АвторТема: Анализ однородности генома  (Прочитано 23225 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #15 : 04 Февраль 2010, 15:05:17 »
homozygous:

Yulita:           67.876 %
татиа:          68.125 %
alfatvcom:     68.239 %
мама тати'и: 68.432 %
mouglley:      68.575%
« Последнее редактирование: 04 Февраль 2010, 15:32:57 от mouglley »

Оффлайн Yulita

  • Сообщений: 917
  • Страна: ua
  • Рейтинг +163/-0
  • Стоя в кругу ко всем лицом не будешь...
  • Y-ДНК: R1a1a* (M17) - дедушка по папе
  • мтДНК: U5a1 - я; K1a1b1a - бабушка по папе; H1c - прабабушка по папе
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #16 : 04 Февраль 2010, 15:15:36 »
homozygous:
татиа:          68.125 %
Мне кажется, что это все-таки не татия, а ее дядя :)

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #17 : 04 Февраль 2010, 15:34:27 »
Ох, и хорошо накушался, похоже.


homozygous:

Yulita:           67.876 %
дядя тати'и:          68.125 %
alfatvcom:     68.239 %
мама тати'и: 68.432 %
mouglley:      68.575%

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5070
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #18 : 04 Февраль 2010, 17:15:10 »
mouglley   ;D ОГРОМНОЕ СПАСИБО!
Только, если Вы будете не против, я бы и себя чуть позже опубликовала...

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5070
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #19 : 04 Февраль 2010, 17:31:14 »
Милый Маугли, а вот и я  :D...

Chr  6 has a ROH of length  221 from position  28358892 to position  29463127 (1.10 Mb)
Chr  6 has a ROH of length  877 from position  29682610 to position  31390117 (1.71 Mb)
Chr  7 has a ROH of length  366 from position  37943641 to position  39272119 (1.33 Mb)
Chr  8 has a ROH of length  347 from position 119754833 to position 121248917 (1.49 Mb)
Chr 13 has a ROH of length  331 from position  80125467 to position  82192196 (2.07 Mb)
Chr  Y has a ROH of length 1921 from position   2715180 to position  57441719 (54.73 Mb)
Chr  Y has a No-Call run of length 1921 from position   2715180 to position  57441719 (54726.54 Kb)


Chr  X:  70.280 % ( 9752 of 13876 SNPs) are homozygous,  80 No-Calls
Chr  Y:   1921 SNPs, 1921 No-Calls
mtDNA :   2154 SNPs,  59 No-Calls

Total autosomal (Chr 1-22):   68.704 % (385006 of 560386 SNPs) are homozygous, 4919 No-Calls

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #20 : 04 Февраль 2010, 17:32:28 »
Очень интересные результаты анализа гомозиготности, особенно то, что и у близких родственников в основном непересекающиеся участки гомозиготных аллелей.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #21 : 04 Февраль 2010, 17:39:20 »
Один участок на 6 хромосоме у Вас практически совпадает с матерью по длине.
Еще у Вас есть ROH на 13 хромосоме, которого нет у протестированных родственников.

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5070
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #22 : 04 Февраль 2010, 18:28:57 »
Один участок на 6 хромосоме у Вас практически совпадает с матерью по длине.
Еще у Вас есть ROH на 13 хромосоме, которого нет у протестированных родственников.

Дорогой Вадим, извините за несообразительность: а какие из этого можно сделать выводы и могут ли они быть полезны для моих поисков?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #23 : 04 Февраль 2010, 18:37:52 »
Один участок на 6 хромосоме у Вас практически совпадает с матерью по длине.
Еще у Вас есть ROH на 13 хромосоме, которого нет у протестированных родственников.

Дорогой Вадим, извините за несообразительность: а какие из этого можно сделать выводы и могут ли они быть полезны для моих поисков?

Пока трудно сказать что-то конкретное.
Ясно пока только то, что чем меньше процент гомозиготности, тем более вероятно наличие в Вашей родословной примеси разных по генофонду этнопопуляционных сообщности (ср. например Ваши результаты и результаты Юлиты). 

