АвторТема: Доказательство еврейства по mtДНК  (Прочитано 2109 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #15 : 17 Март 2019, 17:19:28 »
А куда можно было бы послать результаты, чтобы получить такой расчет вероятности.  Хотя ехать мне никуда не надо, но выяснить очень хотелось бы, ибо в Сибири прерывается материнская генеалогическая линии в начале 20 века.   Меня мои результаты (обычная Н) поставили в тупик, хотелось бы понять, откуда. Два матча по HVR2 - араб (Н2в) и итальянец (Н).  В комментах совпаденцев по HVR1 - мизрахи и сефарды.  Например из 16 матчей по Ираку 11 по материнской линии мизрахи.

общедоступного сервиса по этой методологии нет, т.к. решение принимается р. Исроэлем исходя из большого объема исходных данных.

Можно сосчитать байесовскую вероятность принадлежать Вашей линии по ГВС к мизрахам Ирака, но эта величина осмыслена только если Ваша бабушка из тех мест. Иначе это будет пустое гадание. Ведь вероятностные рассуждения имеют смысл только в определенном контексте. В моей базе достаточно ГВС русских, которые могут совпадать в основном с тему или иными народами Бл Востока, для "неолитических" линий Европы это нормально. Но "кейс" - это наличие четкой ситуации, когда априорные сведения указывают, что могла иметь место передача линии от одной популяции к другой, в конкретное время и в более-менее определенном месте. Это уже судебная наука.

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 518
  • Страна: by
  • Рейтинг +266/-1
  • Y-ДНК: R-Y35192 - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H - Умань, Україна
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #16 : 17 Март 2019, 17:42:43 »
По моему мнению это подтверждает насколько важен полный сиквенс. К пример у меня тоже есть пара мизрахи и ашкенази в HVR1, HVR2. Однако - с кодирующим регионом все они исчезают. Так что вывод ясен.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #17 : 17 Март 2019, 17:48:45 »
По моему мнению это подтверждает насколько важен полный сиквенс. К пример у меня тоже есть пара мизрахи и ашкенази в HVR1, HVR2. Однако - с кодирующим регионом все они исчезают. Так что вывод ясен.

для основных ашкеназских линий - не нужен, достаточно расширенного ГВС (полного сиквенса контрольной области молекулы).
Для грузинских и горских уже требуется дополнение к ГВС. Сравнение с иракскими евреями не настолько актуально для российских заявителей (будь они с Кавказа или даже Бухары), чтобы требовать их тратиться на полный. Но если это вдруг станет актуально, разумеется, и требования к полноте данных увеличатся.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #18 : 17 Март 2019, 17:53:24 »
Ситуация объясняется еще тем, что по минорным ашкеназским линиям недостаточно данных, в литературе есть почти только ГВС1, а выборок ГВС2, выборок снипованных за пределами ГВС образцов и наконец, полных сиквенсов - очень мало. То есть известен набор линий, дополняющий 4 канонические, но это же далеко не все! В работе постоянно выскакивает подтверждение ашкеназства минорных линий.

Нужда в референсной базе ашкеназских полных сиквенсов весьма велика.

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9805
  • Страна: id
  • Рейтинг +511/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #19 : 17 Март 2019, 17:56:21 »
с иракскими евреями
Курдистанские, может, лучше, так называемые лахлухи. См. вики.

Оффлайн Oxon

  • Сообщений: 876
  • Страна: gb
  • Рейтинг +190/-0
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #20 : 17 Март 2019, 17:57:42 »
В моей базе достаточно ГВС русских, которые могут совпадать в основном с тему или иными народами Бл Востока, для "неолитических" линий Европы это нормально. Но "кейс" - это наличие четкой ситуации, когда априорные сведения указывают, что могла иметь место передача линии от одной популяции к другой, в конкретное время и в более-менее определенном месте. Это уже судебная наука.
Спасибо, Valery. Понятно.

По моему мнению это подтверждает насколько важен полный сиквенс. К пример у меня тоже есть пара мизрахи и ашкенази в HVR1, HVR2. Однако - с кодирующим регионом все они исчезают. Так что вывод ясен.
  А кто появляется вместо них?  Или по-другому спрошу - остаются лишь некоторые из тех, кто был в совпаденцах по HV2?  У меня там всего двое.   Поэтому я наверно могу сделать вывод, что на данный момент никого по CR не будет. 


Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #21 : 17 Март 2019, 18:03:07 »
с иракскими евреями
Курдистанские, может, лучше, так называемые лахлухи. См. вики.

