АвторТема: Анализ однородности генома  (Прочитано 23240 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Анализ однородности генома
« : 19 Январь 2010, 11:23:07 »
Есть такая утилита:
http://www.math.mun....apike/23roh.php  (must use Firefox 3.6 beta or IE 7)

Определяет, насколько снипы в ваших двойных хромосомах одинаковы.

У меня:

635 ROH>50 SNPs                                     
 
6 ROH >200 SNPs                                     

1 ROH>500:
1 ROH Chr 8 has a ROH of length 560 from position 41833519 to position  51339189 (9.51 Mb)                                     

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #1 : 03 Февраль 2010, 18:28:08 »
Жалко, что это сообщение никто не заметил.
На самом деле анализ гомозиготности -очень важный анализ для понимания явления, которое Митч называет  схождением линий (в научном слэнге - коллапс родословной). Считается, что повышение степени гомозиготности у потомков - это прямое следствие имбридинга. Поскольку судя по моей родословной с отцовской стороны у меня есть основания полагать наличие коллапса родословной (резкого схождения предковых линий на глубине, 13-14 поколения, то этот инструмент позволил мне вычислить сегменты хромосом, с высокой степенью вероятности доставшиеся мне от общих предков отца и матери (некоего генного фона общего как для западной и южной Белоруси с относительно низкой частотой рекомбинации). Теоретически совпадения в РелФ-ндере по этом региону могут свидетельствовать о наличие предка в регионе пограничья Польши-Беларуси в интервале до двух-трех тысяч лет.

2   221   135002148   136596944   1,59
4   282   131849410   134183833   2,33
5   266   43652877   49993978   6,43
5   430   56964132   58658855   1,69
7   207   38340056   39089690   0,75
9   228   81803590   82645687   0,84
11   301   80909584   82032249   1,12
17   205   38339209   39159510   0,82
20   211   29985593   31333951   1,35

Оффлайн Yulita

  • Сообщений: 917
  • Страна: ua
  • Рейтинг +163/-0
  • Стоя в кругу ко всем лицом не будешь...
  • Y-ДНК: R1a1a* (M17) - дедушка по папе
  • мтДНК: U5a1 - я; K1a1b1a - бабушка по папе; H1c - прабабушка по папе
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #2 : 03 Февраль 2010, 19:30:59 »
Вадим, у Вас получается довольно просто объяснять "чайникам".
Что, в моем случае, значат эти результаты?
Chr  2 has a ROH of length  272 from position  62497014 to position  64555586 (2.06 Mb)
Chr  9 has a ROH of length  311 from position  23958420 to position  25582151 (1.62 Mb)
Chr  9 has a ROH of length  282 from position 110119850 to position 111034543 (0.91 Mb)
Chr 12 has a ROH of length  201 from position  21065184 to position  21396583 (0.33 Mb)
Chr 16 has a ROH of length  249 from position  76515146 to position  77189295 (0.67 Mb)
Chr 22 has a ROH of length  270 from position  29331822 to position  30954064 (1.62 Mb)
Chr  Y has a ROH of length 1921 from position   2715180 to position  57441719 (54.73 Mb)
Chr  Y has a No-Call run of length 1921 from position   2715180 to position  57441719 (54726.54 Kb)


Chr  X:  67.138 % ( 9316 of 13876 SNPs) are homozygous,  27 No-Calls
Chr  Y:   1921 SNPs, 1921 No-Calls
mtDNA :   2154 SNPs,  32 No-Calls

Total autosomal (Chr 1-22):   67.876 % (380365 of 560386 SNPs) are homozygous, 1976 No-Calls
« Последнее редактирование: 04 Февраль 2010, 02:13:23 от Yulita »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #3 : 03 Февраль 2010, 21:38:06 »
Уважаемая Юлита,

У меня к Вам сразу вопрос - это Ваши данные? Просто у Вас там Y-хромосома засветилась, которой у Вас априори быть не может. И что показательно - она от начала до конца сплошь гомозиготна (что очевидно, так как там нет сдвоенных аллелей), поэтому программа приняла всю хромосому за один очень длинный участок длиной в 54Мб (то есть примерно 54 cM, по грубой прикидке 1Мб примерно равен 1 сM). Остальные участки гомозиготности у Вас длины интервалом от 0.33 сM до 2.06 сM (их конечно не мешало бы пересчитать в сантиморганы, так как в зависимости от участков хромосомы, частота рекомбинации может существенно варьироваться).

