АвторТема: Мелкие проценты компонентов в дДНК  (Прочитано 1136 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12315
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2374/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
На форуме уже не раз говорилось о том, что на мелкие проценты компонентов в этнотестах современников нужно не обращать внимания. Процент "необращения внимания", исходя из дискуссий в соответствующем разделе форума, может якобы доходить чуть ли не до 20%.

Это при отличном качестве коммерческого аутосомного тестирования современников.

В случае аутосомного тестирования дДНК, если не ошибаюсь, качество древнего генетического материала и качество научного тестирования зачастую, если не всегда, намного уступает качеству материала современного, а также качеству коммерческого тестирования.

Тем не менее часто встречаю выводы космического масштаба, основанные на наличии таких вот, скажем, непервостепенных по процентам компонентов.

Насколько тогда можно доверять мелкопроцентным компонентам и разнице между такими компонентами в опубликованных научных результатах по дДНК? Начиная с какого процента указанные компоненты можно считать надёжными?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5443
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2208/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #1 : 23 Май 2019, 14:33:03 »
Тем не менее часто встречаю выводы космического масштаба, основанные на наличии таких вот, скажем, непервостепенных по процентам компонентов.

Насколько тогда можно доверять мелкопроцентным компонентам и разнице между такими компонентами в опубликованных научных результатах по дДНК? Начиная с какого процента указанные компоненты можно считать надёжными?
Для Admixture с древними образцами делать выводы в стиле Fire обычно можно процентов от пяти. Хотя и мелкие значения имеют смысл, просто требуют более осторожного подхода.

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 7639
  • Страна: gr
  • Рейтинг +641/-123
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #2 : 23 Май 2019, 15:21:41 »
Тем не менее часто встречаю выводы космического масштаба, основанные на наличии таких вот, скажем, непервостепенных по процентам компонентов.

Насколько тогда можно доверять мелкопроцентным компонентам и разнице между такими компонентами в опубликованных научных результатах по дДНК? Начиная с какого процента указанные компоненты можно считать надёжными?
Для Admixture с древними образцами делать выводы в стиле Fire обычно можно процентов от пяти. Хотя и мелкие значения имеют смысл, просто требуют более осторожного подхода.
И я на ниже чем 5% не обращаю внимания

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12315
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2374/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #3 : 23 Май 2019, 15:30:37 »
обычно можно процентов от пяти

Почему тогда в FTDNAшном и Gedmatchевских калькуляторах 5%-10% компонент, а то и больше (например, вплоть до 15% ЮВ Европы у человека со всеми известными предками-восточноевропейцами) - это часто ни о чём? При том, что материал современный и качество оборудования получше.

Более здравомысленно выделенные в научных публикациях компоненты Admixture?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5443
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2208/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #4 : 23 Май 2019, 16:38:47 »
Почему тогда в FTDNAшном и Gedmatchевских калькуляторах 5%-10% компонент, а то и больше (например, вплоть до 15% ЮВ Европы у человека со всеми известными предками-восточноевропейцами) - это часто ни о чём? При том, что материал современный и качество оборудования получше.
Наверное, в случае Gedmatch речь уже о результатах оракулов? Потому что в исходных компонентах 10% точно не должно быть "ни о чём". В случае FTDNA тоже выдаются не голые данные, а результаты интерпретации оракулом, но у них он другой.

Оффлайн smolinsky

  • Сообщений: 92
  • Страна: ru
  • Рейтинг +11/-0
  • u r not me
  • Y-ДНК: N-M232
  • мтДНК: H24A
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #5 : 23 Май 2019, 18:35:07 »
Спрошу тут. На гедматче появился в совпаденцах HP8810419 (zeynep yildirim) [23andMe], хотя у родителей его нет.
В его листе азиаты, западноевропейцы, русские, болгары. Сам судя по имени турок.
Прогнать его через калькуляторы не получается.
MRCA = 4.4
Чтобы это значило?


Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34668
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2966/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #6 : 23 Май 2019, 19:23:02 »
Составной УПС.
То есть, у родителей для заданного порогового значений отсутствует. А у ребёнка есть.

