АвторТема: YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA  (Прочитано 9410 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 367
  • Страна: ru
  • Рейтинг +247/-0
Не, ну полный атас какой-то около JT https://yfull.com/mtree/JT/ -
сама JT ранее кроме упомянутого ныне в дереве A11251G определялась ещё и снипом C15452A -
он есть у всех, кто в неё (JT) входит (и ниже). А сейчас его там в дереве просто нет.

Аналогично, пропали снипы
G13708A (у гаплогруппы J)
T16126C (у гаплогруппы JT)
T16223C (у гаплогруппы R)
Смущает-то то, что у научных образцов, которые внутри них - соответствующий снип присутствует (проверил, правда, выборочно вручную).

Как будто дерево выложено посередине перестроения или где-то внутри попались плохо секвенированные образцы и внесли смуту.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 367
  • Страна: ru
  • Рейтинг +247/-0
Кажется, я понял - дерево выбил образец KC763401. Про него ещё в 2014 Ian Logan писал, что в той партии образцов он сильно сомневается в качестве их секвенирования https://lists.rootsweb.com/hyperkitty/list/genealogy-dna.rootsweb.com/thread/455343/

Оффлайн TK

  • Сообщений: 367
  • Страна: ru
  • Рейтинг +247/-0
Подозреваю, что ошибки возникают и из-за качества коммерческих образцов (если расчёт идёт только про NGS без сангеровской FASTA). Так, как я писал ранее, меня смущало отсутствие снипа A13434G в определении гаплогруппы R2b2, а он там просто обязан быть! Теперь я понимаю, что это может быть связано с ошибкой в прочтении этого снипа у коммерческого YF07858.

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 513
  • Страна: by
  • Рейтинг +260/-1
  • Y-ДНК: R1a-Y2902* - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H* - Умань, Україна
Подозреваю, что ошибки возникают и из-за качества коммерческих образцов (если расчёт идёт только про NGS без сангеровской FASTA).

Я думаю вряд ли это проблема качества образцов, скорее дело в методологии.

Скажите пожалуйста, как скоро восстановится датировка ветвей на дереве мито-гаплогрупп?

Надежда на то что датировку убрали для улучшения методологии и она скоро вернётся! 

Оффлайн TK

  • Сообщений: 367
  • Страна: ru
  • Рейтинг +247/-0
В данном случае удаление этого образца (KC763401) вернет дерево в исходный вид. Стандартные алгоритмы - это лучший пока способ обсчета mtDNA. В будущем, я подозреваю, можно бы прибегать к чему-то типа нейронных сетей, но пока я не встречал таких работ.

Оффлайн Fenex33

  • Сообщений: 29
  • Страна: ru
  • Рейтинг +10/-0
  • Fenex
  • Y-ДНК: R-YP6049
  • мтДНК: T2b у отца H13b2
Похоже произошла существенная перетасовка номенклатуры.
Мой J1c2z стал https://yfull.com/mtree/J1c34/
А у меня изначально был скромный T2b + мутация 8553T. Нашёл одного такого же, всё нормально - бабушка из Моравии, в аутосомах  примерно оттуда целый кластер вроде наблюдается.
Залил в yfull  - вначале определили как T2b*, потом T2-a, потом Т2, а теперь Р14!
Причём мимо дерева уже 2 строчки снипов, включая всё тот же 8553T  :o
Как то это всё странно ???

Оффлайн TK

  • Сообщений: 367
  • Страна: ru
  • Рейтинг +247/-0
... можно бы прибегать к чему-то типа нейронных сетей, но пока я не встречал таких работ...
Есть такие работы! Народ использует нейронные сети для плохих и неполных образцов mtDNA - для разных целей, в том числе для филогении:
https://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(07)61058-1
https://www.researchgate.net/publication/261430743_Neural_network_based_phylogenetic_analysis

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34637
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
И так понял, по полному геному (всему) - мито теперь в 49 долларов не входит?
Входит.

Напомню о себе.
Результаты были готовы 20 апреля.
Сначала что-то болталась по мито. Потом исчезло.
Сейчас ничего нет.

Если Вы случайно выбросили мои данные, могу заслать по новой свой отрезанный из Данте Лабз результатов мито файл.

*** Меня интересует не гаплогруппа, которую и так знаю по явному полному митосиквенсу.
А сопоставление качества Данте Лабзе ви-си Фаста файл.

Надеюсь на скорый конкретный ответ.
Заранее спасибо!


