Анализ однородности генома

[I2a1a]

Довольно-таки распространенное явление. В моем роду (см.тему Генеалогия Веренич-Стаховских) таких примеров множество.

[I2a1a]

Вот например
http://forum.molgen.org/index.php/topic,1239.msg35033.html#msg35033

[Yulita]

Ага, я уже побродила в Вашей "паутине"...впечатляет

[Centurion]

Юлита,

Я что-то не пойму... Дзюман Иван прожил 115 лет (в 73 года родил Никифора), а Кондрат 105? 

Прямо как в Библии.

[Yulita]

Юлита,
Я что-то не пойму... Дзюман Иван прожил 115 лет (в 73 года родил Никифора), а Кондрат 105? 
Прямо как в Библии.

Именно так
Вот выписка из метрической книги за 1792 года о смерти Ивана:

"1792 года месяца феврария 17 дня раб божий Иоан Дзюман имеющий годов 115 преставися и погребеся со всяким християнским обрядом мною иереем Кондратом Бутовским. На могилках посвященных веси Хвастовки"
И его сын: ""По удостоении исповеди и святых тайн причастия умре житель подданный села Хвисюр Кондрат Дзюман вдов, 105 лет".
Конечно, 100% возраст можно было бы узнать только имея на руках метрики об их рождении, но увы, чего нет, того нет

[Yulita]

Кстати, Никифор был не последним сыном Последний сын Даниил родился в 1765 году, когда Ивану было уже 88 лет от его второй жены, которая была младше на 39 лет
Эх, если бы тесты у 23иЯ были не такими дорогими, я бы уболтала на них парочку современников из этого "куста", у меня есть выход на потомков почти от всех сыновей этого Ивана. 

[I2a1a]

Юлита,
Я что-то не пойму... Дзюман Иван прожил 115 лет (в 73 года родил Никифора), а Кондрат 105? 

Круто, прямо Мафусаилов возраст. 
А я еще  при обработке метрических данных, сомневался в возрастах отцов (50-60 лет), которые были указаны  при рождении детей. Оказывается, это было не такое уж и редкое явление.

[Centurion]

С датой смерти все понятно, а вот дата рождения должна вызывать сомнения. Хотя... бывали и долгожители.

[Yulita]

Скажем так, легенду о Иване, который прожил больше 100 лет, мне рассказывал мой дедушка, а метрика это в какой-то степени подтвердила
Погрешность возраста при записи смерти среди людей, с установленной датой рождения и смерти, и проживших больше 60-ти лет:
Онофрий Дзюман 10.06.1805 - 23.06.1872 = 67 (записано 70);
Федор Дзюман 17.02.1809 - 13.09.1897 = 88 (записано 90);
Вукола Иващенко 06.02.1798 - 25.03.1872 = 74 (записано 78);
Иоанн Иващенко 30.01.1811 - 18.04.1875 = 64 (записано 60).
Как видно, возраст "гуляет" и в ту и в другую сторону.

[Yulita]

Данные по бабушке:
Chr  1 has a ROH of length  836 from position  60347868 to position  64114320 (3.77 Mb)
Chr  1 has a ROH of length  260 from position 227611708 to position 228792343 (1.18 Mb)
Chr  2 has a ROH of length  202 from position 148923413 to position 150272730 (1.35 Mb)
Chr  5 has a ROH of length  309 from position 166341242 to position 167717782 (1.38 Mb)
Chr  6 has a ROH of length  216 from position 120861096 to position 121940950 (1.08 Mb)
Chr  7 has a ROH of length  341 from position  29111739 to position  30285743 (1.17 Mb)
Chr  7 has a ROH of length  265 from position  98779845 to position 100386209 (1.61 Mb)
Chr  9 has a ROH of length  409 from position     36587 to position    994958 (0.96 Mb)
Chr 11 has a ROH of length  354 from position  26977037 to position  29411714 (2.43 Mb)
Chr 11 has a ROH of length  382 from position 106023771 to position 107864371 (1.84 Mb)
Chr 13 has a ROH of length  383 from position  82166632 to position  84464329 (2.30 Mb)
Chr 13 has a ROH of length  233 from position  84465637 to position  85647528 (1.18 Mb)
Chr 13 has a ROH of length  210 from position  85709160 to position  87352161 (1.64 Mb)
Chr 18 has a ROH of length  225 from position  70051312 to position  70931091 (0.88 Mb)
Chr 21 has a ROH of length  411 from position  45161718 to position  46909417 (1.75 Mb)

Total autosomal (Chr 1-22):   68.179 % (382065 of 560386 SNPs) are homozygous, 7052 No-Calls

[Anode]

Добавил проценты в тул анализа гомозиготности внутри aisconvert'а. Теперь всё как у Дэвида Пайка (числа все тоже совпадают).
Так что теперь есть полноценная альтернатива жабаскриптовому сервису с запуском через коммандную строку (анализирует всего за секунду).
Можно и в пакетном режиме.

Linux:


Windows:

[Anode]

Вадим,

у Вас где-то прозвучала, как мне кажется, гениальная мысль - проверка родства по пути гомозиготности.
Хотелось бы развить эту тему (aisconvert поддерживает вычисление участков гомозиготности и легко сделать надстройку - которая делает какое-то решение по поводу родства - на базе гомозиготности 2х геномов).
Ведь это является независимым от упсомера методом, дополнительной размерностью, и в купе с проверкой по мито, по y, по упсам - может быть четвёртым (мне известным) способом проверки одного и того-же.
Итак, у близких родственников непересекающиеся участки гомозиготных аллелей, правильно?
Что там ещё можно сказать, могущего быть полезным - как и что считать?

[Anode]

можно было-бы сделать ещё один, дополнительный, интерфейс (экран, сервис) в упсометре, базирующийся уже на гомозиготности. Если, конечно, найдём/построим модель.

[I2a1a]

Вадим,

у Вас где-то прозвучала, как мне кажется,  мысль - проверка родства по пути гомозиготности.

Гомозиготность - штука,конечно,интересная. Раньше я считал, что ее довольно легко можно приспособить к нашим генеалогическим целям. Теперь, по мере ознакомления с научной литературой, я вижу, что гомозиготность  сама по себе может быть обусловлена  разными причинами, причем последние- необязательно генеалогического характера.

Вот что пишут авторы статьи, для которых Пайк смастерил своей калькулятор гомозиготности

http://www.ashg.org/2009meeting/abstracts/fulltext/f20117.htm

Now in a global population dataset, our analysis of ROH allows categorisation of individuals into four major groups, inferred to have (a) parental relatedness in the 150 years (many south and west Asians), (b) shared parental ancestry arising hundreds to thousands of years ago through population isolation and restricted effective population size (Ne), but little recent inbreeding (Oceanians, African hunter-gatherers, some European and south Asian isolates), (c) both ancient and recent parental relatedness (Native Americans), and (d) only the background level of shared ancestry relating to continental Ne (east Asians, urban Europeans; African agriculturalists).

Т.е у урбанизированных европейцев высокий уровень гомозиготности обусловлен высоким фоновым уровнем разделяемого древнего родства.
 

[Anode]

ну, вам виднее (я статей не читал). Если же вдруг опять увидите - что можно как-то вытащить родство из-каких нибудь "краевых эффектов" на ROH или чего ещё - дайте знать (калькулятор есть, регионы вытаскивать умеем, надо только научится вытащить информацию из них - если она там есть). Потом, ведь можно вводить какие-нибудь поправки - для родителей идентичных гаплотипов, и различных гаплотипов (Молчу, молчу, я здесь не компетентен).