, поэтому удельное содержание ядерной (геномной) ДНК а значит и Y хромосомной достаточно мало. Поэтому по Y ничего не могу сказать, но если всё пойдёт хорошо то обязательно займёмся. Отличия от анализа современной ДНК в основном в протоколе выделения её из костей. А дальше всё также - ПЦР и сиквенс. Штука в том, что ДНК сильно фрагментирована, нельзя получить фрагменты допустим длиной 500 нуклеотидов. Существуют наборы бля амплификации очень коротких участков содержащих STR маркёры, они применяются в криминалистике, если образцы сильно пострадали, этот подход подходит и нам.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7996
  • Страна: kz
  • Рейтинг +700/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #4 : 22 Январь 2010, 15:12:06 »
Спасибо за ответ.

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #5 : 22 Январь 2010, 17:44:52 »
Большое спасибо за ответы. Мт-ДНК конечно хорошо, но работ по палео-мтДНК очень много, и по разным периодам (начиная с палеолита и заканчивая историческим периодом). А вот по мужским Y-хромосомам можно посчитать на пальцах 1 руки. Согласен, что работать с ядерной палео-ДНК - это высший пилотаж. Сильная фрагментация, и риск контаминации высоки. Еще видимо многое зависит от местоположения находки - чем дальше на юг, тем больше проблем. Однако, Ильгар Зияддинович, как вы оцениваете шансы на типирование Y-SNP, все таки с Y-STR будет сложнее из-за той же фрагментации, многие участки могут быть утеряны. Или я не прав? Вы вырабатывали собственную методику, по какой причине? Ведь, на сколько мне известно есть множество публикаций на эту тему.
Кстати, а какое примерно кол-во ДНК удалось выделить в среднем. Я читал, что минимальное кол-во для работы с дДНК должно быть около 20 пикограммов, а лучше 50-60.

Конкретно "фракийские" образцы из какой арх. культуры (Винча?). Заранее спасибо за ответы.
« Последнее редактирование: 22 Январь 2010, 18:06:16 от Centurion »

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #6 : 22 Январь 2010, 18:41:56 »
Спасибо за ответы, Ильгар. Вы - один из немногих профи, отважившихся на общение с любителями ДНК-генеалогии. Респект.
 
У меня ещё "пара вопросов" по основной тематике Вашей лаборатории - ретроэлементам (РЭ). До сих пор был знаком только с одним видом РЭ - АLU, применяемым иногда и в нашей области. Что касается остальных:
 
1. Правильно ли я понял, что занимая в сумме до 50% генома они при этом не несут никакую функционально-полезную или значимую для эволюции нагрузку, кроме самокопирования и транспозиции? То есть - своего рода  встроенные неизлечимые, но безвредные вирусы?
 
2. Есть ли они в половых хромосомах? На какой стадии происходит их перемещение/размножение, в мейозе? Что понимается под размножением - дополнительные инсерции или просто - наследование?
 
3. Насколько быстро они мутируют? Возможно ли применение их полиморфизма подобно снипам либо тандемным повторам не только для эволюционных, но и для генеалогических исследований (в интервале сотен или тысяч лет)?
 
Надеюсь, что не сильно Вас загрузил вопросами неофита.
 

Оффлайн Ilgar

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 10
  • Рейтинг +6/-0
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #7 : 22 Январь 2010, 19:36:20 »
Большое спасибо за ответы. Мт-ДНК конечно хорошо, но работ по палео-мтДНК очень много, и по разным периодам (начиная с палеолита и заканчивая историческим периодом). А вот по мужским Y-хромосомам можно посчитать на пальцах 1 руки. Согласен, что работать с ядерной палео-ДНК - это высший пилотаж. Сильная фрагментация, и риск контаминации высоки. Еще видимо многое зависит от местоположения находки - чем дальше на юг, тем больше проблем. Однако, Ильгар Зияддинович, как вы оцениваете шансы на типирование Y-SNP, все таки с Y-STR будет сложнее из-за той же фрагментации, многие участки могут быть утеряны. Или я не прав? Вы вырабатывали собственную методику, по какой причине? Ведь, на сколько мне известно есть множество публикаций на эту тему.
Кстати, а какое примерно кол-во ДНК удалось выделить в среднем. Я читал, что минимальное кол-во для работы с дДНК должно быть около 20 пикограммов, а лучше 50-60.

Конкретно "фракийские" образцы из какой арх. культуры (Винча?). Заранее спасибо за ответы.

