SNP внутри STR

[Val_Metov]

YSEQ считывает SNP тесты участками по 500 позиций. Можно попытаться и STR и SNP уместить в эти 500 позиций, но цена уже не 11 а 18$. В прошлом году небольшой эксперимент проверили. Одним SNP проверили сразу 2 гаплогруппы G и R1a. Схема рабочая.

[covex-nn]

YSEQ считывает SNP тесты участками по 500 позиций. Можно попытаться и STR и SNP уместить в эти 500 позиций, но цена уже не 11 а 18$. В прошлом году небольшой эксперимент проверили. Одним SNP проверили сразу 2 гаплогруппы G и R1a. Схема рабочая.

https://ybrowse.org/gb2/gbrowse/chrY/?name=chrY%3A19985821..19986014 - а ведь DYS714 короче, чем 500 позиций! Напишу в YSEQ, спрошу можно ли протестировать участок вокруг середины маркера и какой будет результат =) Да и если середина этих пятиста позиций будет в Y197056, то DYS714 уберётся весь целиком два раза!

[Val_Metov]

YSEQ считывает SNP тесты участками по 500 позиций. Можно попытаться и STR и SNP уместить в эти 500 позиций, но цена уже не 11 а 18$. В прошлом году небольшой эксперимент проверили. Одним SNP проверили сразу 2 гаплогруппы G и R1a. Схема рабочая.

https://ybrowse.org/gb2/gbrowse/chrY/?name=chrY%3A19985821..19986014 - а ведь DYS714 короче, чем 500 позиций! Напишу в YSEQ, спрошу можно ли протестировать участок вокруг середины маркера и какой будет результат =) Да и если середина этих пятиста позиций будет в Y197056, то DYS714 уберётся весь целиком два раза!

Не факто что смогут праймеры подобрать, но шансы есть.
На этой неделе они что-то плохо отвечали. Периодически такое бывает.

[covex-nn]

https://ybrowse.org/gb2/gbrowse/chrY/?name=chrY%3A19985821..19986014 - а ведь DYS714 короче, чем 500 позиций! Напишу в YSEQ, спрошу можно ли протестировать участок вокруг середины маркера и какой будет результат =) Да и если середина этих пятиста позиций будет в Y197056, то DYS714 уберётся весь целиком два раза!

Не факто что смогут праймеры подобрать, но шансы есть.
На этой неделе они что-то плохо отвечали. Периодически такое бывает.

Со второй покупки Wish SNP праймер всё таки подобран!
Надеюсь, что теперь снип получит 3 звезды, чтобы попасть в дерево Yfull, чтобы заказывать не 3 других снипа по одному, а сразу R1a-Z93 Panel, чтобы результат панели поместить на китайский theytree

[cheremis]

что вообще значит общие снипы ? Вот с старинными носителями тюркозвучащих фамилий фамилий из 17 века у меня по 33-37 общих снипов и ближайший предок 1100 и 1500 лет назад , все общие снипы с одним из них - 48 . эта информация для чего нужна ?

[Farroukh]

Там где 33/37 - это не снипы, а аллели
Читаем мануалы для чайников. Ссылка - в подписи.

[covex-nn]

cheremis, STR - это Short Tandem Repeats, SNP - это Single-nucleotide polymorphism (и то и другое можно нагуглить =); SNP внутри STR - иключительная ситуация, у меня так совпало.

Общие снипы - это такие снипы, которые возникли у общего предка, в комплексе позволяют более-или-менее точно определять время жизни общего предка. Похожесть наборов STR (это те, что 33/37) позволяет определять тоже самое время жизни общего предка, значительно менее точно и менее затратно. Но нужно читать мануалы, да.

[Val_Metov]

Маркеры это штуки которые есть у всех. Они все время меняются. Бывают разные случайные совпадения или наоборот, уход в даль близких совпаденцев. Бюджетный вариант.

Снипы хорошо когда они все есть. Если только часть то это иногда бесполезно. У них есть иерархия, до определенного уровня. Получив свежий снип получаем и все старые. Количество общих снипов не так вожно как количество индивидуальных. Но узнать это все можно только при глубоком тесте.

Часто по маркерам есть недоделанные которые потенциально будут ближе при углублении ими своего теста. По сути это единственная польза от ваших маркерных совпаденцев.