Но в принципе, эти фрагменты по аутосомным хромосомам достаточно древние, чтобы не заморачиваться на поиск общих по отцовской и материнской стороне предков (их длина не превышает общепопуляционного фона).

Что касается  процента гомозиготности, то он вплоне в пределах среднепопуляционного фона. Если в глубокой древности и был инбридинг, то в несущественной степени (у меня например он чуть выше среднего, но и это вполне объяснимо).
« Последнее редактирование: 03 Февраль 2010, 21:48:45 от Vadim Verenich »

Оффлайн Yulita

  • Сообщений: 917
  • Страна: ua
  • Рейтинг +163/-0
  • Стоя в кругу ко всем лицом не будешь...
  • Y-ДНК: R1a1a* (M17) - дедушка по папе
  • мтДНК: U5a1 - я; K1a1b1a - бабушка по папе; H1c - прабабушка по папе
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #4 : 03 Февраль 2010, 21:44:11 »
Данные мои, Y-хромосома тоже очень удивила, но я подумала, что программа так пытается просчитать данные, которых нет, а вторая строчка указывает на их отсутствие:
Chr  Y has a ROH of length 1921 from position   2715180 to position  57441719 (54.73 Mb)
Chr  Y has a No-Call run of length 1921 from position   2715180 to position  57441719 (54726.54 Kb)

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #5 : 03 Февраль 2010, 21:46:22 »
Не понял!

А откуда у Вас Y-хромосма?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #6 : 03 Февраль 2010, 21:47:06 »
Данные мои, Y-хромосома тоже очень удивила, но я подумала, что программа так пытается просчитать данные, которых нет, а вторая строчка указывает на их отсутствие:
Chr  Y has a ROH of length 1921 from position   2715180 to position  57441719 (54.73 Mb)
Chr  Y has a No-Call run of length 1921 from position   2715180 to position  57441719 (54726.54 Kb)
А, ну да. Действительно no-саll, т.е пропущенные значения :)
У меня такого не было, так как я засылал на тот сайт только X и аутосомные хромосомы.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #7 : 03 Февраль 2010, 21:47:45 »
Не понял!

А откуда у Вас Y-хромосма?

Я думаю, что это баг в программе. Она  (программа) не отличает мужчин от женщин.

Оффлайн Yulita

  • Сообщений: 917
  • Страна: ua
  • Рейтинг +163/-0
  • Стоя в кругу ко всем лицом не будешь...
  • Y-ДНК: R1a1a* (M17) - дедушка по папе
  • мтДНК: U5a1 - я; K1a1b1a - бабушка по папе; H1c - прабабушка по папе
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #8 : 03 Февраль 2010, 21:48:01 »
Не понял!

А откуда у Вас Y-хромосма?
Я бы это тоже хотела знать  :-\
Может, это баг программы?
Сейчас напишу Татии, пусть свои данные прогонит, посмотрим, что у нее покажет.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #9 : 03 Февраль 2010, 21:53:12 »
Что касается  процента гомозиготности, то он вплоне в пределах среднепопуляционного фона. Если в глубокой древности и был инбридинг, то в несущественной степени (у меня например он чуть выше среднего, но и это вполне объяснимо).
К тому же есть один общеизвестный факт - чем дальше популяция ушла от Африки, тем выше гомозиготность.

У южных европейцев в районе 66%.
У восточных славян - 68%.
У китайцев-японцев до 75% средняя по популяции.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #10 : 03 Февраль 2010, 22:14:15 »
Я вот еще что подумал. Ведь не факт, что все гомозиготные аллели образованы путем перекреста (кроссинговера) отцовской и материнской хромосом. Могло быть и так, что  гомозиготные аллели достались от отца или от матери без кроссинговера, в первоначальном состоянии. Тогда в моем случае, вышеуказанные мной участки могут указывать и на то, что гомозиготными были аллели у отца или матери. ПРи изучении своей родословной со стороны, выявлена однородность брачного пула.
Следовательно, высока вероятность, что именно эти участки достались мне от отца.
Характерно, что у меня в РФайндере нет совпаденцов по регионам, близким к этим ROH участкам.

