АвторТема: YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA  (Прочитано 4760 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Мои поздравления команде YFull! Класс!

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1049
  • Рейтинг +141/-1
 Я тоже поздравляю с мито—Древом!
Из вопроса Шада поняла, что вы наносили на Древо и образцы из Генбанка. Но я не нашла образец своего отца (маму еше не проверила). Он в NCBI под № HQ405767. И есть запись — этнически русский.

Оффлайн Виталий77

  • Однодворец ищущий свои корни
  • Сообщений: 1293
  • Страна: ru
  • Рейтинг +349/-0
  • FTDNA: 297613
  • Y-ДНК: R1a-A7015, R1a1a1b1a2b3a1c2c2a1~(ISOGG)
  • мтДНК: H13a1a1c
Доброе утро!
Не нахожу на дереве своих данных из Генбанка, не вижу себя по результатам интерпретации и по Big Y...
Нужно "Заменить mtDNA из NGS в FASTA"?

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 417
  • Страна: by
  • Рейтинг +189/-1
  • Y-ДНК: R1a-Y2902* - Дубай, Брэсцкая вобласць, Беларусь
  • мтДНК: H29* - Україна
Из вопроса Шада поняла, что вы наносили на Древо и образцы из Генбанка. Но я не нашла образец своего отца

Идентично, нет моего образца из Генбанка, так что буду добавлять сам. :)

Оффлайн Elena V

  • Сообщений: 56
  • Страна: ru
  • Рейтинг +15/-0
  • мтДНК: J1c4b
Из вопроса Шада поняла, что вы наносили на Древо и образцы из Генбанка. Но я не нашла образец своего отца (маму еше не проверила). Он в NCBI под № HQ405767. И есть запись — этнически русский.

Аналогично, мой образец в NCBI под № GU808335 - этнически русский.

Оффлайн redisik

  • IN30059 (отец), IN30110 (мать)
  • Сообщений: 35
  • Страна: ru
  • Рейтинг +16/-0
  • вино и кофе
не увидела маминого из генбанка (MK408598 ) загрузила по ссылки автора темы (там где 25 долларов)  ftdna номер IN30059, надеюсь дубляжа не будет)
образец русский с севера ростовской области

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 278
  • Страна: ru
  • Рейтинг +90/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-V1334-Y128286
  • мтДНК: U3a3b
YF11451. Попробовал загрузить файл FASTA, пришло оповещение, что образец не прошёл контроль качества. Хочу попробовать снова загрузить файл, может я что не так делал, но к сожалению повторная загрузка в YFull не возможна(

Оффлайн Панк

  • Сообщений: 909
  • Страна: ua
  • Рейтинг +348/-1
  • Y-ДНК: R-M198 [RUS]
  • мтДНК: H [UKR]
Подскажите, пожалуйста, по прежним клиентам с игреком
Если в одном акаунте загружено несколько игреков, то бесплатный анализ касается одного акаунта, или каждого загруженного игрека?
Спасибо!

Оффлайн TK

  • Сообщений: 249
  • Страна: ru
  • Рейтинг +142/-0
Цитировать
Цитировать
Цитировать
Мы взяли за основу дерево PhyloTree версии 17, на которой было 5435 ветви
Я бегло сверил с данными Логана - по крайней мере по HV1b2 несколько образцов не попало на дерево.
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/hv1_genbank_sequences.htm
Добавлены все семплы, которые не являются дублями и не являются загруженными напрямую из FTDNA.
Жаль, что не загружается часть образцов из NCBI. Пусть они и числятся загруженными туда из FTDNA - но в других научных работах их можно использовать наравне с иными публичными образцами.
Честно говоря, не понимаю такой дискриминации образцов. Если есть опасение дублей, то это наверняка можно дополнительно анализировать.

Оффлайн redisik

  • IN30059 (отец), IN30110 (мать)
  • Сообщений: 35
  • Страна: ru
  • Рейтинг +16/-0
  • вино и кофе
YF11451. Попробовал загрузить файл FASTA, пришло оповещение, что образец не прошёл контроль качества. Хочу попробовать снова загрузить файл, может я что не так делал, но к сожалению повторная загрузка в YFull не возможна(

аналогично... только что пришел ответ что не прошел контроль качества(

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2131
  • Страна: ru
  • Рейтинг +449/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Есть просьба и некоторые уточнения по моей родной гапле U3b.
1)   Нельзя ли образцы EF660959(Italy), KJ856691(Belarusian), KJ856702(Belarusian), KJ856707(Belarusian), MH120568(Poland) и мой YF04031RUS [RU-NVS] выделить в отдельную ветвь под U3b1b? Нас всех объединяет устойчивая мутация T8867C.
2)   Образец KJ856829.1(Poland), цыганские: KF055871.1, KF055875.1, KF055879.1, KF055884.1, KF055889.1 и испанские: KY411474.1, KY411475.1, KY411476.1 а также KY411477.1 (Jor) и JQ703911.1 – это все U3b1c. A2833G, T8895C, T12738C. Правда у образца из Иордании двух последних мутаций нет.
3)   MF362716.1 – arm34, MF362717.1 – arm36, MF362725.1 – arm44, MF362731.1 – arm51, MF362693.1 – arm11. Это, если не ошибаюсь, древняя ДНК из статьи https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(17)30695-4 Table S1.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5136
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2394/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
После запуска были обнаружены некоторые неожиданные ошибки, которые возникали с определенным форматом файлов FASTA от FTDNA, выпущенных в определенный промежуток времени.
Ошибки исправляются. Думаю в 1-2 дня все будет отлажено.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5136
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2394/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Подскажите, пожалуйста, по прежним клиентам с игреком
Если в одном акаунте загружено несколько игреков, то бесплатный анализ касается одного акаунта, или каждого загруженного игрека?
Спасибо!
Каждого игрека. На один игрек можно однократно загрузить одну FASTA. Она привязывается к аккаунту и не может быть удалена или перезагружена без ручного вмешательства..

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5136
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2394/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Про ГенБанк. Загружаются все образцы из научных публикаций. Персональные файлы не загружаются чтобы не нарушить чью-то приватность.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6214
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1085/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Когда планируется расставить метаданные (страна происхождения) по образцам из Генбанка?


Данные с 23&Me могут быть загружены для анализа?
При возможности извлечения - устанавливается страна. Но следует учесть что подавляющее большинство не имеет идентификатора страны, а если имеет, то в формате "племя тумба-юмбо с дальней заставы".

Ну не совсем.
Вот здесь нет метаданых.
https://www.yfull.com/mtree/HV1b2/

А у Логана есть:
JQ703090 (Ukraine) Behar
JQ703250 (Lithuania-Ashkenazi) Behar
JQ703415 (Lithuania-Ashkenazi) Behar
JQ705004 (Poland) Behar

Ну а вообще обнадеживает - в ветви уже четыре загрузки новых данных... Может и продвинемся дальше в части субкладов.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100