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5070
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #24 : 04 Февраль 2010, 19:10:03 »
Вадим, а вот например, такая информация.

В семье матери на протяжении 18 и 19 века (по крайней мере) трижды женились друг на друге представители двух фамилий, каждая из которых происходила от одного предка. Имею в виду Панковых и Есковых.

В семье отца в 19 веке (по крайней мере) представители одной славной козацкой фамилии выдали дочь за ее двоюродного брата с той же самой фамилией.

В первом случае речь об однодворцах округи верст в 30-ть, в среде которых с 17 века было принято жениться на женщинах своего круга и в своей округе.

Во втором случае, речь о семействах козаков и посполитых, в которых женились и выходили замуж с 17 века за жителей трех, максимум трех-четырех окрестных деревень.

Впрочем... все это мне совершенно не объясняет, почему я демонстрирую более высокую гомозиготность, чем мама и дядя...  :) И вообще побила вас всех по гомозиготности, прости меня Господи!

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #25 : 04 Февраль 2010, 19:23:06 »
Цитировать
Впрочем... все это мне совершенно не объясняет, почему я демонстрирую более высокую гомозиготность, чем мама и дядя...  :) И вообще побила вас всех по гомозиготности, прости меня Господи!

Гомозиготность практически не имеет отношения к родству. Хотя дальнородственные браки и увеличат её, но ненамного. Близкородственные - сильнее.
 
Но сновное, что высокая ГЗ показывет, что этнический фон последних 10 поколений как со стороны отца, так и по матери - совпадает. То есть - отец и мать из одной геоэтнической  "колоды". Западом Российской Империи раньше звалась. От Курска до Варшавы.

 
« Последнее редактирование: 04 Февраль 2010, 21:00:28 от Овод »

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5070
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #26 : 04 Февраль 2010, 20:55:34 »
Овод, то есть нет места в моем организме турчанке, привезенной с Русско-турецкой войны... или она не противоречит этому "этническому фону"...

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #27 : 04 Февраль 2010, 21:01:12 »
Выходит, что так.
 
Посчитать очень просто: на глубине N поколений у тебя было 2 в степени N предков. Все они имели свой генофон. То есть, в 10 поколениях это 1024 человека (с учётом "дупликатов", которых нужно посчитать по числу пересечений.
 
Так вот: если 500 человек от матери и 500 от отца имеют больше пересечений по географии, чем отличий - гомозиготность высока, иначе - низка.
 
А что значит одна турчанка на 5 поколениях? всего лишь 1/64 часть генома. Против остальных 63/64 которые - из Российской Империи. Но это - фон, а не гены. А по родству - вполне могло от неё достаться с полсотни генов (не путать с УПСами). Которых вполне достаточно, чтобы они отразились в фенотипе, то есть - на твоей физиономии тоже.
 
« Последнее редактирование: 04 Февраль 2010, 21:19:46 от Овод »

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5070
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #28 : 04 Февраль 2010, 21:10:34 »
Выходит, что так.

Чтож, подождем данных от профессора МакДональда.

Оффлайн Yulita

  • Сообщений: 917
  • Страна: ua
  • Рейтинг +163/-0
  • Стоя в кругу ко всем лицом не будешь...
  • Y-ДНК: R1a1a* (M17) - дедушка по папе
  • мтДНК: U5a1 - я; K1a1b1a - бабушка по папе; H1c - прабабушка по папе
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #29 : 04 Февраль 2010, 21:12:05 »
Овод, то есть нет места в моем организме турчанке, привезенной с Русско-турецкой войны... или она не противоречит этому "этническому фону"...
По моему дилетантскому мнению, результат зависит от поколенной удаленности.
У меня смешение этносов идет уже во втором поколении (на уровне родителей), а у тебя, со времен турчанки, прошло несколько поколений, которые успели этнически "породниться" и стать почти одним общим.
Если бы были результаты моего дедушки, вот тогда бы у него, с большой вероятностью, был бы очень высокий процент гомозиготности, потому как минимум 300 лет его предки жили на одном месте и успели очень сильно между собой "перемешаться".
Надеюсь, я не полную ахинею написала? :)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100