Вы полагаете японский полноценным изолятом не имеющим связи с алтайским кластером?
Я считаю, что принадлежность японского к алтайской семье возможна, но пока что попытки её доказать не увенчались успехом. То есть текущий статус японо-рюкюской семьи - не имеет доказанных родственников (в том числе не доказано и её родство с корейским).
Что значительная часть приводимых японо-алтайских этимологий более чем сомнительны никто не спорит. Та же Robbeets, насколько я вижу, значительную их массу отвергает. Также понятно, что и старостинская методология весьма неоднозначна именно в плане формирования этимологических баз (насколько я помню, основная критика её со стороны лингвистов касается не принципов "древовидного родства", определения категории родства языков и понятия стабильности базовой лексики, а как раз таки убедительности используемых этимологий. То есть не метода, а качества его реализации)
Да, претензии выдвигаются именно к качеству исследований, и, к сожалению, это же касается и других теорий дальнего родства, в том числе к теории северокавказской семьи. По поводу возведения японского к праалтайскому одни из наиболее вопиющих случаев псевдонаучной этимологизации - например, haniwa (см. рецензию А. Вовина «The End of the Altaic Controversy», стр. 120), китаизм -situ- (там же, стр. 79), hirame (там же, стр. 81) и белобровые дрозды (
http://aluarium.net/forum/thread-383-post-5187.html#pid5187 и
http://aluarium.net/forum/thread-383-post-8503.html#pid8503 ).
Но я не совсем понял, что Вы полагаете в глобальном плане родства японского языка? Можно попросить Вас развернуть свою позицию по данному поводу?
Японский язык в своём относительно недавнем дописьменном прошлом, по-видимому, пережил сильные фонетические изменения, потому что в древнеяпонском подозрительно много односложных корней. Характер просодии, чередование алломорфов хифукукэй и росюцукэй и др. также указывают на это. Вероятно, произошло много выпадений интервокальных согласных и/или падений конечных согласных. Естественно, это сильно затрудняет попытки найти японо-рюкюским родственников. У меня пока нет мнения по степени возможности отнесения японского к алтайским. Некоторые общие черты в грамматике могут быть ареального происхождения. Количество хороших схождений в грамм. морфемах довольно мало, и часть из них Вовин предлагает считать заимствованиями из кор.