Идите в хромосомный браузер.
Ставьте группу четырёх человек (отец, мать, Вы, родич).
Понижайте порог (мегьше 7 сМ).
Увидите соседние участки у родителей, которые и формируют составной УПС у Вас.


:)

Оффлайн smolinsky

  • Сообщений: 92
  • Страна: ru
  • Рейтинг +11/-0
  • u r not me
  • Y-ДНК: N-M232
  • мтДНК: H24A
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #7 : 23 Май 2019, 22:01:28 »
Спасибо! Совпадения видны на разных хромосомах, но совпадающие сегменты 5-10 cM и видны только от одного родителя. Получается, что от второго <3сM.
Но мне еще интересен был сам совпаденец. Если верить калькуляторам, то в основе Кавказ и кто-то из дальних предков из Восточной Европы.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34668
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2966/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #8 : 23 Май 2019, 22:42:04 »
Поставьте порог меньше 3 сМ.
Выведите результаты попарно в табличном виде.
Сравните.

*** Немного напрягает, что Вы в этой ситуации завели речь про калькуляторы.
Вроде всё сказал. Дабы не терять попусту время и не слететь на перебранки с последующими минусами и визгами от неутомимых троллей, за сим откланиваюсь.

:)

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12315
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2374/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #9 : 23 Май 2019, 23:49:25 »
Наверное, в случае Gedmatch речь уже о результатах оракулов? Потому что в исходных компонентах 10% точно не должно быть "ни о чём". В случае FTDNA тоже выдаются не голые данные, а результаты интерпретации оракулом, но у них он другой.

Если не путаюсь в терминологии - то имел в виду компоненты: типа, Baltic, North_Atlantic и т.д, и пока что имел в виду в диапазоне от 5% до 10%.

Оракул там же вроде показывает не проценты, а дистанцию от популяций?

Например, взять первый попавшийся Eurogenes K13. У всех моих родственников после Baltic и North_Atlantic стабильно идут West_Med, West_Asian и East_Med (у отца ещё Siberian подключился) с разной последовательностью и с разными процентами, то выпадая за <5%, то повышаясь до >10%.

Я так понимаю, West_Med имеет максимум соответственно в Западном Средиземноморье, West_Asian соответственно в Западной Азии и East_Med соответственно в Восточном Средиземноморье.

Выделил компоненты данного калькулятора у своих родственников в диапазоне от 5% до 15%:

Цитировать
Отец

1   Baltic   48.37
2   North_Atlantic   26.21
3   Siberian   6.67
4   West_Med   6.67
5   West_Asian   5.83

6   East_Med   2.93
7   South_Asian   1.36
8   East_Asian   1.05

Цитировать
Мама

1   Baltic   47.98
2   North_Atlantic   26.42
3   West_Med   11.58
4   West_Asian   4.48
5   East_Med   4.03
6   South_Asian   2.14
7   Siberian   1.65
8   Sub-Saharan   1.03

Цитировать
Андрей

1   Baltic   48.16
2   North_Atlantic   25.73
3   West_Med   9.76
4   West_Asian   5.74
5   East_Med   5.72

6   Siberian   2.53
7   South_Asian   1.31

Цитировать
Марк

1   Baltic   43.44
2   North_Atlantic   27.53
3   West_Med   11.26
4   West_Asian   5.84

5   East_Med   4.80
6   South_Asian   2.73
7   Siberian   2.41

Цитировать
Руднев

1   Baltic   43.93
2   North_Atlantic   24.60
3   West_Med   10.43
4   East_Med   7.30
5   West_Asian   5.81

6   Siberian   2.89
7   East_Asian   2.06
8   South_Asian   1.44
9   Amerindian   1.08
« Последнее редактирование: 24 Май 2019, 00:29:59 от Yaroslav »

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12315
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2374/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #10 : 23 Май 2019, 23:49:37 »
Логически чую, что это наверное так данная программа показывает неолитические следы у восточно-европейцев.

Но, вот например данные армянки, у которой West_Med почти в тех же процентах, как у моей мамы, а в выделенный диапазон 5%-15% попали ещё и Red_Sea с Baltic (в наибольших процентах присутствующий у восточно-европейцев, и наверно максимально у прибалтов).

