АвторТема: Анализ однородности генома  (Прочитано 28590 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #60 : 05 Февраль 2010, 16:32:08 »
У меня семь нехороших участков:

Chr  1 has a ROH of length  211 from position  77254775 to position  78432209 (1.18 Mb)
Chr 1 has a ROH of length  563 from position  91884758 to position  94643123 (2.76 Mb)
Chr  2 has a ROH of length  270 from position  80155080 to position  81858970 (1.70 Mb)
Chr  4 has a ROH of length  261 from position 130593177 to position 131993658 (1.40 Mb)
Chr  5 has a ROH of length  254 from position 107291733 to position 108662027 (1.37 Mb)
Chr  8 has a ROH of length  200 from position   3166938 to position   3463359 (0.30 Mb)
Chr  9 has a ROH of length  218 from position   2926864 to position   3746990 (0.82 Mb)

Chr  X:  13876 SNPs, 175 No-Calls
Chr  Y:   1921 SNPs,  16 No-Calls
mtDNA :   2154 SNPs,  17 No-Calls

Total autosomal (Chr 1-22):   68.122 % (381747 of 560386 SNPs) are homozygous, 2104 No-Calls

Самый противный на первой хромосоме: Chr  1 has a ROH of length  563 from position  91884758 to position  94643123 (2.76 Mb).
Кажется именно там имел УПС с Ian Campbell, который  потом не вошел в мой РФ-лист.

Теперь предстоит новая забава - отделять зерна от плевел.
То есть проверять всех своих родичей из РФ на 1, 2, 4, 5, 8 и 9 хромосомах.
« Последнее редактирование: 05 Февраль 2010, 16:41:56 от Mich Glitch »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #61 : 05 Февраль 2010, 16:39:10 »
Эээх, не дотянул я до Justin Loe, не сдюжил на сей раз, извините уж:

Total autosomal (Chr 1-22):   67.767 % (379759 of 560386 SNPs) are homozygous, 1234 No-Calls

no ROH > 300 SNPs
1 ROH = 300 SNPs
10 ROH > 200 SMPs
589 ROH > 50 SNPs
Из данных форумчан пока самый замешанный - это Anode.
Потом Yulita.
Потом я.

Оффлайн Yulita

  • Сообщений: 884
  • Страна: ua
  • Рейтинг +177/-0
  • Стоя в кругу ко всем лицом не будешь...
  • Y-ДНК: R1a1a1 (M417) - дедушка по папе
  • мтДНК: U5a1 - я; K1a1b1a - бабушка по папе; H1c - прабабушка по папе
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #62 : 05 Февраль 2010, 16:51:49 »
У меня семь нехороших участков:
Михаил, а почему они нехорошие? Чем это выражается?
У меня пока из соупсовцев никого на этих участках нет.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #63 : 05 Февраль 2010, 17:02:22 »
Михаил, а почему они нехорошие? Чем это выражается?
Выражается это в том, что если УПС попадает на этот участок, то предикт от РФ может быть слишком оптимистичным.
То есть, допустим, Вы с кем-то имеете УПС именно в этой зоне и РФ вас определяет как 7-юродных братьев. А на деле вы 15-16 юродные.
Ну, или что-то вроде того.
Правда, я не до конца уверен в собственных выводах.  :-[

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5026
  • Страна: 00
  • Рейтинг +672/-0
  • Y-ДНК: R-YP418
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #64 : 05 Февраль 2010, 17:20:18 »
Вдогонку к разговору о моей гомозиготности  :D
Профессор МакДональд прислал результаты по маме и дяде (к слову, прислал мгновенно, без напоминаний, через три дня после того, как я послала результаты):

All of this, both people, is typical of people who come from Western
Russia or Poland. There is a VERY quick movement of points on the Euro
plot towards the west (Orkney) from Russia (green) as you go west from Moscow so that
Poland or the Baltic countries is well outside the green area. Also, the
quantitative program gives me a rough idea of how close you are
to each comparison group, and you two are typical in that respect: Russia highest,
ORkney and France next. We have no comparisons in between. I also attach
a map showing normal Euro locations.
Doug

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5026
  • Страна: 00
  • Рейтинг +672/-0
  • Y-ДНК: R-YP418
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #65 : 05 Февраль 2010, 17:22:21 »
мама:

Europe        98.1%
Oceania        0.1%
America        1.2%
Africa         0.0%
E. Asia       -0.6%

Europe        92.4%
S. Asia        8.7%
Oceania       -0.3%
America        0.8%
Africa        -0.3%
E. Asia       -2.3%

Europe        90.0%
Mideast        3.4%
S. Asia        8.0%
Oceania       -0.3%
America        0.8%
Africa        -0.7%
E. Asia       -2.2%


дядя:

Europe        96.2%
Oceania       -0.6%
America        1.6%
Africa         0.7%
E. Asia        1.7%

Europe        88.9%
S. Asia       10.8%
Oceania       -1.1%
America        1.1%
Africa         0.2%
E. Asia       -0.3%

Europe        85.8%
Mideast        4.3%
S. Asia       10.2%
Oceania       -1.1%
America        1.2%
Africa        -0.4%
E. Asia       -0.3%


Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #66 : 05 Февраль 2010, 18:05:28 »
Михаил, а почему они нехорошие? Чем это выражается?
Выражается это в том, что если УПС попадает на этот участок, то предикт от РФ может быть слишком оптимистичным.
То есть, допустим, Вы с кем-то имеете УПС именно в этой зоне и РФ вас определяет как 7-юродных братьев. А на деле вы 15-16 юродные.
Ну, или что-то вроде того.
Правда, я не до конца уверен в собственных выводах.  :-[

В отличие от Михаила, я бы не стал настаивать на том, что это "нехорошие" (в генеалогическом смысле)
сегменты. Скорее даже, наоборот - теоретически наличие УПСа в этом сегменте усиливает его генеалогическую ценность, особенно если он имеется с лицами, чьи предки заведомо проживали вдали от региона Ваших предков. То есть в этом случае, коллапс родословной (или смещение генеалогического родства как результа схождения нескольких генеалогических линий в одну генетическую) можно смело исключить. Кроме того, если УПС длинный и сегмент с высокой частотой рекомбинации, то можно предположить, что Ваши предки и предки "кузена" проживали на одной территории в генеалогически обозримом прошлом
О влиянии на конкретную степень родства мне трудно что-либо сказать. В конце концов, по-любому вероятность имеет общего предка гораздо выше в 13-15 поколении, чем в 8

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1423
  • Страна: ca
  • Рейтинг +147/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #67 : 05 Февраль 2010, 19:53:10 »
Эээх, не дотянул я до Justin Loe, не сдюжил на сей раз, извините уж:

Total autosomal (Chr 1-22):   67.767 % (379759 of 560386 SNPs) are homozygous, 1234 No-Calls

no ROH > 300 SNPs
1 ROH = 300 SNPs
10 ROH > 200 SMPs
589 ROH > 50 SNPs

У Вас предки были разных этнических популяций?


на начало 20 века - по паспортам и самоидентификации прадедов, я:
на 5/8 - русский (2 прадеда, 2 прабабки по матери - из глубинки Владимирской области)
на 3/8 - удмурт (2 прадеда, 1 прабабка по отцу - из глубинки Удмуртии, считали себя удмуртами, 1 прабабка - русская).
Это если прадеды-прабабки по отцу - настоящие (Есть вероятность, отличная от нуля, что реальные родители отца - не те).

Потом как мы знаем - русский - слишком общее понятие. Именно по материнской линии у меня фтдна показывает сплошное ашкеназское родство. Может, также (по самоидентификации некоторых предков) болгарское, или татарское, или ещё какое (если можно разделять эти этносы, бывшие одним целым 1000 лет назад). Были купцы с одной сторноы и усыновлённые с другой - и в 19 веке. Скорее всего есть татары и/или чуваши. Поволжье, Ока, прикамье - богатые на этносы регионы. Опять же надо копать. Я только начинаю это дело.

Гетерозиготность могла прийти с любой из ветвей - из более глубоких уровней.

(Всё-таки интересно заниматься генетическими анализами, что даёт реальные знания: если в 20 веке я был русским, в начале 21 века считал себя со всех сторон угро-финном, то после более глубоких ген. анализов и раскапывания родословных - могу быть какой угодно смесью!)
« Последнее редактирование: 05 Февраль 2010, 22:27:19 от Anode »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #68 : 05 Февраль 2010, 21:12:36 »
Простой точечный график (соотношение общего процента гомозиготности и количества ROH)


Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #69 : 05 Февраль 2010, 21:14:25 »
Видно, что основной разброс идет именно по числу ROH.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #70 : 05 Февраль 2010, 21:59:28 »
Зачем?
Там же обычная гипербола получается.
И даже формулу получить можно для каждого количества ROH по-отдельности.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #71 : 05 Февраль 2010, 22:33:21 »
Зачем?
Там же обычная гипербола получается.
И даже формулу получить можно для каждого количества ROH по-отдельности.

В смысле? То есть есть закономерность между числом ROH и процентом гомозиготности?
Я что-то ее не вижу.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #72 : 05 Февраль 2010, 22:43:52 »
Дайте цифирки, посчитаю.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #73 : 05 Февраль 2010, 22:52:59 »
Дайте цифирки, посчитаю.

См. список на предыдущей странице

Оффлайн Yulita

  • Сообщений: 884
  • Страна: ua
  • Рейтинг +177/-0
  • Стоя в кругу ко всем лицом не будешь...
  • Y-ДНК: R1a1a1 (M417) - дедушка по папе
  • мтДНК: U5a1 - я; K1a1b1a - бабушка по папе; H1c - прабабушка по папе
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #74 : 03 Март 2010, 23:29:55 »
Пыталась сегодня красиво прицепить очередного родственника на дерево и, после N-ного чертыхания, вспомнилась данная тема :)
Как вам такой вот пример смешивания предковых линий даже не на одной территории, а в пределах одной фамилии?
« Последнее редактирование: 03 Март 2010, 23:51:09 от Yulita »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.