иракские (Багдад) и курдистанские - это разные группы, да

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #22 : 17 Март 2019, 18:13:00 »
Нужда в референсной базе ашкеназских полных сиквенсов весьма велика.

и поэтому отрицательный результат обычно выглядит не так: "такой ГВС есть у ашкеназов, но нельзя русских и ашкеназов разделить по частоте" а так: "доказана русскость (восточноевропейскость) линии заявителя, ее ареальная ограниченность, привязка к той или иной группе неевреев". Имея обширные, втч неопубликованные, результаты по Восточной Европе, можно получать немало отрицательных результатов именно так.

Наша лабораторная база по русским, украинцам и беларусам столь велика, что более 10% результатов составляют отрицательные результаты именно такого плана - я нахожу точный русский ареал линии, и в совокупности с байесовской вероятностью по частоте неевреи vs евреи это дает хороший ответ. Может ли такая линия быть еврейской, скажем недавно вошедшей в еврейский народ? Конечно может! Но это нужно подтверждать документами, а не генетикой.

Самое интересное - это установленная р. Исроэлем сильная корреляция именно таких случаев с кривыми документами. Что и есть мотивация генетической экспертизы, ее оправдание. Неопределенные результаты, когда частота у евреев и неевреев не дозволяет надежного вывода, как раз не коррелируют с кривыми документами.

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 518
  • Страна: by
  • Рейтинг +266/-1
  • Y-ДНК: R-Y35192 - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H - Умань, Україна
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #23 : 17 Март 2019, 18:26:45 »
А кто появляется вместо них?  Или по-другому спрошу - остаются лишь некоторые из тех, кто был в совпаденцах по HV2?  У меня там всего двое.   Поэтому я наверно могу сделать вывод, что на данный момент никого по CR не будет.

На данный момент у меня примерно 25 тысяч матчей в HVR1, 260 в HVR1 + HVR2 и 100 в полном сиквенсе. Ашкенази и мизрахи есть местами в комментариях HVR1 и HVR2, а в полном сиквенсе нет ни одного из них, остаются близкие территориально Украина, Словакия + западная Европа.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #24 : 17 Март 2019, 18:36:52 »
у меня примерно 25 тысяч матчей в HVR1, 260 в HVR1 + HVR2 и 100 в полном сиквенсе

с этого и следовало начинать. Есть гаплотипы, набравшие высокие частоты в неолитическое время и сохранившие их вплоть до современности, это исключительно предковые варианты разных гаплогрупп. Генеалогический поиск по ним бесполезен. С научной точки зрения, можно делать предположения о том, что такие гаплотипы могли мутировать сначала "туда" (неизвестно куда) и потом "обратно", теряя мутации и снова превращаясь в предковый тип. А именно, если задать параметр strict clock то программы байесовского типа начинают предлагать "ядру" гаплогруппы, сохранному и сейчас, некоего фантомного общего предка в ближайшие времена - якобы почти все предковые типы на самом деле близкородственны, являются кладой. Если же задать relaxed clock, то ситуация встает на свои места - линии могут мутировать с разной скоростью, в допустимых пределах, и часть линий развивается не мутируя. Если в базе 1000 сиквенсов некой гаплогруппы, то ничто не мешает 100 из них сохранить первоначальный вид, не будучи между собой в близком родстве (и сходясь только к основательнице, жившей в неолите). С точки зрения чистой филогенетики, оба решения - стрикт и релакст клок - допустимы. С точки же зрения практически работающего биолога, вторая точка зрения оправданнее. И она же в генеалогии зовется "пессимистической" ((


Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 518
  • Страна: by
  • Рейтинг +266/-1
  • Y-ДНК: R-Y35192 - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H - Умань, Україна
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #25 : 17 Март 2019, 18:59:05 »
с этого и следовало начинать. Есть гаплотипы, набравшие высокие частоты в неолитическое время и сохранившие их вплоть до современности, это исключительно предковые варианты разных гаплогрупп. Генеалогический поиск по ним бесполезен.

Не всё так плохо, учитывая что FTDNA даёт совпаденцев до генетической дистанции 3 по полному сиквенсу. Реально из 100 совпаденцев большинство с генетическими дистанциями 2 и 3. Полностью совпали 4, ещё 2 с одной мутацией, то есть какая-то детализация точно вырисовывается - неолитические совпаденцы отпали с кодирующим регионом. Так что для меня полный тест по моему мнению далеко не безполезен. Для других возможно и хватает проверки гипервариабельного региона.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6255
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1131/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #26 : 17 Март 2019, 20:31:17 »
с этого и следовало начинать. Есть гаплотипы, набравшие высокие частоты в неолитическое время и сохранившие их вплоть до современности, это исключительно предковые варианты разных гаплогрупп. Генеалогический поиск по ним бесполезен.