Отвечу несколько не по порядку :)
1) Методики конечно же есть вы абсолютно правы. И мы конечно перерыли кучу литературы. И выяснилось, как часто у нас бывает, что некоего общего мнения не существует. Одни говорят одно лучше, другие другое. Есть приличная работа где немецкая группа попыталась тщательно сравнить методики и выявить оптимальную (Rohland, 2007, Biotechniques). Мы взяли за основу то что там написано, но несмотря на это не преуспели поначалу. А вообще это как приготовление борща. Тонкостей много и у каждой хозяйки он свой. плюс такой приборной базы как у буржуев у нас нет, приходится изворачиваться.
2) Насчёт местоположения это не совсем так, по-моему. По личному опыту и из литературы выходит что важен не возраст (в определённых пределах конечно) и не тип почвы данной местности а некое "микроокружение". У нас все кости даже из одного горизонта выглядят и ведут себя абсолютно по разному. Известно даже что из разных участков одной и той же кости может выделяться по разному
3) Сколько выделяется ДНК я могу прикинуть на глаз, но вот сколько выделяется ЧЕЛОВЕЧЕСКОЙ ДНК? Это всегда большой вопрос. Кость в земле почвенные микроорганизмы могли поесть и мы видим их ДНК. Оценить количество человеческой можно косвенно, а если прямо, то не вдаваясь в подробности это стоит много-много денег. А у нас лаборатория небольшая.... :) В источнике где вы читали про 20 пкг, там о чём речь шла?
4) Перспективы анализа Y-STR оценить не могу пока. Но я очень на это надеюсь. Проблема тут не только в фрагментации и меньшем количестве. Насчёт "некоторые фрагменты теряются" не совсем верно, на мой взгляд. Теоретически оно там разрушается хаотически, так что мы имеем дело с фрагментами не одной и не десяти молекул ДНК, поэтому по вероятностиобязательно попадётся такой фрагмент, который не порвался в том месте.
5) Работ по палео ДНК много, но во-первых не всем можно доверять. Гуру в этой области - Svante Paabo даже написал обзор по этому поводу, я точно не помню как называется, но что-то типа: "Acient DNA. Do it well or not at all" Во-вторых я тут кого не встречаю все говорят что это в основном на Западе с древней ДНК работают. А у нас не могут мол. Обидно за Российскую науку :)
6) Фракийская долина это тель Юнаците эпохи раннего бронзового века и энеолита. Археологи говорят это очень известный памятник. Название культуры - уточню, на память никак:)
« Последнее редактирование: 22 Январь 2010, 19:53:20 от Аббат Бузони »

Оффлайн Ilgar

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 10
  • Рейтинг +6/-0
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #8 : 25 Январь 2010, 18:53:03 »
О, это наш конёк. Ретороэлементы в основном представлены 3-мя классами: это SINE, LINE и LTRретропозоны. Alu относятся к первому классу.LTRретропозоны – родственники собственно ретровирусов, таких как ВИЧ например.

1. Это вот очень сложный и дискуссионный вопрос, над которым учёные бьются многие годы. С одной стороны да, так сказать «эгоистичный ген», не всегда кстати безвредный (есть примеры, когда Alu или LINE встраиваются в ген и приводят к заболеванию). С другой стороны есть примеры когда РЭ несут «полезную» функцию, в основном выступая в качестве регуляторных последовательностей для экспрессии генов. С одной стороны геном «борется» с активными РЭ, с другой стороны считается что их активность обеспечивает эволюционную пластичность генома. Есть работа в которой утверждается что вспышки размножения РЭ в геноме приматов происходили в те периоды когда приматы активно расширяли свой ареал обитания и приспосабливались к новым условиям обитания. Так что на деле существует некоторый симбиоз, своего рода взаимовыгодное сотрудничество
 
2. В половых хромосомах как и во всех есть. Размножение происходит всё время, от мейоза не зависит насколько я знаю. Если попадают в герминальные клетки, то новая инсерция наследуется, если в соматических – то нет. РЭ размножаются по механизму copy and paste, то есть исходная копия транскрибируется, получается РНК, на которой синтезируется ДНК копия, которая и встраивается в новое место генома. Большинство РЭ в геноме повреждены мутациями, но есть несколько активных копий каждого класса.
 
