АвторТема: Анализ однородности генома  (Прочитано 22941 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33287
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2686/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #30 : 04 Февраль 2010, 21:16:33 »
Овод, то есть нет места в моем организме турчанке, привезенной с Русско-турецкой войны... или она не противоречит этому "этническому фону"...
По моему дилетантскому мнению, результат зависит от поколенной удаленности.
У меня смешение этносов идет уже во втором поколении (на уровне родителей), а у тебя, со времен турчанки, прошло несколько поколений, которые успели этнически "породниться" и стать почти одним общим.
Если бы были результаты моего дедушки, вот тогда бы у него, с большой вероятностью, был бы очень высокий процент гомозиготности, потому как минимум 300 лет его предки жили на одном месте и успели очень сильно между собой "перемешаться".
Надеюсь, я не полную ахинею написала? :)
Совершенно правильное понимание: в замкнутом ареале, или социуме процент гомозиготности выше.
Вот бы упомянутых на форуме жителей Питкэрна протестировать. Что там говорили? 6 мужчин и 13 женщин находились у истоков популяции?

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1386/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #31 : 04 Февраль 2010, 21:53:36 »
Выходит, что так.
 
Посчитать очень просто: на глубине N поколений у тебя было 2 в степени N предков. Все они имели свой генофон. То есть, в 10 поколениях это 1024 человека (с учётом "дупликатов", которых нужно посчитать по числу пересечений.
 
Так вот: если 500 человек от матери и 500 от отца имеют больше пересечений по географии, чем отличий - гомозиготность высока, иначе - низка.
 
А что значит одна турчанка на 5 поколениях? всего лишь 1/64 часть генома. Против остальных 63/64 которые - из Российской Империи. Но это - фон, а не гены. А по родству - вполне могло от неё достаться с полсотни генов (не путать с УПСами). Которых вполне достаточно, чтобы они отразились в фенотипе, то есть - на твоей физиономии тоже.

Это моя история...

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #32 : 04 Февраль 2010, 22:10:46 »
Овод, то есть нет места в моем организме турчанке, привезенной с Русско-турецкой войны... или она не противоречит этому "этническому фону"...
По моему дилетантскому мнению, результат зависит от поколенной удаленности.
У меня смешение этносов идет уже во втором поколении (на уровне родителей), а у тебя, со времен турчанки, прошло несколько поколений, которые успели этнически "породниться" и стать почти одним общим.
Если бы были результаты моего дедушки, вот тогда бы у него, с большой вероятностью, был бы очень высокий процент гомозиготности, потому как минимум 300 лет его предки жили на одном месте и успели очень сильно между собой "перемешаться".
Надеюсь, я не полную ахинею написала? :)

Все правильно, у Вас просто более "разнообразные" в этнопопуляционном смысле "предковые линии". Интересно, что более низкий процент гомозиготности и у Justin Loe с 23ия (у него с одной стороны анлосаксы и вроды французы, с другой -ашкенази из Гродненской губернии).

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #33 : 04 Февраль 2010, 22:22:17 »
Для сравнения общие результаты


% homozygous:
Mamuanyi = 64.666%
Muanetu: 66.556%
hamasen1: 67.121%
DMXX: 67.658%
warwick (Justin Loe): 67.721%
gbookhammer: 67.761%
Yulita:           67.876 %
warwick's sister: 68.104%
Raymond T. Wing: 68.120%
дядя тати'и:          68.125 %
Vadim Verenich: 68.144%
warwick's paternal aunt: 68.163%
jewett: 68.180%
Ilmari: 68.190%
Ilmari's mother: 68.198%
Ilmari's paternal cousin: 68.222%
R. Walker's brother: 68.226
alfatvcom:     68.239 %
jewett's mother: 68.243 %
Drouhin's uncle: 68.252%
мама тати'и: 68.432 %
R. Walker: 68.267 %
mikej2: 68.274%
Tregowath: 68.317%
warwick's mother: 68.316%
Calamus's mother: 68.322%
MMaddi: 68.327 % [Southern Italian]
Ilmari's Irish / French friend: 68.357 %
Drouhin's father: 68.368%
Drouhin: 68.438%
Reed: 68.462%
Calamus: 68.469%
Parma's mother: 68.553%
mouglley: 68.575%
rogers5858: 68.616 %
Parma: 68.687%
Calamus's father: 68.768%
Parma's father: 68.793%
fjnj: 71.639%