Не всё так плохо, учитывая что FTDNA даёт совпаденцев до генетической дистанции 3 по полному сиквенсу. Реально из 100 совпаденцев большинство с генетическими дистанциями 2 и 3. Полностью совпали 4, ещё 2 с одной мутацией, то есть какая-то детализация точно вырисовывается - неолитические совпаденцы отпали с кодирующим регионом. Так что для меня полный тест по моему мнению далеко не безполезен. Для других возможно и хватает проверки гипервариабельного региона.


Давно уже не смотрел мито, как вдруг повод появился:)
Что интересно. Берем типично ашкеназскую отцовскую HV1b2 - много совпаденцев, сотни. Генетическая дистанция по FGS на FTDNA =2 (минимальная). 
Возвращаемся к материнской J1c2, которая вроде бы недифференцирована от Атлантики до Урала - три совпадения с генетической дистанцией ноль.
Честно говоря, ожидал обратного.

Почему же достаточно монолитный с точки зрения попадания в еврейскую популяцию HV1b2 сходится к неолиту (11 kybp)?
https://www.yfull.com/mtree/HV1b2/

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #27 : 17 Март 2019, 20:55:58 »
с этого и следовало начинать. Есть гаплотипы, набравшие высокие частоты в неолитическое время и сохранившие их вплоть до современности, это исключительно предковые варианты разных гаплогрупп. Генеалогический поиск по ним бесполезен.

Не всё так плохо, учитывая что FTDNA даёт совпаденцев до генетической дистанции 3 по полному сиквенсу. Реально из 100 совпаденцев большинство с генетическими дистанциями 2 и 3. Полностью совпали 4, ещё 2 с одной мутацией, то есть какая-то детализация точно вырисовывается - неолитические совпаденцы отпали с кодирующим регионом. Так что для меня полный тест по моему мнению далеко не безполезен. Для других возможно и хватает проверки гипервариабельного региона.

подождите, так эти 100 - не полные? я неверное не понимаю смысл слова совпаденец в терминологии FTDNA

Полные совпаденцы на полных сиквенсах для основных субветвей HV, J, T исчисляются десятками при современном размере базы опубликованных полных (50000) и тем более у FTDNA с ее неопубликованными данными. Например, еще лет 7 назад мы спорили с Михаилом (Глитчем) и я ему предъявлял 17 опубликованных полных сиквенсов гаплогруппы T1a1, идентичных предковому типу.

Если Ваш случай не такой безнадежный, то извините, неправильно понял.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #28 : 17 Март 2019, 20:59:52 »
Давно уже не смотрел мито, как вдруг повод появился:)
Что интересно. Берем типично ашкеназскую отцовскую HV1b2 - много совпаденцев, сотни. Генетическая дистанция по FGS на FTDNA =2 (минимальная). 
Возвращаемся к материнской J1c2, которая вроде бы недифференцирована от Атлантики до Урала - три совпадения с генетической дистанцией ноль.
Честно говоря, ожидал обратного.

Почему же достаточно монолитный с точки зрения попадания в еврейскую популяцию HV1b2 сходится к неолиту (11 kybp)?
https://www.yfull.com/mtree/HV1b2/

Володя, у меня более старые данные на Генофонде, см тут http://генофонд.рф/data/mtdna/the_tree/hg/ages.htm#

я насчитал тогда для HV1b2 2000+-2000 лет (ага, огромная погрешность и всего 4 полных сиквенса). Это по состоянию на начало 2013 года данные, с тех пор мое дерево не обновлялось. Вот ссылка на поддерево: http://генофонд.рф/data/mtdna/the_tree/tx/hg/H/tx_HV1b2_320961.htm У Вадима-Володи-Романа на YFull может больше данных о приватных мутациях, ну может чуток еще и фильтры у нас разные/

Собственно, там 3 варианта возраста, тот что должен быть ближе к YFull по типу входных данных - это Age Full, он 835+-835, далее урезанные возраста - по кодирующей части и по синонимическим заменам в белках. Родительская HV1b у меня вижу 16300 +/- 3600
« Последнее редактирование: 17 Март 2019, 21:07:07 от Valery »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Доказательство еврейства по mtДНК
« Ответ #29 : 17 Март 2019, 21:09:46 »
три совпадения с генетической дистанцией ноль.

если они из Вост Европы, это очень много, учитывая, что русских полных мало
Если из Западной, то конечно это умеренное, ожидаемое количество

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100