Цитировать
Эмма

1   East_Med   35.82
2   West_Asian   33.76
3   West_Med   11.71
4   Red_Sea   7.06
5   Baltic   5.59

6   North_Atlantic   2.44
7   South_Asian   2.24
« Последнее редактирование: 24 Май 2019, 00:07:47 от Yaroslav »

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12315
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2374/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #11 : 23 Май 2019, 23:57:36 »
Вернусь от очередной серии о себе и своих родственников к сабжу :)

Учитывая не раз упомянутые выше уступающие качества древнего материала и научного оборудования, мы всё равно можем доверять компоненту в диапазоне приблизительно от 5% до 10%? Или тут показательно присутствие этого компонента у всех представителей данной популяции?

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12315
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2374/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #12 : 24 Май 2019, 00:25:16 »
То есть, если взять в пример упомянутого выше нашего дорогого Fire :) получается, что подобные изменения имеют значение и могут говорить о каких-то новых "вливаниях" в генофонд популяции?

начало Нурагийской Цивилизации 0-5% Иранского компонента восемь образцов, а чуть позже но до конца поздней Бронзы 3 образца НЦ с 15-20% Иранским компонентом.(в одной уже опубликованной работе)

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 7639
  • Страна: gr
  • Рейтинг +641/-123
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #13 : 24 Май 2019, 00:52:20 »
То есть, если взять в пример упомянутого выше нашего дорогого Fire :) получается, что подобные изменения имеют значение и могут говорить о каких-то новых "вливаниях" в генофонд популяции?

начало Нурагийской Цивилизации 0-5% Иранского компонента восемь образцов, а чуть позже но до конца поздней Бронзы 3 образца НЦ с 15-20% Иранским компонентом.(в одной уже опубликованной работе)
Возможно даже полная смена, а не только вливание.
Так как например Шесть образцов из Нурагийской Цивилизации имеют 0% Иранского, но 5-10% Степного(похожая ситуация и у Троих образцов СреднейБронзы до Нурагов , наверно эти трое это Бикеры Сардинии , а Бикеры Сардинии считаются создателями более поздней Цивилизации Нурагов)
А Двое из Нурагийской цивилизации 20% Иранского и 0% Степного
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2019/03/21/583104/F5.large.jpg?width=800&height=600&carousel=1
« Последнее редактирование: 24 Май 2019, 01:08:18 от Fire »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5443
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2208/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Мелкие проценты компонентов в дДНК
« Ответ #14 : 24 Май 2019, 05:31:37 »
Оракул там же вроде показывает не проценты, а дистанцию от популяций?
Я подумал о записях вроде такой:
90%   East_Finnish    +    10%   Spanish_Extremadura    @    3.01

Цитировать
Например, взять первый попавшийся Eurogenes K13. У всех моих родственников после Baltic и North_Atlantic стабильно идут West_Med, West_Asian и East_Med (у отца ещё Siberian подключился) с разной последовательностью и с разными процентами, то выпадая за <5%, то повышаясь до >10%.
Ну да. Они есть у всех и проявляются стабильно (у южных русских своя закономерность, у северного своя). То есть по любому отдельно взятому образцу мы могли бы сделать вывод, что для данного калькулятора значения близки к типичным для данной популяции. А если у русского XVIII века они окажутся заметно другими, значит, где-то явно повлияли миграции. Хотя пока что у "русина" XII века всё получилось близко к южной половинке "центрального славянского кластера":
Цитировать
North_Atlantic   27.31 Pct
Baltic   47.00 Pct
West_Med   12.79 Pct
West_Asian   4.96 Pct
East_Med   5.09 Pct
Siberian   1.21 Pct
Amerindian   1.17 Pct
Oceanian   0.46 Pct

По каким закономерностям проявляются те или иные компоненты, это уже другой вопрос, в данном случае важно, что закономерность есть. upd раз у нас обсуждаются древние образцы, надо упомянуть - качество прочтения влияет на результаты именно в калькуляторах Gedmatch, оно искажает пропорции компонентов. В научных статьях переводят образцы в гаплоидный формат, что должно убирать этот эффект (точнее, у всех искажать одинаково), но не уверен, везде ли так поступают.
« Последнее редактирование: 24 Май 2019, 05:55:08 от Srkz »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100