АвторТема: YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA  (Прочитано 9295 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1116/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
А ветви "со звезочкой" типа https://www.yfull.com/mtree/J1c2*/ это уже обработанные ветви (то есть оснований для дальнейшей группировки нет и все образцы пока уникальные, с общим терминальным снипом на уровне J1c2) или данные там еще будут анализироваться?

Оффлайн Виталий77

  • Однодворец ищущий свои корни
  • Сообщений: 1337
  • Страна: ru
  • Рейтинг +368/-0
  • FTDNA: 297613
  • Y-ДНК: R1a-A7015, R1a1a1b1a2b3a1c2c2a1~(ISOGG)
  • мтДНК: H13a1a1c
Я понимаю, сейчас нахлынул поток вопросов и рекомендаций, но вопрос: как сделать, чтобы на дереве отражался реальный id ?

И нужно ли заменять результаты интерпретации YFull на FASTA из FTDNA?
Нужно "Заменить mtDNA из NGS в FASTA"?
Спасибо!

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1116/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Я понимаю, сейчас нахлынул поток вопросов и рекомендаций, но вопрос: как сделать, чтобы на дереве отражался реальный id ?

И нужно ли заменять результаты интерпретации YFull на FASTA из FTDNA?
Нужно "Заменить mtDNA из NGS в FASTA"?
Спасибо!

В настройках теперь появились вкладки - игрек и мито. Переходите на мито и в настройках устанавливаете номер набора.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1597
  • Страна: ru
  • Рейтинг +538/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Я понимаю, сейчас нахлынул поток вопросов и рекомендаций, но вопрос: как сделать, чтобы на дереве отражался реальный id ?

И нужно ли заменять результаты интерпретации YFull на FASTA из FTDNA?
Нужно "Заменить mtDNA из NGS в FASTA"?
Спасибо!

В настройках теперь появились вкладки - игрек и мито. Переходите на мито и в настройках устанавливаете номер набора.
и галочку не забудьте поставить

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 97
  • Страна: ru
  • Рейтинг +33/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Ой. А ведь я наверное попал.
Я загрузил несколько китов мт, для которых еще Биги не готовы.
И как я понимаю, мне потом придётся за них ещё доплатить по 49$ помимо мт, так?
Т.е. для Y-китов мт бесплатен, а вот будет ли скидка для тех, кто сначала заплатил за мт?

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5237
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2504/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Ой. А ведь я наверное попал.
Я загрузил несколько китов мт, для которых еще Биги не готовы.
И как я понимаю, мне потом придётся за них ещё доплатить по 49$ помимо мт, так?
Т.е. для Y-китов мт бесплатен, а вот будет ли скидка для тех, кто сначала заплатил за мт?
"от перемены мест слагаемых...". Логично сделать скидку и в другую сторону. Это сейчас обсуждается, но в ближайший месяц есть проблемы технического характера по приему доплат.
Если Y будут готовы раньше - пишите напрямую. Там решат.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5237
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2504/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Я понимаю, сейчас нахлынул поток вопросов и рекомендаций, но вопрос: как сделать, чтобы на дереве отражался реальный id ?

И нужно ли заменять результаты интерпретации YFull на FASTA из FTDNA?
Нужно "Заменить mtDNA из NGS в FASTA"?
Спасибо!
Заменять рекомендуется. Разные технологии, соответственно разное качество .

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5237
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2504/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
А ветви "со звезочкой" типа https://www.yfull.com/mtree/J1c2*/ это уже обработанные ветви (то есть оснований для дальнейшей группировки нет и все образцы пока уникальные, с общим терминальным снипом на уровне J1c2) или данные там еще будут анализироваться?
Новых ветвей только по старым данным несколько тысяч. Они все еще добавляются. Хотя по новым, только что загруженным образцам уже было автоматтически создано несколько ветвей.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 364
  • Страна: ru
  • Рейтинг +246/-0
А ветви "со звезочкой" типа https://www.yfull.com/mtree/J1c2*/ это уже обработанные ветви (то есть оснований для дальнейшей группировки нет и все образцы пока уникальные, с общим терминальным снипом на уровне J1c2) или данные там еще будут анализироваться?
Новых ветвей только по старым данным несколько тысяч. Они все еще добавляются. Хотя по новым, только что загруженным образцам уже было создано несколько ветвей.
Супер - пошли новые субклады.
И стало интересно: когда закончатся буквы (a-z), то как новые субклады дальше будут именоваться?
Например, для того же J1c2 (https://www.yfull.com/mtree/J1c2/) уже появился J1c2x (новый, как я понимаю).
Осталось две буквы - y и z?