3. Мутируют - смотря в каком понимании. Если с какой частотой происходит новая инсерция – есть цифра – каждый 20-50 новорожденный несёт по крайней мере 1 копию. Но я этой цифре не верю, она несколько с потолка. Как часто теряются? Ответ очень редко. Специального механизма вырезания нету, а вероятность независимого встраивания в одно и то же место практически равна нулю. Так что в этом понимании мутируют очень мало по сравнению с STR и снипами.
Если иметь в виду изменение самой последовательности, то зависит от места интеграции. В интроне гена будет мутировать медленнее, в межгенном пространстве быстрее. В целом считается, что они несколько быстрее мутируют во втором  смысле, но не очень понятно с чем сравнивать. Точно быстрее генов.
Применение - это моя голубая мечта. Найти бы набор, к примеру, финских Alu, потом смотреть у кого есть!!! По информативности они как снипы, то есть биаллельные. Для популяционной генетики и криминалистики (идентификация личности, отцовство) применять можно. Для генеалогии я пока не думал, мне надо почитать и понять как вообще исследуют аутосомные маркёры с этой точки зрения.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #9 : 25 Январь 2010, 19:06:30 »
Спасибо, Ильгар. Чрезвычайно увлекательно и любопытно. Уже взял и буквально "проглотил" книжку "Геном" Мэтта Ридли, где большое внимание уделено, в частности, и транспозонам. Конечно, изложено очень популярно, но зато - доступно для понимания неспециалисту.
 
А что еще подобное, но может быть более строгое, Вы могли бы порекомендовать для тех, кто хочет расширить свой кругозор в этом вопросе?

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5566
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1681/-11
  • мтДНК: H1b
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #10 : 31 Январь 2010, 21:15:40 »
Уважаемый Ильгар, на форуме появлялись такие вот сообщения (ниже), не могли бы Вы прокомментировать? Спасибо.
"тамилы существуют в Индии уже несколько тысяч лет. Среди генетиков они известны тем, что у них принято жениться на своих двоюродных братьях и сёстрах. Если у других людей 5-8 летальных мутаций на геном, то у тамилов – практически ноль! Близкородственные браки выводят на поверхность дефектные копии и удаляют их из генофонда популяции – потомок, получивший сразу 2 дефектные копии умирает или болеет, т. е. не передаёт их дальше по наследству (как это делает потомок у которого лишь одна дефектная копия). Если такой процесс выявления дефектных копий идёт достаточно долго и популяция замкнута от притока новых дефектных копий извне, то через какое-то время она почти полностью избавляется от этих дефектных копий. Так что тамилы, со своим пристрастием к женитьбе на двоюродных братьях и сёстрах, оказались одной из самых генетически здоровых популяций в мире".
"исландские ученые из деКОДми четко дали понять в одной из последних работ, что браки между четвероюродными (3th cousins) самые плодовитые, а потомство - самое здоровое".

Оффлайн Дмитрий Беляев

  • Сообщений: 180
  • Рейтинг +44/-0
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #11 : 01 Февраль 2010, 09:52:52 »
"тамилы существуют в Индии уже несколько тысяч лет. Среди генетиков они известны тем, что у них принято жениться на своих двоюродных братьях и сёстрах. Если у других людей 5-8 летальных мутаций на геном, то у тамилов – практически ноль! Близкородственные браки выводят на поверхность дефектные копии и удаляют их из генофонда популяции – потомок, получивший сразу 2 дефектные копии умирает или болеет, т. е. не передаёт их дальше по наследству (как это делает потомок у которого лишь одна дефектная копия). Если такой процесс выявления дефектных копий идёт достаточно долго и популяция замкнута от притока новых дефектных копий извне, то через какое-то время она почти полностью избавляется от этих дефектных копий. Так что тамилы, со своим пристрастием к женитьбе на двоюродных братьях и сёстрах, оказались одной из самых генетически здоровых популяций в мире".
"исландские ученые из деКОДми четко дали понять в одной из последних работ, что браки между четвероюродными (3th cousins) самые плодовитые, а потомство - самое здоровое".
Я хотя и не Ильгар, но прокомментирую с антропологической точки зрения. Кросс-кузенный брак (о котором идет речь в данном случае) - вещь достаточно распространенная среди народов мира, особенно среди охотников-собирателей и ранних земледельцев. Так что тамилы ничем особым не отличаются.

Если нужна точная цифра, то можно посмотреть его частоту по БД Мёрдока, что даст количественный показатель.

