АвторТема: Sequencing.com  (Прочитано 236 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6243
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1111/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Sequencing.com
« : 26 Апрель 2019, 21:48:03 »
Прокомментируйте, пожалуйста, использование вот этого сервиса
https://sequencing.com/data/upload
(о нем говорится в сообщении выше).

Что стоит хранение?


UPD Тут целый магазин приложений по интерпретации
https://sequencing.com/apps/app-market

Оффлайн KetoDude

  • Сообщений: 15
  • Страна: us
  • Рейтинг +2/-0
Re: Sequencing.com
« Ответ #1 : 27 Апрель 2019, 23:02:14 »
Что стоит хранение?
Бесплатно. Причем можно делиться ссылкой на свои сырые данные.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6386
  • Страна: ru
  • Рейтинг +820/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Sequencing.com
« Ответ #2 : 28 Апрель 2019, 12:29:16 »
Прокомментируйте, пожалуйста, использование вот этого сервиса
https://sequencing.com/data/upload
(о нем говорится в сообщении выше).

Что стоит хранение?


UPD Тут целый магазин приложений по интерпретации
https://sequencing.com/apps/app-market
Нужно будет закачать туда данные.
Только вот скачивать софт не очень бы хотелось - надеюсь там онлайн интерпретации тоже будут доступны помимо бесплатного хранения.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6386
  • Страна: ru
  • Рейтинг +820/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Sequencing.com
« Ответ #3 : 29 Апрель 2019, 17:34:48 »
Загрузился на sequencing.com через аккаунт ФТДНА.
В итоге только один файл значить я в загруженных - почему то Y csv...
И одно приложение доступно, это athletic... Фигня какая-то.))

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 135
  • Рейтинг +89/-1
  • Y-ДНК: ЖМ: N1c-Z1939
Re: Sequencing.com
« Ответ #4 : 29 Апрель 2019, 21:05:11 »
Загрузился на sequencing.com через аккаунт ФТДНА.
В итоге только один файл значить я в загруженных - почему то Y csv...
И одно приложение доступно, это athletic... Фигня какая-то.))

Как Вы загрузились через аккаунт в ФТДНА? Я не вижу sequencing.com среди Partner Applications у ФТДНА. На странице sequencing.com есть логин через Googe/Gmail и Facebook, но не через ФТДНА.
Если регистрироваться там, то надо загружать все файлы самостоятельно.
По опыту - если грузить данные DanteLabs, то надо грузить их приложение BigYotta - связь с сервером может прерываться неоднократно при загрузке файла в 120 ГБ, а их приложение восстанавливает загрузку данных без перезагрузки с нуля.
Приложения доступны в зависимости от загруженных данных, загрузите данные DanteLabs или аутосомы с ФТДНА, будет доступно больше приложений.
Может стоит узучить сайт прежде, чем писать, что это
Цитировать
Фигня какая-то.))

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6386
  • Страна: ru
  • Рейтинг +820/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Sequencing.com
« Ответ #5 : 29 Апрель 2019, 21:23:19 »
Загрузился на sequencing.com через аккаунт ФТДНА.
В итоге только один файл значить я в загруженных - почему то Y csv...
И одно приложение доступно, это athletic... Фигня какая-то.))

Как Вы загрузились через аккаунт в ФТДНА? Я не вижу sequencing.com среди Partner Applications у ФТДНА. На странице sequencing.com есть логин через Googe/Gmail и Facebook, но не через ФТДНА.
Если регистрироваться там, то надо загружать все файлы самостоятельно.
По опыту - если грузить данные DanteLabs, то надо грузить их приложение BigYotta - связь с сервером может прерываться неоднократно при загрузке файла в 120 ГБ, а их приложение восстанавливает загрузку данных без перезагрузки с нуля.
Приложения доступны в зависимости от загруженных данных, загрузите данные DanteLabs или аутосомы с ФТДНА, будет доступно больше приложений.
Может стоит узучить сайт прежде, чем писать, что это
Цитировать
Фигня какая-то.))
Вот что написано прямо у них на сайте
Entering your Family Tree DNA credentials above will automatically and securely import a copy of your genetic data from Family Tree DNA to Sequencing.com.
Sequencing.com can automatically obtain your genetic data.
Simply enter your Family Tree DNA email and password below and we'll do the rest.

Как видите все ясно и понятно написано на этой странице
https://sequencing.com/data/upload
(сели справа нажать на FamilyTreeDNA)

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 135
  • Рейтинг +89/-1
  • Y-ДНК: ЖМ: N1c-Z1939
Re: Sequencing.com
« Ответ #6 : 29 Апрель 2019, 21:42:43 »
Загрузился на sequencing.com через аккаунт ФТДНА.
В итоге только один файл значить я в загруженных - почему то Y csv...
И одно приложение доступно, это athletic... Фигня какая-то.))