Оффлайн alfatvcom

  • Сообщений: 133
  • Страна: 00
  • Рейтинг +20/-0
  • Y-ДНК: N1C1a1a1
  • мтДНК: HV0b'c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #11 : 04 Февраль 2010, 02:11:43 »
У меня только на 4 хромосомах участки больше 200.
Chr  4 has a ROH of length  232 from position  89506120 to position  90631757 (1.13 Mb)
Chr  6 has a ROH of length  253 from position  53469235 to position  54566950 (1.10 Mb)
Chr 16 has a ROH of length  206 from position  19209253 to position  20216716 (1.01 Mb)
Chr 20 has a ROH of length  219 from position  50065209 to position  51023941 (0.96 Mb)

Chr  X:  13876 SNPs, 256 No-Calls
Chr  Y:   1921 SNPs,  37 No-Calls
mtDNA :   2154 SNPs,  21 No-Calls

Total autosomal (Chr 1-22):   68.239 % (382402 of 560386 SNPs)

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5070
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #12 : 04 Февраль 2010, 08:37:59 »
У моей мамы лезет тот же баг, что и у Юли.
Буду признательна за коммент.

Chr  1 has a ROH of length  261 from position 202626220 to position 203671981 (1.05 Mb)
Chr  2 has a ROH of length  368 from position 136756254 to position 138434221 (1.68 Mb)
Chr  5 has a ROH of length  223 from position  44548826 to position  50198842 (5.65 Mb)
Chr  6 has a ROH of length  376 from position  28358892 to position  29839766 (1.48 Mb)
Chr  6 has a ROH of length  262 from position  30304834 to position  31040511 (0.74 Mb)
Chr  6 has a ROH of length  268 from position  47472916 to position  49263002 (1.79 Mb)
Chr  6 has a No-Call run of length 18 from position  79031111 to position  79098352 (67.24 Kb)
Chr  6 has a ROH of length  268 from position 106435369 to position 107416824 (0.98 Mb)
Chr  7 has a ROH of length  366 from position  37943641 to position  39272119 (1.33 Mb)
Chr  8 has a ROH of length  281 from position  62835575 to position  64218565 (1.38 Mb)
Chr  8 has a ROH of length  224 from position  71028133 to position  72404563 (1.38 Mb)
Chr 12 has a ROH of length  206 from position  21065184 to position  21414892 (0.35 Mb)
Chr  X has a ROH of length  233 from position  71483470 to position  77687501 (6.20 Mb)
Chr  Y has a ROH of length 1921 from position   2715180 to position  57441719 (54.73 Mb)
Chr  Y has a No-Call run of length 1921 from position   2715180 to position  57441719 (54726.54 Kb)


Chr  X:  69.890 % ( 9698 of 13876 SNPs) are homozygous,  82 No-Calls
Chr  Y:   1921 SNPs, 1921 No-Calls
mtDNA :   2154 SNPs,  59 No-Calls

Total autosomal (Chr 1-22):   68.432 % (383481 of 560386 SNPs) are homozygous, 5515 No-Calls
« Последнее редактирование: 04 Февраль 2010, 17:16:19 от татиа »

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #13 : 04 Февраль 2010, 08:54:41 »
homozygous:

Yulita 67.876 %
alfatvcom 68.239 %
татиа 68.432 %
mouglley: 68.575%
« Последнее редактирование: 04 Февраль 2010, 15:05:41 от mouglley »

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5070
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Анализ однородности генома
« Ответ #14 : 04 Февраль 2010, 13:41:15 »
А вот (благодаря любезности нашей Юлиты) и мой дядюшка...

Любезнейший, Маугли, в предыдущем посте не татиа, а ее мама рОдная ( :) )

Chr  6 has a ROH of length  465 from position  31434597 to position  32298598 (0.86 Mb)
Chr  6 has a ROH of length  421 from position  32299317 to position  32912392 (0.61 Mb)
Chr  7 has a ROH of length  222 from position  68376008 to position  69904451 (1.53 Mb)
Chr  8 has a ROH of length  202 from position 108611430 to position 109926576 (1.32 Mb)
Chr  9 has a ROH of length  201 from position 128501733 to position 129671340 (1.17 Mb)
Chr 15 has a ROH of length  261 from position  59632710 to position  60723242 (1.09 Mb)
Chr 16 has a ROH of length  366 from position  15956088 to position  17451248 (1.50 Mb)
Chr 20 has a ROH of length  228 from position   7127994 to position   8073220 (0.95 Mb)

Chr  X:  13876 SNPs, 430 No-Calls
Chr  Y:   1921 SNPs,  28 No-Calls
mtDNA :   2154 SNPs,  41 No-Calls

Total autosomal (Chr 1-22):   68.125 % (381763 of 560386 SNPs) are homozygous, 3321 No-Calls

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100