:)

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 302
  • Страна: ru
  • Рейтинг +109/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128286 (UKR)
  • мтДНК: U3a3b (BLR)
Здравствуйте.
Скажите пожалуйста, как часто обновляется дерево mtTree?
Интересует ветка N1b1a5. Её представители (GU122992, JQ701805, KJ801470, KY670916, MF591562, KJ801471 и YF63911) стабильно сидят на ветке N1b1* и похоже все прочие соседи по веткам. Что это, глюк?

Оффлайн TK

  • Сообщений: 367
  • Страна: ru
  • Рейтинг +247/-0
Похоже, дерево-то обновляется примерно раз в неделю, но беда в другом. Что-то с алгоритмами расчётов (см. мои комментарии выше в теме на этой и предыдущей странице).
Текущий алгоритм (это шутка, разумеется), видимо, был описан Льюисом Кэрролом в "Алиса в стране чудес" (приводится согласно перевода Б. Заходера):
Цитировать
- Мне нужна чистая чашка,- прервал ее Шляпа.- Давайте подвинемся! Он тут же пересел на соседний стул; Соня села на его место. Заяц - на место Сони, а Алиса - без особой охоты - пересела на стул Зайца. От всех этих перемещений выиграл только Шляпа, а Алиса, наоборот, сильно прогадала, так как Заяц только что опрокинул молочник.

Оффлайн Znalazca

  • Сообщений: 20
  • Страна: pl
  • Рейтинг +2/-0
Подскажите по такому поводу: у меня редкая гаплогруппа (на FTDNA всего 1 матч с расстоянием 3). Вижу, что на YFull есть 5 человек с такой же гаплогруппой, приэтом я вижу только id и страну. А если, например, я хочу написать им или попробовать найти точки соприкосновения на Gedmatch - возможно ли это?

Оффлайн Remmo

  • Сообщений: 238
  • Страна: ru
  • Рейтинг +35/-0
  • Y-ДНК: R1-BY30764
Подскажите по такому поводу: у меня редкая гаплогруппа (на FTDNA всего 1 матч с расстоянием 3). Вижу, что на YFull есть 5 человек с такой же гаплогруппой, приэтом я вижу только id и страну. А если, например, я хочу написать им или попробовать найти точки соприкосновения на Gedmatch - возможно ли это?
Написать им можете через сервис YFull. А дальше уже ждать ответа от них

Оффлайн TK

  • Сообщений: 367
  • Страна: ru
  • Рейтинг +247/-0
Замечание (пример) по выделению новых субкладов mtDNA.
В ветке R2b (https://www.yfull.com/mtree/r2b/) появился новый субклад R2b2.

Однако, среди определяющих новый субклад снипов перечислены не все снипы, которые есть у всех 4 представленных в нём образцов.
Так, новую ветку (R2b2) определяют: T10410C G15884A A16037G T16172C.
Но отсутствует снип A13434G, хотя он
1. Есть у всех образцов нового субклада.
2. Есть у иных образцов, которые в будущем разделят субклад R2b2 на новые субклады (например, частный образец MH546075 GenBank'а)
3. Не является мусорным и встречается как определяющий у иных субкладов других веток (например, J1c5d, R2d, U5b2c1 и др.).
4. Отсутствует у других образцов родительского субклада (R2b).
Интересно понять, почему он не был выделен для данного субклада?
Ура - что касается этого снипа (A13434G для R2b2) - всё поправили(лось)!
Теперь есть надежда, что и остальные расхождения со временем поправят(ся)!
(Например, пока остающееся совершенно непонятным выделение ветки R-e со снипом A188G - я его всё-таки даже образцом KC763401 не могу толком объяснить).

Оффлайн Znalazca

  • Сообщений: 20
  • Страна: pl
  • Рейтинг +2/-0
Цитировать
No covered bp:   2 from 16569
Подскажите, что значат эти цифры? Я так понимаю, что какие-то пары основание при анализе не прочитались и некоторые снипы могут быть потеряны?

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +149/-0
Цитировать
No covered bp:   2 from 16569
Подскажите, что значат эти цифры? Я так понимаю, что какие-то пары основание при анализе не прочитались и некоторые снипы могут быть потеряны?
Похоже, что это данные из BAM файла, у меня такие данные:
Цитировать
Covered regions:   1-16569
All covered bp:   16569 from 16569   
No covered bp:   0 from 16569

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100