АвторТема: YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA  (Прочитано 5097 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 252
  • Страна: ru
  • Рейтинг +145/-0
Не, ну полный атас какой-то около JT https://yfull.com/mtree/JT/ -
сама JT ранее кроме упомянутого ныне в дереве A11251G определялась ещё и снипом C15452A -
он есть у всех, кто в неё (JT) входит (и ниже). А сейчас его там в дереве просто нет.

Аналогично, пропали снипы
G13708A (у гаплогруппы J)
T16126C (у гаплогруппы JT)
T16223C (у гаплогруппы R)
Смущает-то то, что у научных образцов, которые внутри них - соответствующий снип присутствует (проверил, правда, выборочно вручную).

Как будто дерево выложено посередине перестроения или где-то внутри попались плохо секвенированные образцы и внесли смуту.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 252
  • Страна: ru
  • Рейтинг +145/-0
Кажется, я понял - дерево выбил образец KC763401. Про него ещё в 2014 Ian Logan писал, что в той партии образцов он сильно сомневается в качестве их секвенирования https://lists.rootsweb.com/hyperkitty/list/genealogy-dna.rootsweb.com/thread/455343/

Оффлайн TK

  • Сообщений: 252
  • Страна: ru
  • Рейтинг +145/-0
Подозреваю, что ошибки возникают и из-за качества коммерческих образцов (если расчёт идёт только про NGS без сангеровской FASTA). Так, как я писал ранее, меня смущало отсутствие снипа A13434G в определении гаплогруппы R2b2, а он там просто обязан быть! Теперь я понимаю, что это может быть связано с ошибкой в прочтении этого снипа у коммерческого YF07858.

Онлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 435
  • Страна: by
  • Рейтинг +208/-1
  • Y-ДНК: R1a-Y2902* - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H29* - Умань, Україна
Подозреваю, что ошибки возникают и из-за качества коммерческих образцов (если расчёт идёт только про NGS без сангеровской FASTA).

Я думаю вряд ли это проблема качества образцов, скорее дело в методологии.

Скажите пожалуйста, как скоро восстановится датировка ветвей на дереве мито-гаплогрупп?

Надежда на то что датировку убрали для улучшения методологии и она скоро вернётся! 

Оффлайн TK

  • Сообщений: 252
  • Страна: ru
  • Рейтинг +145/-0
В данном случае удаление этого образца (KC763401) вернет дерево в исходный вид. Стандартные алгоритмы - это лучший пока способ обсчета mtDNA. В будущем, я подозреваю, можно бы прибегать к чему-то типа нейронных сетей, но пока я не встречал таких работ.

Оффлайн Fenex33

  • Сообщений: 26
  • Страна: ru
  • Рейтинг +10/-0
  • Fenex
  • Y-ДНК: R-YP5520
  • мтДНК: T2b Отца H13b2:
Похоже произошла существенная перетасовка номенклатуры.
Мой J1c2z стал https://yfull.com/mtree/J1c34/
А у меня изначально был скромный T2b + мутация 8553T. Нашёл одного такого же, всё нормально - бабушка из Моравии, в аутосомах  примерно оттуда целый кластер вроде наблюдается.
Залил в yfull  - вначале определили как T2b*, потом T2-a, потом Т2, а теперь Р14!
Причём мимо дерева уже 2 строчки снипов, включая всё тот же 8553T  :o
Как то это всё странно ???

Оффлайн TK

  • Сообщений: 252
  • Страна: ru
  • Рейтинг +145/-0
... можно бы прибегать к чему-то типа нейронных сетей, но пока я не встречал таких работ...
Есть такие работы! Народ использует нейронные сети для плохих и неполных образцов mtDNA - для разных целей, в том числе для филогении:
https://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(07)61058-1
https://www.researchgate.net/publication/261430743_Neural_network_based_phylogenetic_analysis

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 33845
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2764/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
И так понял, по полному геному (всему) - мито теперь в 49 долларов не входит?
Входит.

Напомню о себе.
Результаты были готовы 20 апреля.
Сначала что-то болталась по мито. Потом исчезло.
Сейчас ничего нет.

Если Вы случайно выбросили мои данные, могу заслать по новой свой отрезанный из Данте Лабз результатов мито файл.

*** Меня интересует не гаплогруппа, которую и так знаю по явному полному митосиквенсу.
А сопоставление качества Данте Лабзе ви-си Фаста файл.

Надеюсь на скорый конкретный ответ.
Заранее спасибо!


:)

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +91/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-V1334-Y128286
  • мтДНК: U3a3b
Здравствуйте.
Скажите пожалуйста, как часто обновляется дерево mtTree?
Интересует ветка N1b1a5. Её представители (GU122992, JQ701805, KJ801470, KY670916, MF591562, KJ801471 и YF63911) стабильно сидят на ветке N1b1* и похоже все прочие соседи по веткам. Что это, глюк?

Оффлайн TK

  • Сообщений: 252
  • Страна: ru
  • Рейтинг +145/-0
Похоже, дерево-то обновляется примерно раз в неделю, но беда в другом. Что-то с алгоритмами расчётов (см. мои комментарии выше в теме на этой и предыдущей странице).
Текущий алгоритм (это шутка, разумеется), видимо, был описан Льюисом Кэрролом в "Алиса в стране чудес" (приводится согласно перевода Б. Заходера):
Цитировать
- Мне нужна чистая чашка,- прервал ее Шляпа.- Давайте подвинемся! Он тут же пересел на соседний стул; Соня села на его место. Заяц - на место Сони, а Алиса - без особой охоты - пересела на стул Зайца. От всех этих перемещений выиграл только Шляпа, а Алиса, наоборот, сильно прогадала, так как Заяц только что опрокинул молочник.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100