АвторТема: YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA  (Прочитано 17592 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн semen0753

  • Сообщений: 272
  • Страна: by
  • Рейтинг +135/-0
  • Y-DNA:R-Y42738 R1a1a1b1a2a2a1a2~(ISOGG)mtDNA:T2b4a
И у меня "все вернулось на круги своя", опять стало как в FTDNA : T2b4a*

Оффлайн Bakalavrr

  • Est. Europe 98%
  • Сообщений: 314
  • Страна: ru
  • Рейтинг +77/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP569 - Y188616
  • мтДНК: H5d
И у меня тоже вернулась H5d только * потеряла и количество представителей увеличилось с 7 до 20 :)

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 585
  • Страна: aq
  • Рейтинг +96/-0
У меня же всё по-старому, странное обозначение субклада a1a-a1a* :(
По всей видимости, должно пройти ещё 2 года, прежде чем появится конкретное обозначение субклада.

У меня изменения. Теперь результат вообще где-то посередине между субкладами :(
На удивление, но мой результат никак не могут отнести к какому-нибудь конкретному субкладу. В общем, просто загадка какая-то.

Оффлайн Виталий77

  • Однодворец ищущий свои корни
  • Сообщений: 1435
  • Страна: ru
  • Рейтинг +423/-0
  • FTDNA: 297613
  • Y-ДНК: R1a-A7015
  • мтДНК: H13a1a1c
Добрый день!
Вопрос: можно будет как-то к номеру в YFull добавить номер под которым он числится в GenBank?

Оффлайн MCB

  • Сообщений: 70
  • Страна: 00
  • Рейтинг +39/-1
А из БАМ-файла вы извлекаете информацию по мтДНК? У меня Y вроде по первой обработалась и на показалась в правильном месте древа, а про мтДНК ни емейла, ничего

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37269
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3686/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
А из БАМ-файла вы извлекаете информацию по мтДНК? У меня Y вроде по первой обработалась и на показалась в правильном месте древа, а про мтДНК ни емейла, ничего

Сдаётся мне, за мито надо платить отдельно.
Опять делаю отсыл к этой ветке. Вопрос про мито уже задавал.

:)

Оффлайн MCB

  • Сообщений: 70
  • Страна: 00
  • Рейтинг +39/-1
А из БАМ-файла вы извлекаете информацию по мтДНК? У меня Y вроде по первой обработалась и на показалась в правильном месте древа, а про мтДНК ни емейла, ничего
Сдаётся мне, за мито надо платить отдельно.
Нет, сказано было - оплата вместе за оба анализа:
Стоимость анализа мито и игрека одного человека остается прежней, 49 долларов.
И все равно мне еще никакого счета не пришло. А вот как сделать так, чтобы анализ мтДНК тоже пошел, хоть убей не пойму. Неужели два раза один и тот же файл предъявлять к анализу?

Upd: послал тот же бам-файл еще раз, на страничке https://www.yfull.com/orderm/ (с буквочкой "м"). Может, теперь сдвинется?

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5472
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2842/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
А из БАМ-файла вы извлекаете информацию по мтДНК? У меня Y вроде по первой обработалась и на показалась в правильном месте древа, а про мтДНК ни емейла, ничего
mtDNA будет обработано автоматически в течении часа после оплаты Y. Повторно посылать файл не нужно.

Оффлайн guanchzhou

  • Сообщений: 3
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: N-Y28526
  • мтДНК: K1c1c
А из БАМ-файла вы извлекаете информацию по мтДНК? У меня Y вроде по первой обработалась и на показалась в правильном месте древа, а про мтДНК ни емейла, ничего
mtDNA будет обработано автоматически в течении часа после оплаты Y. Повторно посылать файл не нужно.

А если в том BAM что я в YFull отправил ещё нет mtDNA? ещё раз файл надо отправить или отдельно можно как-то подгрузить? На странице https://www.yfull.com/mt-upload-list/ кроме названия нет никаких активных элементов. Или это только после релиза новой версии (кстати, когда примерно?) и оплаты анализа Y-DNA?