Оффлайн Ilgar

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 10
  • Рейтинг +6/-0
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #12 : 03 Февраль 2010, 17:16:14 »
К сожалению наверное ничего не могу порекомендовать. Просто не хватает времени читать и оценивать популярную литературу по теме. Я довольно давно читал пару книг, одна кажется называлась "эгоистичный ген", точно не помню. И автора тоже не помню. Мне тогда показалось, что такие книги обычно страдают от того, что у автора уже есть изначальная идея, а факты уже нанизываются на неё так как это нужно автору. Так что про РЭ лучше спрашивайте - с удовольствием буду писать

Оффлайн Ilgar

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 10
  • Рейтинг +6/-0
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #13 : 03 Февраль 2010, 18:18:40 »
Уважаемый Ильгар, на форуме появлялись такие вот сообщения (ниже), не могли бы Вы прокомментировать? Спасибо.
"тамилы существуют в Индии уже несколько тысяч лет. Среди генетиков они известны тем, что у них принято жениться на своих двоюродных братьях и сёстрах. Если у других людей 5-8 летальных мутаций на геном, то у тамилов – практически ноль! Близкородственные браки выводят на поверхность дефектные копии и удаляют их из генофонда популяции – потомок, получивший сразу 2 дефектные копии умирает или болеет, т. е. не передаёт их дальше по наследству (как это делает потомок у которого лишь одна дефектная копия). Если такой процесс выявления дефектных копий идёт достаточно долго и популяция замкнута от притока новых дефектных копий извне, то через какое-то время она почти полностью избавляется от этих дефектных копий. Так что тамилы, со своим пристрастием к женитьбе на двоюродных братьях и сёстрах, оказались одной из самых генетически здоровых популяций в мире".
"исландские ученые из деКОДми четко дали понять в одной из последних работ, что браки между четвероюродными (3th cousins) самые плодовитые, а потомство - самое здоровое".
Здравствуйте Пенелопа
Насчёт Тамилов долго думали с коллегами. Вроде бы получается верное утверждение, но не совсем. Из классической генетики известно, что летальные аллели, приводящие к смерти в случае гомозигот тем не менее достаточно долго сохраняются в популяции, так как гетерозиготы прекрасно себя чувствуют. При этом частота такого аллеля становится низкой и вероятность встречи двух леталей у одного ребёнка очень низка. Такое утверждение абсолютно верно для свободно скрещивающейся популяции, в случае же кросс-кузенных браков вероятность 2-х леталей становится выше. Однако я не уверен что все "деффектные" гены у них вытитровались, скорее просто не нашли тех, которые есть у европейцев. У них запросто могут быть собственные уникальные генетические болезни, как у финнов. Правда у финнов вроде на кузенах не женятся. В общем скорее всего у тамилов действительно может быть мало "деффектных генов", но не полное отсутствие - в это верится с трудом. Откуда эта информация и есть ли в источнике ссылки на научные работы? Я мог бы посмотреть и разобраться.
По поводу второго сообщения, тоже хотелось бы почитать. Что такое деКОДми я не знаю и как это учёные посчитали мне непонятно. На первый взгляд выглядит не очень. Первый вопрос по сравнению с чем (кем) они более плодовитые и тд?? Вообще считается, что браки между наиболее генетически удалёнными людьми (и прочими живыми существами) дают самое здоровое и развитое потомство и это называется гетерезис.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Вопросы Ильгару Мамедову
« Ответ #14 : 03 Февраль 2010, 19:38:51 »

По поводу второго сообщения, тоже хотелось бы почитать. Что такое деКОДми я не знаю и как это учёные посчитали мне непонятно. На первый взгляд выглядит не очень. Первый вопрос по сравнению с чем (кем) они более плодовитые и тд?? Вообще считается, что браки между наиболее генетически удалёнными людьми (и прочими живыми существами) дают самое здоровое и развитое потомство и это называется гетерезис.

http://www.decode.com/
Дикодми (deCODEme) -исландская компания, один из лидеров в сфере коммерческой геномики человека.
Кроме коммерческих услуг, у них в период между 1997-2001 годами был большой проект по тотальному SNP-тестированию всего коренного исландского населения (использовался 1Гб чип Illumina) паралелльно с обработкой и введением в базу данных по исландской генеалогии вплоть до средних веков. Именно на основе геномного сопоставления и статистического анализа данных по всему исландскому народонаселению (где в силу малочисленности населения,  брак между четвероюродными по статистике является наиболее типичным , и как следствие процент гомозиготов  весьма велик), было сделано такое, почти сенсационное заявление.

http://www.decode.com/

Список публикаций ученых (медицинская генетика)
http://www.decode.com/research/publications.php

Совместная ДНК-генеалогическая база Дикодми и исландских генеалогов "?slendingab?k"
http://www.islendingabok.is/IServlets/index.jsp (требуется знание исландского языка)

« Последнее редактирование: 03 Февраль 2010, 19:45:48 от Vadim Verenich »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100