mytrueancestry.com

[Arthwr]

Такие большие общие сегменты с дДНК?
К примеру: 14.13, 51.01 cM... (к примеру, с образцом Kievan Rus). Скорее всего, сегмент с 51 см приходится на центромеру, поэтому кажется таким большим?))

Набрёл в Антрогенике на ответ МТА по этому поводу:

"Happy to answer this seemingly frequent question
The first key is to focus on SNP length and not so much on cM. SNP length is the number of consecutive SNP markers where you share the same alleles with the sample (this is what drives cM directly). Mathematically, if you share 100 SNPs with the same alleles as an ancient sample this is of interest. If you share 200, even of more interest. Randomness will not cause these matches by pure simple probability.
In deep dive results, we let you adjust the min SNP length and cM size the same exact way gedmatch does so you can filter based on your needs.
By default we use very liberal settings to enable a large number of matches and let users then add filters to make it more stringent.
A low quality sample from ancient greece typically requires a very liberal setting of say minimum SNP length 60 / 1.5cM to have matches appear for the worst quality samples.
Whereas a high quality viking sample can have the setting adjusted to say 250 (From 60) to show interesting matches.
cM is just a number computed using the SNP length and chromosome size (Rather meaningless honestly unless you are comparing modern people - and even then its a factor of how inbred the 2 people may be).

Hope this clarifies, its all simple arithmetic

- The MTA Team"

[Srkz]

Такие большие общие сегменты с дДНК?
К примеру: 14.13, 51.01 cM... (к примеру, с образцом Kievan Rus). Скорее всего, сегмент с 51 см приходится на центромеру, поэтому кажется таким большим?))

Набрёл в Антрогенике на ответ МТА по этому поводу:

"Happy to answer this seemingly frequent question
The first key is to focus on SNP length and not so much on cM. SNP length is the number of consecutive SNP markers where you share the same alleles with the sample (this is what drives cM directly). Mathematically, if you share 100 SNPs with the same alleles as an ancient sample this is of interest. If you share 200, even of more interest. Randomness will not cause these matches by pure simple probability.
In deep dive results, we let you adjust the min SNP length and cM size the same exact way gedmatch does so you can filter based on your needs.
By default we use very liberal settings to enable a large number of matches and let users then add filters to make it more stringent.
A low quality sample from ancient greece typically requires a very liberal setting of say minimum SNP length 60 / 1.5cM to have matches appear for the worst quality samples.
Whereas a high quality viking sample can have the setting adjusted to say 250 (From 60) to show interesting matches.
cM is just a number computed using the SNP length and chromosome size (Rather meaningless honestly unless you are comparing modern people - and even then its a factor of how inbred the 2 people may be).

Hope this clarifies, its all simple arithmetic

- The MTA Team"

Спасибо за информацию А сколько получается общих снипов для сегмента 51 сМ с сунгирцем и других длинных (Андроново 38, скифы 31), есть возможность это посмотреть?

[Arthwr]

Спасибо за информацию А сколько получается общих снипов для сегмента 51 сМ с сунгирцем и других длинных (Андроново 38, скифы 31), есть возможность это посмотреть?

Сергей, там только две регулировки:
Min cM Length
Min SNP Length

По умолчанию стоит:
Min cM Length: 1.5
Min SNP Length: 60
То есть это минимум.

Максмум:
Min cM Length: 50.0
Min SNP Length: 500

Наибольший сегмент с Сунгирьцем в 59,96 сМ здесь пропадает начиная с Min SNP Length: 87.

Наибольший сегмент с Сунгирьцем в 59,93 сМ здесь пропадает начиная с Min SNP Length: 67.

Больше там ничего увидеть нельзя

[Arthwr]

А что там в статье про этого Skeleton Lake Alan Outlier Worshipper 830 AD I6944 ?

На МТА есть возможность посмотреть такое для Skeleton Lake Alan Outlier Worshipper 830 AD I6944:

Ближайшие к нему современные группы:
1. Avar (13.04)
2. Lak (13.05)
3. Tabassaran (13.11)
4. Lezgin (13.86)
5. Tadjik (14.49)
6. Pashtun (15.57)
7. Chechen (15.73)
8. Kumyk (16.80)

Подобные ему древние люди:
Armenia Bronze Age (1450 BC) (14.08)
Alan (485 AD) (14.44)
Alan (250 AD) (14.6)
Skeleton Lake Pathan Worshipper (830 AD) (14.79)
Medieval Iran (1450 AD) (14.97)

[Srkz]

Наибольший сегмент с Сунгирьцем в 59,96 сМ здесь пропадает начиная с Min SNP Length: 87.

Наибольший сегмент с Сунгирьцем в 59,93 сМ здесь пропадает начиная с Min SNP Length: 67.