Обновлено: кажется, сам же нашел ответ - после z будет что-то типа aa (то есть, например, J1c2aa)
« Последнее редактирование: 18 Март 2019, 18:54:04 от TK »

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 97
  • Страна: ru
  • Рейтинг +33/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Что-то некоторые киты подвисли, даже "оплатить" не высвечивается.
Напрмер, YF19110, YF19328.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 364
  • Страна: ru
  • Рейтинг +246/-0
Вопрос по функционалу для mtDNA:
Например, у меня один из образцов относится строго к уже упомянутой J1c2, причем без каких-либо дополнительных (приватных) снипов!
Соответственно, новый субклад для данного образца никак "не светит", в любой перспективе.
Что даст обработка в YFull для данного образца? Хотелось бы это знать перед тем, как размещать заказ.

Я могу предположить следующие вещи:
1. Я смогу сам сравнивать свой образец с другими J1c2*, сравнивая в том числе, например, "мусорные снипы" (как то 309.1C, 315.1C, 16519C и т.д.)
2. Я смогу переписываться с людьми, управляющими другими образцами (при их желании, конечно).
3. Я смогу быть членом проекта, например, J1c (при его наличии, конечно).
4. Что-то иное? (например, мой образец просто позволит уточнить TMRCA или его точность)
« Последнее редактирование: 19 Март 2019, 14:47:53 от TK »

Оффлайн TK

  • Сообщений: 364
  • Страна: ru
  • Рейтинг +246/-0
Замечание (пример) по выделению новых субкладов mtDNA.
В ветке R2b (https://www.yfull.com/mtree/r2b/) появился новый субклад R2b2.

Однако, среди определяющих новый субклад снипов перечислены не все снипы, которые есть у всех 4 представленных в нём образцов.
Так, новую ветку (R2b2) определяют: T10410C G15884A A16037G T16172C.
Но отсутствует снип A13434G, хотя он
1. Есть у всех образцов нового субклада.
2. Есть у иных образцов, которые в будущем разделят субклад R2b2 на новые субклады (например, частный образец MH546075 GenBank'а)
3. Не является мусорным и встречается как определяющий у иных субкладов других веток (например, J1c5d, R2d, U5b2c1 и др.).
4. Отсутствует у других образцов родительского субклада (R2b).
Интересно понять, почему он не был выделен для данного субклада?

« Последнее редактирование: 19 Март 2019, 17:20:28 от TK »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11261
  • Страна: az
  • Рейтинг +2014/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Просьба к администрации сайта. Исправьте опечатку в разделе настроек.
Самый дальний предок (вместо "дальный") должно быть, а то как-то не по-русски.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5237
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2504/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Просьба к администрации сайта. Исправьте опечатку в разделе настроек.
Самый дальний предок (вместо "дальный") должно быть, а то как-то не по-русски.
Должна исправиться.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5237
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2504/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Вопрос по функционалу для mtDNA:
Например, у меня один из образцов относится строго к уже упомянутой J1c2, причем без каких-либо дополнительных (приватных) снипов!
Соответственно, новый субклад для данного образца никак "не светит", в любой перспективе.
Что даст обработка в YFull для данного образца? Хотелось бы это знать перед тем, как размещать заказ.

Я могу предположить следующие вещи:
1. Я смогу сам сравнивать свой образец с другими J1c2*, сравнивая в том числе, например, "мусорные снипы" (как то 309.1C, 315.1C, 16519C и т.д.)
2. Я смогу переписываться с людьми, управляющими другими образцами (при их желании, конечно).
3. Я смогу быть членом проекта, например, J1c (при его наличии, конечно).
4. Что-то иное? (например, мой образец просто позволит уточнить TMRCA или его точность)
2. Система приватных сообщений будет внедрена и для мито в полном объеме, как только будет переписана под более строгие правила приватности.
Сейчас можно переписываться с владельцами других образцов, только если они убрали временный ID в настройках MT. Для этого надо установить чекбокс "Show YFull ID on MTree".

3. mtDNA проекты в разработке. В дальнейшем планируется функционал похожий на функционал проектов Y. Проверка позиции на дереве и тп

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100