АвторТема: "Фреш" от англ. генетиков: R1b1b2 - неолитические земледельцы  (Прочитано 26510 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2116
  • Рейтинг +575/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
1. Методология расчёта вполне стандартная, по дисперсии гаплотипов (ASD). По логарифмическому или линейному методу (даже с поправками на возвратные мутации) давно уже никто из серьёзных исследователей не считает. Еще лучше было бы посчитать по ро-статистике на дереве гаплотипов. Однако - как может быть достоверным дерево на 9 маркерах?
 
Уважаемый Овод, расчет возраста по ASD, действительно, стандартный и распространенный метод. Но насчет линейного метода не соглашусь. "Серьезные исследователи" им никогда и не пользовались. Потому что линейный метод по сути никто не исследовал и не развивал. Формулы для расчета наблюдаемых распределений отклонений от предкового гаплотипа с учетом асимметрии (двухпотоковости) мутаций появились впервые в прошлом, 2009-м году. Преимущество линейной модели в том, что ее оценки возраста меньше подвержены влиянию фактических отклонений от одношаговой модели мутаций (SMM). А мутации с изменением числа повторов больше одного, в реальности имеют место быть.
« Последнее редактирование: 20 Январь 2010, 08:16:17 от Nimissin »

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Уважаемый Димитрий, моё замечание относительно линейного метода - вовсе не камень в Ваш огород, а просто - констатация факта. Под "серьёзными исследователялями" я имею в виду не только  и не столько поп-генетиков, сколько известных ДНК-генеалогов, таких, как Кен Нортведт или Денекис. Я же, не относя себя к последним, регулярно использую Ваши поправки к линейному методу, наряду с расчётом по ASD и ро-статистике.
 
Обычно на сроках порядка 4-5 тыс лет ASD даёт более высокую оценку, чем линейный с поправками, а ро-статистика - где-то посередине. Если расхождения существенны, это лишний повод более пристально взглянуть на гаплотипы: часто оказывается, что в этом виновны многошаговые мутации или RecLoH на палиндромных маркерах. Так что с Вашим тезисом о лучшей устойчивости линейного метода с поправкой я совершенно согласен.
 
Однако хвалить авторов только за отказ от "эволюционных" скоростей не стоит. Они - не первые, кто образумился. Убежден, что за ними вскоре последуют и остальные попгены.
 
Клавис:
Цитировать
Поздняя миграция галатов может испортить весь расчет. Что скажете?

Совершенно вот именно. И не только кельты-галаты. В район Анатолии были и более поздние "вливания" R1b:  там столетиями присутствовали римские легионы, позже - крестоносцы. Это способно совершенно смазать картину. Об этом пишет и Денекис.
 
 
 

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2116
  • Рейтинг +575/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Однако хвалить авторов только за отказ от "эволюционных" скоростей не стоит. Они - не первые, кто образумился. Убежден, что за ними вскоре последуют и остальные попгены.
Согласен, и раньше выходили статьи с использованием скоростей отец-сын. Но у этой работы высок "статистический вес". Среди интересующихся ДНК-генеалогией доля R1b1b2 весьма высока и, соответственно, финансовый потенциал на рынке коммерческих услуг.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Однако хвалить авторов только за отказ от "эволюционных" скоростей не стоит. Они - не первые, кто образумился. Убежден, что за ними вскоре последуют и остальные попгены.
Согласен, и раньше выходили статьи с использованием скоростей отец-сын. Но у этой работы высок "статистический вес". Среди интересующихся ДНК-генеалогией доля R1b1b2 весьма высока и, соответственно, финансовый потенциал на рынке коммерческих услуг.
НО выводы никуда не годные, а значит статья макулатурная. Несомненно заказная.

Оффлайн Denis B.

  • Сообщений: 298
  • Страна: 00
  • Рейтинг +37/-4
НО выводы никуда не годные

почему??

, а значит статья макулатурная. Несомненно заказная.

много вы знаете "заказных" научных работ? Понимаю какой-нибудь фрик писал бы подобное, но вы-то куда?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
НО выводы никуда не годные

почему??

, а значит статья макулатурная. Несомненно заказная.

много вы знаете "заказных" научных работ? Понимаю какой-нибудь фрик писал бы подобное, но вы-то куда?