Оффлайн AppS

  • Свідок ДНК 47 рівня
  • Сообщений: 4079
  • Страна: ua
  • Рейтинг +724/-2
  • R1a1a (P278.2*) / U5a1b1c
    • ДНК родословные исследования Чернигов-Нежин
У меня такой вопрос по мито.
С YDNA обычно все ясно, что вот есть результат, например, R1a1a1b, а если встретим просто R1a, то это будет просто недотипированный результат и нужно наращивать маркеры, делать снипы, BiGY, Yfull и прочее.
По mtFull - сиквенс полный, вроде как должно быть протипировано по максимуму? Но все равно есть на дереве FTDNA U5a1b1c и рядом U5a1b1c1 и U5a1b1c2 и у всех полное мито. Как это может быть?
И даст ли YFull что-то новое для этого "недотипированного" U5a1b1c?

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 264
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
По mtFull - сиквенс полный, вроде как должно быть протипировано по максимуму?
И даст ли YFull что-то новое для этого "недотипированного" U5a1b1c?
mtFull FTDNA не гарантирует полное прочтение, скачайте FASTA файл и поищите букву N в нём (непрочтённый элемент).
У меня, например, есть. ;D

U5a1b1c - это полный вариант.
Это может быть, потому что скорость мутаций маленькая, сейчас могут жить люди с гаплогруппами 5000 летней давности (может + несколько приватов).
Там же куча сервисов для показа гаплогруппы, даже с вероятностями, попробуйте все и посмотрите (тот же mtDNA-Server).

А про митодерево yFull - ничего не даст, сейчас yFull не учитывает практически ничего. В процессе разработки еще (under construction).
Даже совпаденцев оно берет просто с дерева, кажется, совсем не учитывая разницу в "приватных" отличиях. То есть на FTDNA можно увидеть "генетическую" разницу хотя бы, а на yfull сейчас этого нет.
Причём насколько помню - было одно время (возрастом), потом убрали, так что может когда починят, вернут. А сейчас если вы окажетесь где-нибудь под https://yfull.com/mtree/H1/ - вообще ничего понятно не будет.

Я вот такое залил на YFull, чтобы оно показало точнее гаплогруппу.


Сервисы предсказывали H1e или H1-16189C (как раз 16189C комментируется как обратная мутация, H1-16189C is beholden to a back mutation, making it neither truly H1, nor any of its children clades).
Не помогло, просто сказало H1e. :)

Последнее дерево пересчитывалось в сентябре, может после следующего пересчёта что-то лучше будет. По крайней мере число элементов Not in MTree должно уменьшиться.
« Последнее редактирование: 07 Январь 2020, 14:36:17 от mdn »

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
mtFull FTDNA не гарантирует полное прочтение, скачайте FASTA файл и поищите букву N в нём (непрочтённый элемент).
У меня, например, есть. ;D
"N" относится к гетероплазмии.

Говорит о том, что встречаются все 4 варианта нуклеотида:
https://www.familytreedna.com/learn/mtdna-testing/heteroplasmy-nomenclature/

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37269
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3686/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
У меня тоже гетероплазмия в T16093Y.
ФТДНА считает её, как полноценную мутацию по отношению к моим маме и сестре.
Валерий же говорит, что за мутацию её полагать не стоит. Что на мой взгляд гораздо логичнее.

Но это важный нюанс. Вон и Николая Второго - смогли атрибутировать.

Думается неплохо было бы иметь опцию выбора. С учётом гетероплазмии. И без.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
FTDNA при определении гетероплазмий учитывает нуклеотиды с количеством прочтений от 20%:
https://dna-explained.com/category/mitochondrial-dna/page/2/
https://debbiewayne.com/presentations/dna/QuickRef___DNA_mt_.pdf

Если у одного родственника гетероплазмия определена, а у другого нет, то у второго могло быть (необязательно) пограничное количество прочтений. Это можно понять, только посмотрев BAM. Жаль, что FTDNA его не предоставляет.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
У меня тоже гетероплазмия в T16093Y.
ФТДНА считает её, как полноценную мутацию по отношению к моим маме и сестре.
Валерий же говорит, что за мутацию её полагать не стоит. Что на мой взгляд гораздо логичнее.
Тоже считаю спорным увеличение генетической дистанции на единицу в связи с гетероплазмией. Тем более, нет данных о ее выраженности. В случае двух нуклеотидов - 80/20 или 50/50?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100