у меня примерно 25 тысяч матчей в HVR1, 260 в HVR1 + HVR2 и 100 в полном сиквенсе
с этого и следовало начинать. Есть гаплотипы, набравшие высокие частоты в неолитическое время и сохранившие их вплоть до современности, это исключительно предковые варианты разных гаплогрупп. Генеалогический поиск по ним бесполезен. С научной точки зрения, можно делать предположения о том, что такие гаплотипы могли мутировать сначала "туда" (неизвестно куда) и потом "обратно", теряя мутации и снова превращаясь в предковый тип. А именно, если задать параметр
strict clock то программы байесовского типа начинают предлагать "ядру" гаплогруппы, сохранному и сейчас, некоего фантомного общего предка в ближайшие времена - якобы почти все предковые типы на самом деле близкородственны, являются кладой. Если же задать
relaxed clock, то ситуация встает на свои места - линии могут мутировать с разной скоростью, в допустимых пределах, и часть линий развивается не мутируя. Если в базе 1000 сиквенсов некой гаплогруппы, то ничто не мешает 100 из них сохранить первоначальный вид, не будучи между собой в близком родстве (и сходясь только к основательнице, жившей в неолите). С точки зрения чистой филогенетики, оба решения - стрикт и релакст клок - допустимы. С точки же зрения практически работающего биолога, вторая точка зрения оправданнее. И она же в генеалогии зовется "пессимистической" ((