почему? читайте ответы наших коллег-форумчан

заказная, потому что англичанам надо как-то обосновать свое якобы древнее пребывание R1b1b2 в западной Европе отсюда такая натянутая статья вы почитайте ее сначала

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Кстати их звездная сеть показывает, что у турок есть просто отдельная ветвь, но корень у европейских и у турецких хромосом один, а не европейские происходят от турецких. Я правда не понял кто у них под "other". Про вариативность турецких мы уже много обсуждали.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Я исключил Турцию и район походов крестоносцев, оставил с одной стороны, гаплотип нашего уважаемого участника Лугуева (Дагестан) и Kha (Египет), с другой стороны британскую островную глубинку (Англию не брал):
MH322   Armstrong    Dumfriesshire, Scotland
2C4BV   Robinson      Scotland
5m73k   Kearon   Arklow, Ireland
6YBDJ   Kern   Arklow, Wicklow, Ireland
796FE   Spencer    Wales
93EW4   moore   Limerick, Ireland
ME9RE   Fannon    Ireland
MPM4V   Reid   Grampian, Scotland

общий предок Лугуева и островитян - в среднем 3660 лет назад,
египтянина и островитян - в среднем 4460 лет назад
Лугуева и египтянина - 5160 лет назад (тут один результат)

Оффлайн Denis B.

  • Сообщений: 298
  • Страна: 00
  • Рейтинг +37/-4
С маршрутом я, в принципе согласен. Со временем - нет. Атлантическому модалу не более 4 тыс.лет, что признают и сами западноевропейцы.

кто это признает? форумные фантазеры?

Так что выводы напрашиваются действительно революционные: Либо в Европу первыми пришли не R1b cо своей культурой, либо - они были вовсе не индоевропейцами (к которым себя относят).

я не припоминаю чтобы в статье что-то говорилось об ИЕ

Да, и как заметил Denis B., выкидываются некоторые регионы (не вписываются в концепцию ?).

по другим регионам не набралось нужных 15 гаплотипов, вот и не расчитывали разнообразие

Совершенно вот именно. И не только кельты-галаты. В район Анатолии были и более поздние "вливания" R1b:  там столетиями присутствовали римские легионы, позже - крестоносцы. Это способно совершенно смазать картину. Об этом пишет и Денекис.

что вы хотите этим сказать? Вы сомневаетесь в ближневосточном происхождении R1b1b2?

почему? читайте ответы наших коллег-форумчан
не вижу никаких веских аргументов

Кстати их звездная сеть показывает, что у турок есть просто отдельная ветвь, но корень у европейских и у турецких хромосом один, а не европейские происходят от турецких.

а никто и не утверждает, что западно-европейские R1b1b2 происходят от турецких. И те, и другие происходят от одного ближневосточного предка.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Цитировать
не вижу никаких веских аргументов
значит вам нужны очки

вот комментарий Maju с блога Динекеса:

Цитировать
1. MC age estimates are just a guess game with no guarantees whatsoever.

2. They do not study R1b1b2a1, which is the truly European-specific haplogroup but a larger clade that of course has West Asian origin (when? MC estimates can't but speculate).

3. The phylogenetic structure of R1b1b2 and in particular of R1b1b2a1 is not considered. All haplogroups and phylogenetic layers are treated as one simple amorphous object.

In this sense, the phylogenetic graph is almost funny and evidences the lack of precision achieved by mere haplotype (STR) analysis, what looks an almost amorphous gigantic starlike structure has in fact little correlation with the highly structured R1b1b2 true phylogenetic tree.

However, I believe I can still spot how Anatolian phylogenetic diversity was achieved: by back-migration. One branch does look as specifically Anatolian (mostly red, probably representing R1b1b2(xR1b1b2a1)) but all the other Turkish haplotypes (indeed very diverse) are clearly derived from European ones.

4. No archaeologically consistent spread pattern is proposed other than the vague term "Neolithic", as if all Neolithic cultures were one and the same thing.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Цитировать
Вы сомневаетесь в ближневосточном происхождении R1b1b2?
Я настороженно отношусь к этой гипотезе.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
R1b1b2a2 нет в текущем дереве.

Оффлайн Denis B.