Значит, это и есть длина в снипах. Совсем маленькое количество, особенно для такой длины, то есть плотность покрытия очень низкая. Я у себя выкидывал все сегменты меньше 150 снипов.

[Arthwr]

Наибольший сегмент с Сунгирьцем в 59,96 сМ здесь пропадает начиная с Min SNP Length: 87.

Наибольший сегмент с Сунгирьцем в 59,93 сМ здесь пропадает начиная с Min SNP Length: 67.

Значит, это и есть длина в снипах. Совсем маленькое количество, особенно для такой длины, то есть плотность покрытия очень низкая. Я у себя выкидывал все сегменты меньше 150 снипов.

При Min SNP Length: 150 такая картина по Сунгирьцу в первом и во втором случае:

1)

Kievan Rus
1130 AD
  Sunghir6
Total cM=31.6
Largest segment=17.87 cM (3 shared. Sample quality: 77) - Your raw DNA is 89% closer than other matching users

Chr. 17

7.03 cM

Chr. 18

6.69 cM

Chr. 20

17.87 cM

2)

Kievan Rus
1130 AD
  Sunghir6
Total cM=20.52
Largest segment=7.17 cM (3 shared. Sample quality: 77) - Your raw DNA is 89% closer than other matching users

Chr. 5

6.77 cM

Chr. 12

7.17 cM

Chr. 22

6.57 cM

[Srkz]

При Min SNP Length: 150 такая картина по Сунгирьцу в первом и во втором случае:

Ну уже какие-то более разумные цифры, но всё равно длины в сМ наверняка завышены из-за низкой плотности.

[kardes]

) картина ясная, одесса красная...


Your closest Ancient populations...
Cimmerian
Scythian + Cimmerian (10.94)
Sarmatian + Cimmerian (11.19)
Cimmerian (12.54)
Sarmatian (17.04)

Your closest Archaeogenetic matches...
(Smaller numbers mean closer matches to you)

1. Cimmerian Odessa (900 BC) ..... 12.54

2. [Hidden] - upgrade your account ..... 17.04

3. Early Sarmatian Russia (300 BC) ..... 17.55

4. [Hidden] - upgrade your account ..... 17.75

5. Iron Age Sarmatian (350 BC) ..... 18.0

6. [Hidden] - upgrade your account ..... 19.03

7. Iron Age Sarmatian (20 BC) ..... 19.2

8. [Hidden] - upgrade your account ..... 19.53

9. Scythian Ukraine (235 BC) ..... 20.3

10. [Hidden] - upgrade your account ..... 20.92

11. Sarmatian SW Russia (350 AD) ..... 21.37

12. [Hidden] - upgrade your account ..... 21.38

13. Urals Yamnaya Culture (4700 BC) ..... 21.61

14. [Hidden] - upgrade your account ..... 22.82

15. Hungary Iron Age (800 BC) ..... 23.04

16. [Hidden] - upgrade your account ..... 23.06

17. Early Sarmatian Russia (550 BC) ..... 23.43

18. [Hidden] - upgrade your account ..... 23.47

19. Early Sarmatian Russia (575 BC) ..... 23.92

20. [Hidden] - upgrade your account ..... 24.21

https://artcapital.trade/upload/tilda/2561641/img/1.png

Your closest genetic modern populations..
1. Nogay (22.38)
2. Moldavian (22.98)
3. Romanian (23.40)
4. Tabassaran (23.81)
5. Serbian (24.60)
6. Macedonian (24.76)
7. Bulgarian (25.43)
8. Lezgin (25.45)

https://seo-kontekst-reklama.ru/wp-content/uploads/2017/06/241c6563188b0f07fcf7e0f053fad857.png

[Tamu]

Папа- осетин, мама-русская. Верно, Kardes?

[Arthwr]

На МТА есть возможность посмотреть такое для Skeleton Lake Alan Outlier Worshipper 830 AD I6944:

Ближайшие к нему современные группы:

Подобные ему древние люди:

По некоторым другим образцам:

Kievan Rus (1130 AD) - Sunghir6

1. Southwest_Russian (6.223)
2. Estonian_Polish (6.383)
3. Ukrainian_Belgorod (6.642)
4. Polish (6.797)
5. Ukrainian (6.810)
6. Russian_Smolensk (6.900)
7. South_Polish (7.509)
8. Belorussian (7.756)

Avar (590 AD) (10.09)
Lithuania Late Bronze Age (905 BC) (10.1)
Avar (590 AD) (10.81)
Scythian Ukraine (600 BC) (12.3)
Viking Sweden (1100 AD) (12.89)

