АвторТема: YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA  (Прочитано 6226 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5167
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2419/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
YFull Team предлагает новую услугу: анализ mitoDNA FASTA файлов, с показом матчей, изменением дерева и вычислением возраста каждой ветви.
Мы взяли за основу дерево PhyloTree версии 17, на которой было 5435 ветви. Мы уже добавили несколько сотен ветвей и в ближайшие дни добавим еще. Всего мы планируем добавить не менее 2000 ветвей с использованием уже имеющихся данных. Сейчас у нас в базе данных 46803 коммерческих и научных образцов. Присылайте свои образцы и мы разовьем митодерево еще больше. Стоимость анализа только мито составляет 25 долларов. Стоимость анализа мито и игрека одного человека остается прежней, 49 долларов. Для всех наших прежних клиентов с игреком мы проанализируем их митоДНК бесплатно - советуем загрузить результаты mtFull Sequence / mtComplete. Для мито они полнее и точнее NGS

YFull Team offers a new service: analysis of mitoDNA FASTA files, showing matches, changing the tree and estimating an age of each subclade.
Our MTree is based the last version of PhyloTree v17 (18 Feb 2016) with 5435 subclades. We have already added several hundred subclades and we will add more in the coming days. In total, we plan to add at least 2,000 branches using existing data. Now we have 46803 commercial and scientific samples in our database. Send us your sample and we will develop the MTree even more. The cost of our analysis of only mitoDNA data is $25. The cost of the analysis of mitoDNA data and Y chromosome data remains the same 49 dollars. For all our previous clients with Y chromosome data we will analyze one his mitoDNA data fo free. We recommend upload the results of mtFullSequence / mtComplete. For mitoDNA they are fuller and more accurate than NGS.
https://www.yfull.com/orderm/

Ссылка на дерево https://www.yfull.com/mtree/

Оффлайн Sarkhan Bashirov

  • Сообщений: 330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +71/-0
  • Y-ДНК: E-PF6747*
  • мтДНК: J2a1a1
Можно узнать, по какой методике рассчитываются возраста ветвей в случае с мито (учитывая, что там мутации происходят не так часто, как в игреке)?

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 86
  • Страна: ru
  • Рейтинг +32/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Сколько времени будут считаться результаты?
Добавится ли колонка с субкладом мт в заказах?
И где смотреть результаты? Сейчас в колонке мтДНК есть только пункт "загрузить".

Оффлайн DELTA

  • Сообщений: 249
  • Страна: ru
  • Рейтинг +71/-0
  • Y-ДНК: I2a1a2b1a1a1c, Din-S, I-PH908*
  • мтДНК: W6a* (Wanda-clan)
Загрузил файл FASTA, будем ждать обработки )

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 274
  • Страна: ru
  • Рейтинг +143/-0
Ссылка на mtDNA subclade на странице https://www.yfull.com/mt-upload-list/ переводит на YTree (href="/tree//")

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2148
  • Страна: ru
  • Рейтинг +455/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Загрузил файл FASTA, будем ждать обработки )
Загрузил два результата. Буквально через пару часов увидел их на дереве. Круто.    :)

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6232
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1092/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Когда планируется расставить метаданные (страна происхождения) по образцам из Генбанка?


Данные с 23&Me могут быть загружены для анализа?
« Последнее редактирование: 17 Март 2019, 00:29:21 от Шад »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6232
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1092/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Какие принципы используются при формировании идентификаторов?
С данными из Генбанка понятно - они под уникальными идентификаторами оттуда. А если митоданные есть и в NGS в YFull, и в Генбанке?

Цитировать
Мы взяли за основу дерево PhyloTree версии 17, на которой было 5435 ветви
Я бегло сверил с данными Логана - по крайней мере по HV1b2 несколько образцов не попало на дерево.
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/hv1_genbank_sequences.htm

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5167
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2419/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Ссылка на mtDNA subclade на странице https://www.yfull.com/mt-upload-list/ переводит на YTree (href="/tree//")
Добро. Исправлено.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5167
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2419/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Сколько времени будут считаться результаты?
около часа в среднем
Цитировать
Добавится ли колонка с субкладом мт в заказах?
да
Цитировать
И где смотреть результаты? Сейчас в колонке мтДНК есть только пункт "загрузить".
Будут доступны новые пункты меню

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5167
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2419/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Когда планируется расставить метаданные (страна происхождения) по образцам из Генбанка?


Данные с 23&Me могут быть загружены для анализа?
При возможности извлечения - устанавливается страна. Но следует учесть что подавляющее большинство не имеет идентификатора страны, а если имеет, то в формате "племя тумба-юмбо с дальней заставы".

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 86
  • Страна: ru
  • Рейтинг +32/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Не понимаю как сделать заказ на человека женского пола.
При заказе требуют BAM-файл, которого нет.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5167
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2419/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Какие принципы используются при формировании идентификаторов?
С данными из Генбанка понятно - они под уникальными идентификаторами оттуда. А если митоданные есть и в NGS в YFull, и в Генбанке?
Все старые NGS образы изначально публикуются на дереве с временными ID, типа KKKKKK. В настройках можно отменить эту опцию - тогда будет виден номер YFxxxxxx. Это разовая процедура - вернуть обратно временный номер не получится. Реверанс в сторону GDPR.

Цитировать
Цитировать
Мы взяли за основу дерево PhyloTree версии 17, на которой было 5435 ветви
Я бегло сверил с данными Логана - по крайней мере по HV1b2 несколько образцов не попало на дерево.
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/hv1_genbank_sequences.htm
Добавлены все семплы, которые не являются дублями и не являются загруженными напрямую из FTDNA.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5167
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2419/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Не понимаю как сделать заказ на человека женского пола.
При заказе требуют BAM-файл, которого нет.
https://www.yfull.com/orderm/
Выбираете тип файла FASTA. После загружаете свой файл FASTA через форму. Ссылка не нужна.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 86
  • Страна: ru
  • Рейтинг +32/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Не понимаю как сделать заказ на человека женского пола.
При заказе требуют BAM-файл, которого нет.
https://www.yfull.com/orderm/
Выбираете тип файла FASTA. После загружаете свой файл FASTA через форму. Ссылка не нужна.
Тогда логично будет во вкладке Мои заказы -> мтДНК -> "Заказать сейчас!" указать на эту ссылку, а не на Y-овскою. Сейчас там order, а не orderm.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100