  • Сообщений: 298
  • Страна: 00
  • Рейтинг +37/-4
вот комментарий Maju с блога Динекеса:
И что там в комменте такого особого?
подобным образом можно разбирать и критиковать любую поп-ген статью.

Цитировать
1. MC age estimates are just a guess game with no guarantees whatsoever.
это же можно сказать о любых методах age estimates

Цитировать
They do not study R1b1b2a1, which is the truly European-specific haplogroup but a larger clade that of course has West Asian origin (when? MC estimates can't but speculate).
The phylogenetic structure of R1b1b2 and in particular of R1b1b2a1 is not considered. All haplogroups and phylogenetic layers are treated as one simple amorphous object.

не скоро еще в научных работах будут типировать такие глубокие снипы, и для каждого суклада R1b1b2 будут считать свое разнообразие и возраст.

Цитировать
In this sense, the phylogenetic graph is almost funny and evidences the lack of precision achieved by mere haplotype (STR) analysis, what looks an almost amorphous gigantic starlike structure has in fact little correlation with the highly structured R1b1b2 true phylogenetic tree.

это далеко не новость - STR-филогения очень ненадежна.

Цитировать
However, I believe I can still spot how Anatolian phylogenetic diversity was achieved: by back-migration. One branch does look as specifically Anatolian (mostly red, probably representing R1b1b2(xR1b1b2a1)) but all the other Turkish haplotypes (indeed very diverse) are clearly derived from European ones.

это не отменяет того факта что бОльшая часть ближневосточных R1b1b2 не имеет к Западной Европе никакого отношения,
и наверняка даже без занесенных с запада хромосом разнообразие будет высоко

Цитировать
Вы сомневаетесь в ближневосточном происхождении R1b1b2?
Я настороженно отношусь к этой гипотезе.
ваша версия ?

Еще несколько вопросов к спецам:
1. В Турции есть много разных R1b1b2, а Зап. Европе - почти исключительно R1b1b2a1 (или я ошибаюсь ?).
Западно-европейские R1b1b2 действительно принадлежат в основном либо к R1b1b2a1a-U106, либо к R1b1b2a1b-P312

R1b1b2* и R1b1b2a* есть и в Западной Европе, но очень мало. В Италии и Центр. Европе их доля возрастает, на Балканах и Ближнем Востоке их даже большинство (правда, пока маловато данных)

2. Не использовались данные по Балканам и Вост. Европе и соответственно не рассматривался альтернативный путь распространения R1b1b2. Таких данных не существует ? Почему не использовались свои же данные по Уэльсу, Португалии, двум регионам Испании и двум регионам Франции?

Intrahaplogroup diversity was assessed for populations with
hgR1b1b2 sample size >=15 as the mean of the individual
microsatellite variances


« Последнее редактирование: 20 Январь 2010, 14:56:52 от Denis B. »

Оффлайн Denis B.

  • Сообщений: 298
  • Страна: 00
  • Рейтинг +37/-4
Для указанных мной "своих" популяций это не проходит (данные по Уэльсу, Португалии, двум регионам Испании и двум регионам Франции), там есть достаточно данных.

Да. Тогда не понятно. Но врядли там какой-то "криминал"

Оффлайн Denis B.

  • Сообщений: 298
  • Страна: 00
  • Рейтинг +37/-4
а здесь у меня сразу создалось субъективное ощущение, что у авторов изначально был тезис, который они очень постаралось доказать.
это у форумчан скорее изначально есть тезис о том что неолит -это только E и J, а R1b - тут не может быть никаким боком.

Проделана большая работа, неужели было так трудно собрать данные по Австрии, Венгрии, Балканам (молчу о Вост. Европе) и не создавать "дыру" между Анатолией и Зап. Европой.
да, я тоже думаю что если уж браться за такую работу, то нужно подходить к ней более ответственно. Собрать нормальные выборки по всей Европе, от Ирландии до Урала, с Кавказа и Ближнего Востока; начать типировать наконец M405/U106 и P312; использовать хотя бы 25 STR-локусов. Но когда генетики дойдут до этого?

В настоящее время Фулвио Кручиани с соавторами занимается большой работой по R1b1b2, возможно у них будут данные получше.

Сочетание: британские ученые, большие гранды и избирательная "обработка" данных, вызывает у меня подозрения.
среди авторов есть и весьма именитые ученые

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100