Как Вы загрузились через аккаунт в ФТДНА? Я не вижу sequencing.com среди Partner Applications у ФТДНА. На странице sequencing.com есть логин через Googe/Gmail и Facebook, но не через ФТДНА.
Если регистрироваться там, то надо загружать все файлы самостоятельно.
По опыту - если грузить данные DanteLabs, то надо грузить их приложение BigYotta - связь с сервером может прерываться неоднократно при загрузке файла в 120 ГБ, а их приложение восстанавливает загрузку данных без перезагрузки с нуля.
Приложения доступны в зависимости от загруженных данных, загрузите данные DanteLabs или аутосомы с ФТДНА, будет доступно больше приложений.
Может стоит узучить сайт прежде, чем писать, что это
Цитировать
Фигня какая-то.))
Вот что написано прямо у них на сайте
Entering your Family Tree DNA credentials above will automatically and securely import a copy of your genetic data from Family Tree DNA to Sequencing.com.
Sequencing.com can automatically obtain your genetic data.
Simply enter your Family Tree DNA email and password below and we'll do the rest.

Как видите все ясно и понятно написано на этой странице
https://sequencing.com/data/upload
(сели справа нажать на FamilyTreeDNA)

Да, сейчас нашел. Но тогда написано следующее:

You can now use your data with any app in our App Market. These apps will help you optimize and improve your life.

То есть, идти в Apps -> App Market и добавлять интересныв Вам приложения. Lactose Intolerance (непереносимость лактозы, молочного сахара) или Basic Wellness (основы здоровья?) доступны бесплатно.

Что касается файла CSV, то у меня загрузились аутосомные данные. В Data -> My files видно ....autosomalx....csv То, что можно использовать они загрузили.


Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6243
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1111/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Sequencing.com
« Ответ #7 : 09 Май 2019, 12:35:24 »
Загрузил свои данные с FTDNA.
Буду пробовать:)


Возник вот такой вопрос - заявка у этих ребят на "магазин интерпретаций".
YFull не думает на тем, чтобы сделать app-версию? Думаю, что за встраиваемыми приложениями по интерпретации большое будущее.
Даже здесь на форуме уже обсуждаем ряд поделок весьма несерьезного уровня, но платных. И желающих играться находится много.

По этому пути идет 23 и WeGene, только их экосистема закрыта или полузакрыта. А тут можно интерпретировать любые данные.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6243
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1111/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Sequencing.com
« Ответ #8 : 09 Май 2019, 12:54:31 »
Кстати, в приложениях попадаются весьма интересные штучки.
Например:

Цитировать
EvE v4 supports the following (please note that some functionality is only available in EvE Premium and EvE Premium Batch):
If a conversion is only possible in EvE Premium then this conversion will still appear in EvE Free but will not be able to be selected (it will appear as an 'inactive' selection).

FASTQ to gVCF and regular VCF (Supports both single end reads and paired-end reads)
FASTA to to gVCF and regular VCF (Supports both single end reads and paired-end reads)
FASTQ to BAM
FASTA to BAM
FASTQ to SAM
FASTA to SAM
SAM to FASTQ
BAM to FASTQ
BAM to gVCF (genome VCF) and regular VCF
SAM to gVCF (genome VCF) and regular VCF
SAM to BAM
BAM to SAM
BAM to SVG
BAM to CRAM
SAM to CRAM
CRAM to VCF
BED to VCF
VCF to WT (Wormtable)
GVF to VCF
gVCF (genome VCF) to VCF
Text region lists to VCF: When a region list is supplied then data for those regions will be extracted.
CSV to VCF (specific formatting required)
TXT to VCF (specific formatting required)
FASTA/ FASTQ/ SAM or BAM to Clinical plus VCF: This is Sequencing VCF format file that included calls and no calls data but excludes reference calls.
FASTA/ FASTQ/ SAM or BAM to annotated VCF file
FASTA/ FASTQ/ SAM/ BAM and VCF file to GVF: Supports converting  Genome Variation Format file
FASTA/ FASTQ/ SAM/ BAM and VCF to Wormtable format
Array to VCF: Converts a gene array file including 23andMe, Ancestry.com, Family Tree DNA and The Genographic Project (National Geographic) into a VCF file

https://sequencing.com/eve-free-dna-data-genome-data-conversion-analysis-app

Допустим есть интересные научные файлы в FASTQ, которые вы бы хотели забросить на YFull - вот конвертер. Но это пока в планах, сам не пробовал:)

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6243
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1111/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Sequencing.com
« Ответ #9 : 10 Май 2019, 09:42:27 »
Бесплатная конвертация BAM в VCF заняла 6 часов:)
С другой стороны, у нас же не "Формула", а "шахматы по переписке" - спешить некуда.


UPD Хитрость детектед. Бесплатное приложение работает один раз по одному файлу. Дальше - только с платным 7,99 доллара.
Короче - один запуск для одного файла 520 руб
« Последнее редактирование: 10 Май 2019, 13:04:40 от Шад »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100