Kivutkalns Hill-fort Latvia (590 BC) - Kivutkalns215

1. Latvian (9.758)
2. Lithuanian (13.51)
3. Belorussian (17.97)
4. Estonian_Polish (18.58)
5. Southwest_Russian (20.03)
6. Russian_Smolensk (20.43)
7. Ukrainian_Belgorod (20.45)
8. Estonian (21.65)

Kivutkalns Hill-fort Latvia (560 BC) (3.151)
Balt Viking Sweden (1100 AD) (4.617)
Late Bronze Age Estonia (660 BC) (4.637)
Kivutkalns Hill-fort Latvia (560 BC) (5.439)
Latvia (500 BC) (5.528)

Alan (485 AD) - DA243

1. Chechen (8.074)
2. Lezgin (8.495)
3. Tabassaran (9.628)
4. Kabardin (10.42)
5. Cirkassian (11.09)
6. Kumyk (11.57)
7. Balkar (12.13)
8. Balkarian (12.38)

Bronze Age Armenia (1500 BC) (7.517)
Alan (250 AD) (7.759)
Copper Age Armenia (4000 BC) (8.217)
Armenia Bronze Age (1450 BC) (9.828)
Hellenic Seleucid Anatolia (165 BC) (13.29)

Alan (250 AD) - DA162

1. Cirkassian (7.061)
2. Balkarian (8.089)
3. Kumyk (8.487)
4. Kumyk (8.753)
5. Adygei (8.859)
6. Adygei (9.048)
7. Kabardinian (9.104)
8. Lezgin (9.146)

Armenia Bronze Age (1450 BC) (4.118)
Alan (485 AD) (7.759)
Bronze Age Armenia (1500 BC) (8.796)
Copper Age Armenia (4000 BC) (8.929)
Medieval Iran (1450 AD) (14.68)

Bronze Age Armenia (1500 BC) - Rise397

1. Turkish (19.33)
2. Italian_Abruzzo (20.11)
3. Central_Greek (21.11)
4. Azeri (21.93)
5. East_Sicilian (22.40)
6. Kumyk (22.60)
7. South_Italian (22.78)
8. Ashkenazi (23.52)

Pontic Greek (300 AD) (9.506)
Copper Age Armenia (4000 BC) (15.06)
Hellenic Seleucid Anatolia (165 BC) (16.85)
Hellenic Roman / Cretan (670 AD) (19.29)
Crusader Knight Tuscan / Lebanon (1250 AD) (20.75)

Cimmerian Odessa (900 BC) - cim358

1. Nogay (17.18)
2. Tadjik (18.79)
3. Tabassaran (20.98)
4. Afghan_Tadjik (22.75)
5. Kumyk (22.87)
6. Lezgin (23.03)
7. Afghan_Uzbeki (23.55)
8. Turkmen (23.58)

Early Sarmatian Russia (300 BC) (15.55)
Iron Age Sarmatian (20 BC) (16.16)
Sarmatian Russia (140 AD) (17.41)
Hunnic Tien Shan (30 BC) (17.73)
Iron Age Sarmatian (350 BC) (17.85)

[varang]

Наверняка, где-то тут обсуждалось уже, но спрошу - Archaic Matches на Гедматче - стоящая вещь?
У меня там 6-7 сМ  самые большие сегменты - это RISE98 Sweden и NE1 Hungary.

[Srkz]

Наверняка, где-то тут обсуждалось уже, но спрошу - Archaic Matches на Гедматче - стоящая вещь?
У меня там 6-7 сМ  самые большие сегменты - это RISE98 Sweden и NE1 Hungary.

Там противоположный вариант - не завышается длина сегмента, а занижается (если за стандарт брать сравнение между двумя современными геномами из коммерческой лаборатории). Чем хуже прочитан образец, тем сильнее занижение, а хорошо прочитанных там не так много. В основном, с ними и показывают длинные сегменты. NE1 практически идеально прочитан, то есть с ним результат по качеству можно приравнять к сравнению с современником.

[Arthwr]

Новая публикация: русские Брянщины.
https://ancientdnarelatives.blogspot.com/2019/09/mytrueancestry_5.html

Здесь Kivutkalns Hill-fort Latvia нет ни одного, действительно, дело не в Брянщине

[kardes]

Папа- осетин, мама-русская. Верно, Kardes?

http://forum.molgen.org/index.php/topic,9413.msg457348.html#msg457348
да, почти что, юкрэин етисанорда ногайла

[grimsvotn]

Новая публикация: русские Брянщины.
https://ancientdnarelatives.blogspot.com/2019/09/mytrueancestry_5.html

Здесь Kivutkalns Hill-fort Latvia нет ни одного, действительно, дело не в Брянщине

Большое спасибо!

Да, очень интересный расклад, совершенно иная картина, чем с другими сэмплами)))
Будто бы даже есть некая корреляция с игреком (I1-Y20842, скандинавская ветвь). Если бы это не звучало столь сказочно))