# ROH > 200 snps
Mamuanyi: 1 ROH
jewett: 2 ROH
warwick: 3 ROH
warwick's sister: 3 ROH
DMXX: 3 ROH
warwick's mother: 4 ROH [Italian/Jewish]
hamasen1: 4 ROH
gbookhammer: 4 ROH
alfatvcom ROH: 4
Drouhin's father: 5 ROH
jewett's mother: 5 ROH
татия ROH:5
alfatvcom ROH: 4
rogers5858: 5 ROH
mouglley: 6 ROH Russian/Ukrainian/Polish
Tregowath: 7 ROH
fjnj:: 7 ROH
warwick's paternal aunt: 8 ROH [English/Scottish/French]
mikej2: 8 ROH [Finnish]
Drouhin's uncle: 8 ROH
R. Walker: 8 ROH
дядя тати ROH:8
Raymond T. Wing: 9 ROH
Vadim Verenich: 9 ROH [paternal: Byelorussian with Polish-Ukrainian admixture, maternal: - Byelorussian with Polish and perhaps German admixture}
Ilmari's Irish / French friend: 10 ROH
Drouhin: 10 ROH
Ilmari: 11 ROH [Finnish]
Reed: 12 ROH
мама тати'и ROH:13
Ilmari's mother: 14 ROH [Finnish]
Parma: 15 [Finnish]
Calamus's father: 16 ROH [Norwegian]
Parma's father: 16 [Finnish]
Ilmari's paternal cousin: 17 ROH [Finnish]
Calamus: 18 ROH [Norwegian]
Calamus's mother: 18 ROH [Norwegian]
Parma's mother: 24 [Finnish]
« Последнее редактирование: 04 Февраль 2010, 22:34:25 от Vadim Verenich »

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7934
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #34 : 04 Февраль 2010, 22:31:17 »
 Получилось:
« Последнее редактирование: 04 Февраль 2010, 23:13:44 от mouglley »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #35 : 04 Февраль 2010, 22:36:04 »
Похоже татия, что у Вашей мамы предки веками, если не тысячелетиями,роднились внутри небольшой по географическим размерам популяции.

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5079
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #36 : 04 Февраль 2010, 22:41:04 »
Похоже татия, что у Вашей мамы предки веками, если не тысячелетиями,роднились внутри небольшой по географическим размерам популяции.

"Небольшая" - это по Вашему предположению - сколько?

Все: надо срочно брать тест у представительницы женской линии маминого отца, будет очень интересно.

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5079
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #37 : 04 Февраль 2010, 22:46:44 »
Мама дорогая! А Маугли все время цифры меняет! Там уже больше.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7934
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #38 : 04 Февраль 2010, 22:49:06 »
Уф, закончил менять.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #39 : 04 Февраль 2010, 22:53:39 »
Уф, закончил менять.

Что-то у всех какие-то цифры, практически одинаковые. Что, все в одном инкубаторе вылупились?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #40 : 04 Февраль 2010, 22:53:57 »
Вполне соответствует тому, что Вы сообщили о своих предках по матери.

Цитировать
В первом случае речь об однодворцах округи верст в 30-ть, в среде которых с 17 века было принято жениться на женщинах своего круга и в своей округе.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #41 : 04 Февраль 2010, 22:55:45 »
Меня интересует вопрос, какого рода зависимость между количеством ROH и процентом гомозиготности. Это можно увидеть даже на простом графике в Экселе.

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5079
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #42 : 04 Февраль 2010, 22:59:44 »
Вполне соответсвует тому, что Вы сообщили о своих предках по матери.

Цитировать
В первом случае речь об однодворцах округи верст в 30-ть, в среде которых с 17 века было принято жениться на женщинах своего круга и в своей округе.

Вадим, они там только с 17 века вместе толпились. Если речь о тысячелетии - это по меньшей мере
значит, что в той округе целая орава людей пришли служить московскому царю из Восточной Польши...
Да и в Польше долгонько сидели в одной округе...

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #43 : 04 Февраль 2010, 23:03:02 »
Тем не менее, по списку видно, что у Ваших материнских предков были такие же матримониальные стратегии, что и в удаленных финнских и норвежских популяциях.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7934
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #44 : 04 Февраль 2010, 23:05:54 »
Пока я вижу наибольшее влияние на гомозиготность X-хромосомы, чем все аутосомы вместе взятые.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100