АвторТема: ДНК Пушкина  (Прочитано 25751 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8737
  • Страна: gt
  • Рейтинг +645/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: ДНК Пушкина
« Ответ #45 : 21 Сентябрь 2015, 16:25:46 »
Касательно идеи собрать ДНК Абрама Ганнибила, анализируя ДНК его потомков: в Исландии удалось сделать такое: https://ep70.eventpilotadmin.com/web/page.php?page=IntHtml&project=ASHG15&id=150122397

PgmNr 321: Computational reconstruction of a haploid genome from the 18th century.

Abstract:
Icelandic history contains an unusually tractable case study for the problem of ancestral genome reconstruction. The case is that of Hans Jonatan (HJ), born in 1784 on the Caribbean island St. Croix to an African enslaved mother and a supposed Danish father. Following a complex series of events, HJ eventually settled in Iceland in 1805 and married an Icelandic woman, with whom he had two children. In all, HJ has 636 contemporary descendants in the Icelandic population, of whom we have Illumina microarray SNP genotypes for 114. Using these data, we identified African fragments using two different methods. The first, “AdmixIBD”, was devised by us and is based on detection of identity-by-descent (IBD) sharing of long contiguous chromosome fragments with a set of reference samples from Europe and Africa. The second is a published method called Hapmix. The African fragments identified by both methods were highly consistent and were therefore combined and then further filtered based on correspondence between the parental origin of alleles in HJ descendants and the known genealogy linking them to HJ. In this way, we were able to identify and reconstruct 32% of HJ‘s maternal haploid African genome. We then attempted to determine the geographical origin of this reconstructed genome. The transatlantic slave trade resulted in mass uprootment of  millions of Africans to the New World. Using reference samples from 48 different African populations, we were able to use multi-dimensional scaling analysis and a statistical test of IBD values to rule out East and Southern Africa as places of origin for HJ‘s mother. Within West Africa, we found statistical support for a closer relationship to populations from Nigeria and Benin than to other populations.


В истории Исландии есть необычайно лёгкий для обработки образец проблемы реконструкции предкового генома. А именно случай Ханса Йонатана(HJ), родившегося в 1784 году на карибском острове Сент-Круа, от матери-рабыни, африканки и вероятно отца-датчанина. После сложной серии событий, Ханс Йонатан в конце концов поселился в Исландии в 1805 году и женился на исландской женщине, от которой у него было двое детей. Всего у Ханса Йонатана 636 современных потомков в исландской популяции, из которых мы SNP-микрочипировали при помощи Illumina 114 человек. Используя эти данные, мы выявили африканские фрагменты с использованием двух различных методов. Первый, “AdmixIBD”, был разработан нами и основывается на обнаружение длинных совпадающих фрагментов хромосом, унаследованных от общего предка, с набором эталонных образцов из Европы и Африки. Второй - опубликованный ранее так называемый метод Hapmix. Африканский фрагменты выявленные обоими методами были тесно связаны между собой и поэтому были объединены и далее отфильтрованы на основании известноо генеалогической связи с Хансом Йонатаном. Таким образом, нам удалось выявить и реконструировать 32% из материнского африканского гаплоидного генома Ханса Йонатана. Затем мы попытались определить географическое происхождение этого реконструированного генома. Трансатлантическая работорговля привели к массовому перемещению миллионов африканцев в Новый Свет. С помощью эталонных образцов из 48 различных африканских популяций, мы были в состоянии использовать многомерный анализ и статистическую проверку IBD значений, чтобы исключить Восточную и Южную Африки в качестве места происхождения для матери Ханса Йонатана. В Западной Африке, мы обнаружили статистическую поддержку для близости к популяциям из Нигерии и Бенина, нежели к другим популяциям.
Интересно.
Важный метод.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5218
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1927/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: ДНК Пушкина
« Ответ #46 : 21 Сентябрь 2015, 16:57:28 »
Если предположить, что прошло шесть поколений, и в каждом следующем у его потомков рождалось по трое детей, то теоретически достижимый максимум реконструкции у меня получился прикидочно 56% (это про случай Йонатана). В первых поколениях часть генома неизбежно теряется, но по мере роста количества потомков процесс быстро замедляется.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1059
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1091/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: ДНК Пушкина
« Ответ #47 : 15 Январь 2018, 23:38:59 »
Статью про Ханса Йонатана опубликовали:

https://www.nature.com/articles/s41588-017-0031-6

Reconstructing an African haploid genome from the 18th century

Anuradha Jagadeesan, Ellen D. Gunnarsdóttir, S. Sunna Ebenesersdóttir, Valdis B. Guðmundsdóttir, Elisabet Linda Thordardottir, Margrét S. Einarsdóttir, Hákon Jónsson, Jean-Michel Dugoujon, Cesar Fortes-Lima, Florence Migot-Nabias, Achille Massougbodji, Gil Bellis, Luisa Pereira, Gísli Másson, Augustine Kong, Kári Stefánsson & Agnar Helgason

Nature Genetics (2018)
doi:10.1038/s41588-017-0031-6

Received: 01 March 2017
Accepted: 18 December 2017
Published online: 15 January 2018

Abstract

A genome is a mosaic of chromosome fragments from ancestors who existed some arbitrary number of generations earlier. Here, we reconstruct the genome of Hans Jonatan (HJ), born in the Caribbean in 1784 to an enslaved African mother and European father. HJ migrated to Iceland in 1802, married and had two children. We genotyped 182 of his 788 descendants using single-nucleotide polymorphism (SNP) chips and whole-genome sequenced (WGS) 20 of them. Using these data, we reconstructed 38% of HJ’s maternal genome and inferred that his mother was from the region spanned by Benin, Nigeria and Cameroon.

Геном - это мозаика фрагментов хромосом от предков, живших поколениями ранее. Здесь мы реконструируем геном Ханса Йонатана (HJ), родившегося в Карибском регионе в 1784 году, от африканской рабыни и отца европейца. HJ мигрировал в Исландию в 1802 году, женился и имел двух детей. Мы генотипировали 182 из его 788 потомков с использованием однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) и полностью секвенировали (WGS) 20 из них. Используя эти данные, мы восстановили 38% материнского генома HJ и предположили, что его мать была из региона, охваченного Бенином, Нигерией и Камеруном.

UPD: In addition, we used WGS data from a sixth-generation patrilineal descendant of HJ to determine that his Y chromosome belongs to haplogroup I2a2a3a2 (according to the ISOGG 2013 classification system), which has a frequency of 0.15% in Iceland.

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 110
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-2
  • Y-ДНК: G2a1
Re: ДНК Пушкина
« Ответ #48 : 16 Январь 2018, 00:30:36 »
Статистика рода https://moiarussia.ru/sudba-potomkov-a-s-pushkina/
Как известно, у Пушкина было четверо детей: две дочери и два сына. А сколько же всего было потомков у гениальнейшего поэта?

Пушкинисты насчитали всего, включая и давно умерших, 237 потомков Александра Сергеевича, из них в живых на начало восьмидесятых годов числился 171 потомок великого поэта. Судьба разбросала их по всему белу свету.

Сейчас, например, у нас в России, проживает 82 потомка Пушкина, во Франции 24, в Англии 20, в США 12, Бельгии 10, Швейцарии 6, ФРГ 5, Италии 3. Шестеро живет на Гавайских островах и трое в Марокко. Сегодня поговорим о детях Александра Сергеевича.

Первенец, Мария, появилась на свет в 1832 году, в 1833 и в 1835 годах родились сыновья Александр и Григорий, в 1836-ом – дочь Наталия.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100